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单细胞测序

更新记录关于单细胞测序的相关知识

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单细胞测序—不同格式的单细胞测序数据读写(多样本)

数据挖掘生物基因

读写过程中需要将一个GSE数据集中多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象

sheldor没耳朵

2024-08-25

30

单细胞测序—标准流程代码(2) — 标记基因与细胞注释

书接上回，已经做好数据质控、过滤、去批次、降维聚类分群后，接下来就是进行细胞注释方面的工作

sheldor没耳朵

2024-08-22

1120

单细胞测序—标准流程代码（1）

数据挖掘生物基因

现在的单细胞测序很少是单个样本测序了，一般是多个样本。这里用ifnb.SeuratData包中的ifnb示例数据来模拟单细胞测序多样本分析流程。

sheldor没耳朵

2024-08-20

1070

单细胞测序—比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系

数据挖掘生物基因

如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析，可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。

sheldor没耳朵

2024-08-19

1060

单细胞测序—PBMC注释的细胞类型

数据挖掘生物基因

刚开始做单细胞测序的下游分析时，常用的是官方文档提供的pbmc3K数据集，但是我对注释出来的细胞类型缺乏相应的背景知识，对单细胞测序背后的生物学意义也很模糊，这里首先对pbmc3K数据集注释出来的细胞类型进行简单的梳理。

sheldor没耳朵

2024-08-15

750

单细胞测序—2次分群

数据挖掘生物基因

Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大，分群的数量就越多，但是当单细胞数量太多的时候，会遇到resolution再变大，分群的数量也不再增加的情况。一次分群分不开时就会需要二次分群。

sheldor没耳朵

2024-07-31

1300

单细胞测序—GSE218208(流程简化)

上一篇帖子学习记录了Seurat官方给出的分析流程单细胞测序—基础分析流程，本篇文章以GSE218208为例，记录下实际的单细胞分析流程，更为简便，其与官方给出的流程略有不同。

sheldor没耳朵

2024-07-30

920

单细胞测序—基础分析流程

参考官方文档：https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial

sheldor没耳朵

2024-07-30

2040

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