ggtree高亮显示分支在后面
ggtree高亮显示分支在后面
提问于 2020-06-22 16:56:56
我正在使用R包ggtree构建一个系统树，并希望突出显示节点。
我的树存储在p中，我想要突出显示的节点在G10中。
p <- ggtree(tree, right=T, layout="circular")
G10 <- findMRCA(tree, c("genome1","genome2","genome3","genome4"), type=c("node")) 我按如下方式突出显示该节点：
p + geom_hilight(node=G10, fill="forestgreen", extendto = 0.6, alpha=1)我想使用alpha=1来获得一个漂亮的，强烈的颜色，但是这个颜色覆盖/隐藏了树中的提示，所以你看不到它们(见下图)。有没有一种方法可以把高光部分画在树的后面，这样我仍然可以看到提示？
编辑:我还没有找到一个好的解决方案，但我想出了一个暂时有效的解决方案：
创建两个绘图:树p + theme_transparent()的透明绘图，以及具有突出显示的p + geom_hilight(node=G10, fill="forestgreen", extendto = 0.6, alpha=1)的树，并将透明绘图覆盖在powerpoint中突出显示的绘图上，然后保存。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-10-09 14:31:32
你可以调整树层和高光层的顺序。ggtree继承了ggplot2的特性。您可以使用ggtree(tr)或ggplot(tr) + geom_tree()来绘制树。所以你可以参考下面的代码。
library(ggtree)
library(ggplot2)
set.seed(1024)
tr <- rtree(20)
p <- ggplot(tr) +
geom_hilight(node=24,alpha=1,fill="forestgreen") +
geom_tree(layout="roundrect") +
geom_tiplab(size=4, hjust=0)
p
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/62510765
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