强制`read_tsv`解压缩文件
强制`read_tsv`解压缩文件
提问于 2019-03-16 01:31:27
我想知道有没有办法让readr::read_tsv读取带有.bgz扩展名的块gzip文件。我可以将文件重命名为.gz ( read_tsv自动识别)，但我不想每次获得新文件时都这样做。
谢谢!
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2019-03-18 22:15:00
您可以传递连接对象，而不是文件路径。例如
read_tsv(gzfile("data.bgz"))gzfile()函数将接受任何文件名。
Stack Overflow用户
发布于 2019-03-16 01:43:33
如果文件是bgz，则可以通过R重命名文件：
library(fs)
library(stringr)
library(readr)
# Regular expression to find your dataset file named datasetname
# You'll need to change that to the actual name
tsv_file <- dir_ls(".", regexp = "datasetname.*\\.b?gz")
if (str_detect(tsv_file, "bgz"))
file_move(tsv_file, str_replace(tsv_file, "bgz$", "gz"))
dataset <- read_tsv(tsv_file)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/55187958
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