构建人类基因所有可能外显子的虚拟文库制备
我想为人类基因中所有可能的外显子创建一个文库。这不能通过Ensembl中提供的gtf文件来实现。因为我想要创建所有可能的外显子组合以及外显子和内含子的mRNA。我看过不同的平台来搜索这个，但没有得到任何结果。所以请谁能帮我整理一下。提前谢谢。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-02-11 14:26:28
我从biomart下载了所有外显子的坐标:它包含5列前三个是染色体编号，起始外显子，结束外显子。第4栏是转录id，第5栏是外显子排名。10 100009838 100009947 ENST00000324109 1 10 99875577 99877336 ENST00000324109 17 10 99879811 99880361 ENST00000324109 16 10 99884011 99884209 ENST00000324109 15 10 99885687 99885866 ENST00000324109 14 10 99886300 99886632 ENST00000324109 13 10 99888825 99888953 ENST00000324109 12 10 99894946 99895050 ENST00000324109 11 10 99896267 99896397 ENST00000324109 10 1099898086 99898285 ENST00000324109 9 10 99898743 99898760 ENST00000324109 8 10 99899919 99900066 ENST00000324109 7 10 99907995 99908094 ENST00000324109 6 10 99908953 99909146 ENST00000324109 5 10 99955214 99957205 ENST00000324109 4 10 99969115 99969237 ENST00000324109 3 10 99971980 99972134 ENST00000324109 2 10 100042193 100042573 ENST00000370418 9 10 100048758100048876 ENST00000370418 8 10 100054347 100054446 ENST00000370418 7 10 100057013 100057152 ENST00000370418 6 10 100063614 100063725 ENST00000370418 5 10 100065188 100065370 ENST00000370418 4 10 100069714 100069869 ENST00000370418 3 10 100075911 100076107 ENST00000370418 2 10 100081403 100081869 ENST00000370418 1
因此，通过这些坐标文件，我可以做出所有可能的完整基因组合，并以fasta格式使用不同的名称。提前感谢
https://stackoverflow.com/questions/66097817
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