如何从二进制表/矩阵创建表达式输入样式格式？
如何从二进制表/矩阵创建表达式输入样式格式？
提问于 2020-04-07 18:08:52
我的R脚本中有一个像这样的二进制表格：
>class(forCount)
[1] "table"
>forCount
Gene
Filename CTX-M-27 IMI-1 IMP-39 IMP-4 KPC-2 NDM-1
batch0_01032019_ENT1 0 1 0 0 0 1
batch0_01032019_ENT2 0 0 0 0 1 1
batch0_01032019_ENT3 0 0 0 0 0 1
batch0_01032019_ENT4 0 0 0 0 0 1
batch0_01032019_ENT5 0 0 0 0 0 1
batch0_01032019_ENT6 0 0 0 0 0 1
batch0_01032019_ENT7 0 0 0 0 0 1我如何从中获取以下信息？
NDM-1 5
NDM-1&IMI-1 1
NDM-1&KPC-2 1Edit1:上面的数据是虚拟数据。根据@RonakShah请求添加dput信息。这是表中我的数据示例。
> dput(forCount)
structure(c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L), .Dim = c(6L, 16L), .Dimnames = structure(list(AssemblyFile = c("batch0_01032019_ENT1110",
"batch0_01032019_ENT1125", "batch0_01032019_ENT1332", "batch0_01032019_ENT1349",
"batch0_01032019_ENT1449", "batch0_01032019_ENT1607"), CPGene = c("",
"CTX-M-27", "IMI-1", "IMP-39", "IMP-4", "KPC-2", "NDM-1", "NDM-4",
"NDM-5", "NDM-7", "NDM-9", "OXA-181", "OXA-23", "OXA-232", "OXA-48",
"VIM-4")), .Names = c("AssemblyFile", "CPGene")), class = "table")从上面粘贴的dput数据中，我期望得到以下输出，即6个样本中的5个样本具有KPC-2，1个样本同时具有KPC-2和CTX-M-27。
KPC-2 5
KPC-2&CTX-M-27 1回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-04-07 19:32:19
您可以将表转换为dataframe，并将列名粘贴到值为1的每一行中，然后使用table计算它们的出现次数。
df <- as.data.frame.matrix(forCount)
table(apply(df, 1, function(x) paste(names(df)[which(x == 1)], collapse = " & ")))
#CTX-M-27 & KPC-2 KPC-2
# 1 5 Stack Overflow用户
发布于 2020-04-08 03:58:31
我们可以将数据转换为tibble，然后使用tidyverse方法
library(dplyr)
as_tibble(forCount) %>%
filter(n ==1) %>%
group_by(AssemblyFile) %>%
summarise(CPGene = toString(CPGene)) %>%
count(CPGene)
# A tibble: 2 x 2
# CPGene n
#* <chr> <int>
#1 CTX-M-27, KPC-2 1
#2 KPC-2 5页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/61077553
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