从pheatmap中的cutree_rows组中提取基因/观察结果
从pheatmap中的cutree_rows组中提取基因/观察结果
提问于 2020-12-17 07:06:51
如何从pheatmap中的cutree_rows = 3生成的行组中提取基因/观察值？将是obj$tree_row$...
obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)我已经看到，如果您像这里的is there a way to preserve the clustering in a heatmap but reduce the number of observations?那样运行obj$kmeans$cluster来应用k方法，就可以找到基因列表
回答 1
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发布于 2020-12-17 11:06:27
你可以在它上面再做一次cutree，例如数据是这样的：
set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)
执行cutree：
cl = cutree(obj$tree_row,3)
ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)
ann
cl
g1 1
g2 2
g3 1
g4 2
g5 3
g6 1
g7 2
g8 1
g9 1
g10 2
g11 3
g12 2
g13 2
g14 1
g15 2
g16 2
g17 1
g18 3
g19 3
g20 2我们再绘制一次，看看它是正确的，
pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/65332430
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