基因表达和蛋白质表达之间Spearman相关系数的热图
基因表达和蛋白质表达之间Spearman相关系数的热图
提问于 2021-03-31 20:08:31
我感兴趣的是使用Spearman相关系数分析来关联两个变量，如基因表达(基因符号和折叠变化)和蛋白质表达(基因符号和折叠变化)，如图所示。A(内部J. Mol.Sci。2018，19 (12)，3836；https://doi.org/10.3390/ijms19123836)。我在网上搜索了相关的代码，但这些代码给出了与Spearman相关的热图，具有相同的X和Y轴变量，如图所示。B. ( ggplot2 :快速相关矩阵热图-R软件和数据可视化-简易指南-维基- STHDA.我需要一个热图，显示来自1个轴上的基因表达数据(var 1)和其他轴上的蛋白质表达(var 2)的变量。提前感谢！！图片链接：https://community.rstudio.com/t/heatmap-with-correlation-coefficient/100543
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-03-31 20:33:02
这对你有用吗？该示例取自对hearmaply包的介绍。
library(dplyr)
library(heatmaply)
library(dendextend)
x <- mtcars %>%
head() %>%
as.matrix()
row_dend <- x %>%
dist %>%
hclust %>%
as.dendrogram %>%
set("branches_k_color", k = 3) %>%
set("branches_lwd", c(1, 3)) %>%
ladderize
# rotate_DendSer(ser_weight = dist(x))
col_dend <- x %>%
t %>%
dist %>%
hclust %>%
as.dendrogram %>%
set("branches_k_color", k = 2) %>%
set("branches_lwd", c(1, 2)) %>%
ladderize
# rotate_DendSer(ser_weight = dist(t(x)))
heatmaply(
percentize(x),
Rowv = row_dend,
Colv = col_dend
)
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/66887604
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