如何在线自动运行多个BLAST？
如何在线自动运行多个BLAST？
提问于 2021-01-15 13:50:45
我在FASTA文件里有细菌的蛋白质组。现在，我想在网上用抗原蛋白对单个蛋白进行BLAST。然而，由于蛋白质组的大小，单独运行BLAST是很麻烦的。我可以做些什么来自动化这个过程？我对Python有一定的了解，但是我不能建立一个管道来自动化这个过程。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-01-19 19:37:22
我正在开发的包Biotite有一个NCBI BLAST接口：https://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.application.blast.BlastWebApp.html
你可以简单地循环你想要爆炸的所有序列。然而，NCBI的使用规则限制每个用户每5分钟只能执行一个BLAST作业，因此它可能会运行相当长的时间。
据我所知，你只有一个蛋白质参考序列(抗原)，我说的对吗？在这种情况下，在本地为您的计算机上的每个查询运行Smith-Waterman对齐可能更容易：https://www.biotite-python.org/apidoc/biotite.sequence.align.align_optimal.html
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/65731123
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