如何更改Seurat Dimplot的默认配色方案？
如何更改Seurat Dimplot的默认配色方案？
提问于 2020-09-13 13:52:50
尊敬的世界各国专家：
您好，我正在使用Seurat分析集成的单细胞RNA-seq数据。我确认了Dimplot的默认配色方案，如下所述。
show_col(hue_pal()(16))
但我想更改Dimplot当前的默认颜色。所以，我通过下面的评论尝试了一下。它成功地更改了Dimplot中的颜色，但此更改后的调色板不适用于下游分析(例如DoHeatmap中的簇标签栏)。
DimPlot(object = Integrateddata, reduction = 'umap',
group.by = 'seurat_clusters', pt.size = 1, label=FALSE,
cols = c('0'='#F68282','4'='#31C53F','8'='#1FA195','6'='#B95FBB','3'='#D4D915',
'7'='#28CECA','1'='#ff9a36','2'='#2FF18B','10'='#aeadb3','11'='#faf4cf',
'5'='#CCB1F1','9'='#25aff5','12'='#A4DFF2','15'='#4B4BF7','13'='#AC8F14',
'14'='#E6C122'))有没有办法更改Dimplot的默认配色方案，并将其应用于所有下游分析？
谢谢!
Stack Overflow用户
发布于 2020-09-13 14:39:28
问题似乎是DimPlot(cols=)依赖于颜色命名字符矢量中的名称，而DoHeatmap(group.colors=)依赖于它们的顺序。所以您只需要按名称对它们进行排序，并且配色方案应该是一致的：
my_seurat <- subset(initial_object, idents = 1:16)
levels(Idents(my_seurat))
my_cols <- c('3'='#F68282','15'='#31C53F','5'='#1FA195','1'='#B95FBB','13'='#D4D915',
'14'='#28CECA','9'='#ff9a36','8'='#2FF18B','11'='#aeadb3','6'='#faf4cf',
'2'='#CCB1F1','12'='#25aff5','7'='#A4DFF2','4'='#4B4BF7','16'='#AC8F14',
'10'='#E6C122')
my_cols2 <- my_cols[order(as.integer(names(my_cols)))]
scales::show_col(my_cols2)
DimPlot(my_seurat,
cols = my_cols2, label=TRUE , repel=TRUE)
DoHeatmap(my_seurat,
features = c("gene1", "gene2"),
group.colors = my_cols2)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/63867603
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
