DoHeatmap函数Seurat -数据帧中的错误:参数隐含不同的行数
DoHeatmap函数Seurat -数据帧中的错误:参数隐含不同的行数
提问于 2020-03-26 22:51:37
我正在尝试使用Seurat中的DoHeatmap函数来显示一些定义的簇中的一些基因的表达。B_cells是我的Seurat对象。
tfs <- c("PRDM1", "PAX5", "BACH2")
DoHeatmap(B_cells, features=tfs)我正在找回这个错误；
Error in data.frame(group = sort(x = group.use), x = x.divs) :
arguments imply differing number of rows: 10411, 0当我查看Seurat对象中的行数和列数时；
nrow(B_cells) = 19651
ncol(B_cells) = 10151抱歉，如果这是一个愚蠢的问题，但我已经被困了一段时间了。
编辑回溯()：
3: stop(gettextf("arguments imply differing number of rows: %s",
paste(unique(nrows), collapse = ", ")), domain = NA)
2: data.frame(group = sort(x = group.use), x = x.divs)
1: DoHeatmap(B_cells, features = genes)回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2020-03-29 22:11:22
可以在https://github.com/satijalab/seurat/blob/develop/R/visualization.R中找到DoHeatmap()函数的源代码。traceback()显示visualization.R的第363行导致了错误：
if (label) {
x.max <- max(pbuild$layout$panel_params[[1]]$x.range)
# Attempt to pull xdivs from x.major in ggplot2 < 3.3.0; if NULL, pull from the >= 3.3.0 slot
x.divs <- pbuild$layout$panel_params[[1]]$x.major %||% pbuild$layout$panel_params[[1]]$x$break_positions()
x <- data.frame(group = sort(x = group.use), x = x.divs)
...
} 作为绕过该错误的解决方法，请尝试：
DoHeatmap(B_cells, features=tfs, label=FALSE)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/60869986
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