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生信马拉松
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生信马拉松 Day1
生物基因
除了数据处理外,R的作用还体现在 统计分析+可视化,这些功能都是通过现成的函数或者修改现成函数来完成
阿呆的月历
2024-01-08
303
0
生信马拉松 Day2
生物基因
(1)用函数 c() (注意是小写的c(),大写的C()是另外的函数)逐一放到一起,例:
阿呆的月历
2024-01-09
304
0
生信马拉松 Day3
生物基因
今天延续Day2讲完了全部的几个重要数据类型,都是后续生信分析非常重要的知识点以及小Tips,同时深深感受到代码思维的重要性。要写能换个环境和场景依然可运行的代码,而不是一次性的玩意儿
阿呆的月历
2024-01-11
293
0
生信马拉松 Day4
生物基因
function()是创造函数的函数,括号里是形式参数,有默认值就写上,例如这里的m=2
阿呆的月历
2024-01-12
157
0
生信马拉松 Day5
r 语言
生物基因
比较能正确运行的数据和出错的数据,可能出现的情况有:异常值INF,重复值、非法输入、数据类型、数据结构
阿呆的月历
2024-01-13
175
0
生信马拉松 Day6
r 语言
生物基因
ggplot2
开头一个小tips:在运行R project时,界面上最好每次只有一个脚本,否则不同脚本之间流程、变量容易混乱
阿呆的月历
2024-01-15
176
0
生信马拉松 Day7
r 语言
生物基因
碎碎念:这个没啥好仔细展示的,含义也很直观,主要是要记住有这个函数,等需要用的时候回来找
阿呆的月历
2024-01-16
240
0
生信马拉松 Day8 GEO数据分析课程笔记
生物基因
geo
广义的基因有6w+个,包括lncRNA、miRNA等等,每年可能都有个别基因增增减减的情况,累计在一起,就存在基因库版本的差异,10年前查到的和今年的可能不一样,所以旧的数据仍然可以有新的解释,同一个数据集也可以在和其他数据集用不同的思路分析
阿呆的月历
2024-01-25
293
0
生信马拉松 Day9-10 GEO数据分析笔记
生物基因
geo
今天正式开始教画图了,具体的代码其实挺多地方讲到了,上课的好处就是可以听到很多细节和经验,是自己零散地找资料不能相比的,收获很多,感觉要全部吞下来还要再复习几遍
阿呆的月历
2024-01-26
186
1
生信马拉松 Day11 Linux纯新入门
linux
生物基因
今天的内容主要是Linux入门,比R确实复杂枯燥很多╮(╯﹏╰)╭,使用的软件是Terminus,优点是可以同时完成登录服务器和ftp上传
阿呆的月历
2024-01-27
118
0
生信马拉松 Day12 Linux-2笔记
生物基因
linux编程
碎碎念:今天马拉松入门课程已经结课了,而我才补课到12天,呜呼!原本觉得自己R学的很好想直接跳到转录组,没有linux的基础根本听不懂,还得一步一步慢慢来。直播课连上3小时已经很难坚持了,补课的时候没有互动更加难熬,唯一的好处是听不懂的地方可以反复拖回来看,只能用这个勉强安慰一下自己了(;′⌒`)
阿呆的月历
2024-02-04
134
0
生信马拉松 Day13 Linux-3笔记
linux
生物基因
实际容忍度很高,pattern写在左后,或者options写在pattern后面都可以
阿呆的月历
2024-02-04
140
0
生信马拉松 Day14 conda!
linux
生物基因
conda
anaconda:所有语言的包、依赖和环境管理器,几乎全平台(Windows、macOS、Linux)
阿呆的月历
2024-02-04
132
0
生信马拉松 Day15 Linux-shell笔记
linux
生物基因
shell
碎碎念:完蛋了,虽然补完了linux的课程但是感觉linux对我来说还像新的一样,完全不知道怎么用以及有什么用,唯一能记住的东西只有自己以前在书上学过的部分,现在回想起来觉得前面R的内容学的好,不会只是因为我本来就会吧!!!∑(゚Д゚ノ)ノ,突然就明白了曾老师在群里说完成Linux的题目需要至少1个月才能完成,简直保守了----
阿呆的月历
2024-02-05
125
0
生信马拉松 Day16 转录组RNA-seq-1
linux
生物基因
今天开始学习转录组测序的上下游分析了,艰苦地学完Linux之后感觉生活又光明了!虽然Linux的命令还不太熟悉,只能先想要做什么再从笔记里搜搜关键词,但基本上能跟得上,不用像学Linux一样漏一分钟就要反复回放好多遍才听懂
阿呆的月历
2024-02-06
252
0
生信马拉松 Day17 转录组RNA-seq-2
生物基因
今天的主要内容是转录组上游的质控,设计到4个包:fastqc、multiqc、trim_galore、fastp
阿呆的月历
2024-02-13
226
0
生信马拉松 Day18 转录组RNA-seq-3
linux
生物基因
转录组上游的内容终于上完了,今天的内容太抽象了,每一步处理的内容都不是很好理解,现在上完课也还是摸不着头脑,最大的收获似乎是多按tab键?
阿呆的月历
2024-02-29
231
0
生信马拉松 Day19 转录组 RNA-Seq-4
生物基因
今天的内容终于到转录组下游啦,R比起Linux易懂很多,基本上改改分组信息无脑run就好
阿呆的月历
2024-03-01
73
0
生信马拉松 Day20 转录组 RNA-Seq-5
生物基因
GSEA & GSVA:以一组基因为单位,来描述是否参与某种功能,直接注释的结果是得到大量的功能节点
阿呆的月历
2024-03-04
144
0
生信马拉松 Day21 转录组的分析实战
生物基因
啊啊啊,太伤心了,这一天的课小洁老师抽了我的数据集做师范,我竟然上一半跑路么有上和甜甜的小洁连麦的机会o(╥﹏╥)o
阿呆的月历
2024-02-07
205
0
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