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从头开始记录一个新的项目

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因为恰好遇到了PRJNA752099这个数据集，他上传的fastq文件被合并成了一个，所以我需要下载SRA文件重新拆分。正好作为上游最后一块的补充内容。

2024-07-12

900

嘴对嘴的单细胞上游教程(从fastq开始).Day4 RNA速率分析

前一篇文章中给出了celrlanger定量的代码，虽然我发文的是一个失败案例(感兴趣的的同志们可以自行查看https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA752099&o=acc_s%3Aa随便点开一个SRA可以看到它的data access下确实有三个fastq，只是作者上传时合并为了一个，所以需要下载SRA文件再生成fastq)，但其他文件成功了，所以本篇文章从定量完成后开始。

2024-07-10

780

酱紫命名？

我在练习上游数据处理的过程中遇到了一个奇怪的数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE181454，可以看到这里是两个样本的矩阵。

2024-07-08

570

嘴对嘴的单细胞上游数据处理(从fastq开始).Day3检查文件完整性

将ENA数据库上的aspera链接写入一个txt文件下以便下载脚本读取，下面我将以2个链接作为演示

2024-07-07

1160

嘴对嘴的单细胞上游处理（从fastq开始）

从GEO中选择示例数据：GSE181454。因为作者上传的10x输入文件比较古老（cellranger V2定量），我们重新运行该过程。

2024-06-28

890

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