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单细胞测序
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单细胞测序—不同格式的单细胞测序数据读写(多样本)
数据挖掘
生物基因
读写过程中需要将一个GSE数据集中多个样本的seurat对象合并成一个大的seurat对象
sheldor没耳朵
2024-08-25
3
0
单细胞测序—标准流程代码(2) — 标记基因与细胞注释
数据挖掘
书接上回,已经做好数据质控、过滤、去批次、降维聚类分群后,接下来就是进行细胞注释方面的工作
sheldor没耳朵
2024-08-22
112
0
单细胞测序—标准流程代码(1)
数据挖掘
生物基因
现在的单细胞测序很少是单个样本测序了,一般是多个样本。这里用ifnb.SeuratData包中的ifnb示例数据来模拟单细胞测序多样本分析流程。
sheldor没耳朵
2024-08-20
107
0
单细胞测序—比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系
数据挖掘
生物基因
如果一个数据集我们采用了两种方法对其进行了分析,可采用如下方法比较两个Seurat分析结果中细胞簇和细胞类型的对应关系。
sheldor没耳朵
2024-08-19
106
0
单细胞测序—PBMC注释的细胞类型
数据挖掘
生物基因
刚开始做单细胞测序的下游分析时,常用的是官方文档提供的pbmc3K数据集,但是我对注释出来的细胞类型缺乏相应的背景知识,对单细胞测序背后的生物学意义也很模糊,这里首先对pbmc3K数据集注释出来的细胞类型进行简单的梳理。
sheldor没耳朵
2024-08-15
75
0
单细胞测序—2次分群
数据挖掘
生物基因
Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大,分群的数量就越多,但是当单细胞数量太多的时候,会遇到resolution再变大,分群的数量也不再增加的情况。一次分群分不开时就会需要二次分群。
sheldor没耳朵
2024-07-31
130
0
单细胞测序—GSE218208(流程简化)
数据挖掘
上一篇帖子学习记录了Seurat官方给出的分析流程单细胞测序—基础分析流程,本篇文章以GSE218208为例,记录下实际的单细胞分析流程,更为简便,其与官方给出的流程略有不同。
sheldor没耳朵
2024-07-30
92
0
单细胞测序—基础分析流程
数据挖掘
参考官方文档:https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial
sheldor没耳朵
2024-07-30
204
0
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