我使用的是aws ec2 ubuntu,并且有ssh连接。
从ssh连接到s3输入的所有命令都会产生以下错误:
Bus error (core dumped)
最初,我试图从mybucket复制到服务器:
aws s3 cp s3://mybucket ./
但结果就是错误。即使是ls命令也会产生这个错误。我不知道该怎么解决这个问题。
几天前,我使用这些用于ebs卷的instructions扩展了系统。
df -h命令会生成以下内容:
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/root 31G 13G 19G 40% /
devtmpfs 16G 0 16G 0% /dev
tmpfs 16G 8.0K 16G 1% /dev/shm
tmpfs 3.2G 940K 3.2G 1% /run
tmpfs 5.0M 0 5.0M 0% /run/lock
tmpfs 16G 0 16G 0% /sys/fs/cgroup
/dev/loop0 33M 33M 0 100% /snap/amazon-ssm-agent/2996
/dev/loop2 98M 98M 0 100% /snap/core/10577
/dev/loop3 98M 98M 0 100% /snap/core/10583
/dev/loop1 34M 34M 0 100% /snap/amazon-ssm-agent/3552
/dev/loop4 56M 56M 0 100% /snap/core18/1885
/dev/loop6 56M 56M 0 100% /snap/core18/1944
/dev/loop7 68M 68M 0 100% /snap/lxd/18150
tmpfs 3.2G 0 3.2G 0% /run/user/1000
tmpfs 10M 10M 0 100% /tmp
/dev/loop8 70M 70M 0 100% /snap/lxd/19032
lsblk命令会产生如下结果:
NAME MAJ:MIN RM SIZE RO TYPE MOUNTPOINT
loop0 7:0 0 32.3M 1 loop /snap/amazon-ssm-agent/2996
loop1 7:1 0 33.3M 1 loop /snap/amazon-ssm-agent/3552
loop2 7:2 0 97.9M 1 loop /snap/core/10577
loop3 7:3 0 97.9M 1 loop /snap/core/10583
loop4 7:4 0 55.3M 1 loop /snap/core18/1885
loop6 7:6 0 55.4M 1 loop /snap/core18/1944
loop7 7:7 0 67.8M 1 loop /snap/lxd/18150
loop8 7:8 0 69.8M 1 loop /snap/lxd/19032
xvda 202:0 0 32G 0 disk
└─xvda1 202:1 0 32G 0 part /
今天,工作照常进行,直到我输入以下命令:
grep -vf MergedSamplesEdited.vcf ../resources/plink.GRCh37.autosome.map
系统对进程执行Killed
操作。然后,我可以执行更多的grep / awk命令,包括我应该执行的命令,而不是上面的grep行:
gawk -F$'\t' 'FNR == NR {a[$6]; next;} {if ($4 in a) {print $0 } }' oldfile.ibd ../resources/plink.GRCh37.autosome.map > newfile.ibd
由于需要从s3存储桶中复制文件,我尝试了上面的aws s3命令,但得到了总线错误。
我寻找了解决方案,找到了总线错误的响应,但这些响应似乎非常具体,并不适用于我的情况。例如,Git add . Gives me Bus error (core dumped)。
您的帮助将不胜感激。
发布于 2021-02-12 15:17:17
同样的问题和相同的设置-服务器重启为我解决了它。
$ sudo reboot
https://stackoverflow.com/questions/65855748
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