问如何从英国生物库下载遗传/SNP数据
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Stack Overflow用户

提问于 2021-08-10 12:21:16

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对于批准的研究项目，如何下载遗传/SNP数据？表格数据(人口统计数据和临床数据)已经成功下载，但文档并未真正显示如何下载相应的SNP数据。任何方向都将非常感谢。

发布于 2021-08-11 07:48:27

您可以查看有关该链接的常见问题中的问题10-15的文档，我认为可以解释该过程：(https://www.ukbiobank.ac.uk/media/cffi4mx5/ukb-genotyping-and-imputation-data-release-faq-v3-2-1.pdf)

在下面网站的表格中，我看到一些SNP数据可以直接从UKB获得。我猜这取决于他们想要什么SNP数据：https://biobank.ctsu.ox.ac.uk/crystal/crystal/docs/ukbgene_instruct.html

我希望这对开始有帮助！

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发布于 2021-08-13 17:45:10

事实证明，这是一个有很好文档的here。使用gfetch，可以以PLINK二进制格式(.bed)下载基因型数据。然后，可以使用genio和BEDMatrix等包将其导入到R中。

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/68726742

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