使用python编写带有fastq对名称的txt文件
使用python编写带有fastq对名称的txt文件
提问于 2019-12-14 10:41:56
我是python的新手，想要改进它。现在我想编写一个python脚本，将我的fastq文件名组织到一个txt文件中，如下所示：
我的文件是这样的：
d1_S10_L001_R1_001.fastq
d1_S10_L001_R2_001.fastq
d2_S11_L001_R1_001.fastq
d2_S11_L001_R2_001.fastq我想要的是像这样写一个txt文件：
d1 d1_S10_L001_R1_001.fastq d1_S10_L001_R2_001.fastq
d2 d2_S11_L001_R1_001.fastq d2_S11_L001_R2_001.fastq此文件包含:第一个"_“之前的字符串，然后是fastq对。它们之间用"\t“分隔。
我知道这应该是一个非常简单的python任务，但我现在能做的就是：
import os
files = os.listdir(os.getcwd() + "/fastq")
with open("microbiome.files", "w") as myfile:
for file in files:
filename = file.split("_")[0]
myfile.write(filename + "\t" + file + '\n')这显然不是做正确的工作。它给了我：
d1 d1_S10_L001_R1_001.fastq
d1 d1_S10_L001_R2_001.fastq
d2 d2_S11_L001_R1_001.fastq
d2 d2_S11_L001_R2_001.fastq如何纠正这一点？
非常感谢!
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2019-12-14 10:48:50
您需要先对文件进行排序
files = sorted(os.listdir("fastq")) # normal sort should work fine然后，您需要按文件名的第一部分进行分组
import itertools
for groupID,groupItems in itertools.groupby(files,lambda x:x.split("_",1)[0]):
my_file.write("{id} {names}\n".format(id=groupID,names=" ".join(groupItems)))Stack Overflow用户
发布于 2019-12-14 11:05:57
按照Joran的建议收集所有文件，我更喜欢使用glob (如果目录中可能还有其他文件类型，也会有所帮助)：
import glob
files=glob.glob("*.fastq")
prefixes=set(f.split('_')[0] for f in files)
files_dict={p: [f for f in files if f.startswith(p)] for p in prefixes}
to_write='\n'.join(["{} {}".format(k, " ".join(v) for k, v in files_dict.items()] )
writer=open("microbiome.files", 'w')
writer.write(to_write)
writer.close()页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/59331900
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