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Science:通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 | 很好的单细胞分析案例

单细胞测序可以揭示单个细胞的微妙的变化并对细胞进行分型,在经历了动物单细胞的火热后,植物单细胞转录组的春天来了,Science, PC, PP, MP, bio...

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为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的?

在准备GEO/TCGA培训时,因为部分数据来自NCBI GEO数据库,就系统梳理了GEO数据库的结构和存储方式,顺便也看了GEO2R的使用。然后就发现了一个问题...

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当您老了,一起编程可否?83岁硬核老奶奶的编程故事

在日本,83岁独居老人若宫雅子(Masako Wakamiya),高中学历,退休之前从来没有接触过电脑,退休后在家照顾自己的母亲期间,为了与朋友保持联系,才开始...

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那两个被正名的水稻,你们的菌群不一样 - 宏基因组生信宝典博主刘永鑫NBT文章揭示

https://doi.org/10.1038/s41587-019-0104-4

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FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪(3万字长文带你系统学习网络)

From hairballs to hypotheses–biological insights from microbial

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一文掌握GSEA,超详细教程

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》,介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edg...

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一作解读|Nat. Biotechnol.:水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用

https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774

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跟NBT一作学扩增子分析 | 2019微生物组—16S扩增子分析专题研讨论会第五期

在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年7月19-21日北京推出《16S扩增子分析》专题培训第五期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同...

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在线平台如何做单细胞测序分析全套?有它so easy!

专业生物信息学家也懂大家的痛,这不,单细胞测序数据兴起的时代,大佬们就在推出应对单细胞测序数据的在线工具 (Granatum),方便你我他。

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用R在地图上绘制网络图的三种方法

作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源

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当细胞生物学遇上计算机思维,会产生什么样的火花?

Yvonne Chen对一种特别的免疫细胞进行了基因工程改造,使其能够靶向识别肿瘤细胞表面的两种蛋白片段。当她第一次想要把这项研究发表出来时,好几位同事都劝她不...

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(六)

scRNA-seq数据的许多分析以表达矩阵为起点。一般来讲,表达矩阵的每一行代表一个基因,每一列代表一个细胞(但是一些作者会做个转置)。每个条目代表特定基因在给...

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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(七)-导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

Tabula Muris是测序小鼠20个器官和组织的单细胞转录组图谱的国际合作项目 (Transcriptomic characterization of 20...

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超简便的国产lncRNA预测工具LGC

在过去几年里,研究发现long non-coding RNAs (lncRNAs)在疾病和生物调控过程中扮演着重要角色。但在大量非模式物种中lncRNA的鉴定仍...

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手把手 | 哇!用R也可以跑Python了

如果你主要从事数据分析、统计建模和可视化,R大概是你的不二之选。但如果你还想来搞点深度学习,整个自然语言处理,那你可还真得用Python。

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一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现

编者按:上个月菌群月坛,在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验,不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识,更使我手上一个关于菌根的课题有极大的启示。这么好...

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psych +igraph:共表达网络构建

将0、6、12 h的count的table依次导入,分别计算这3个时间点的差异基因。

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Science: 小鼠肾脏单细胞转录组+突变分析揭示肾病潜在的细胞靶标

昨天Science文章背靠背揭示癌症中细胞感应氧气的新机制一文从表观水平分析了细胞中组蛋白修饰如何感知环境变化而发生不同的调控机制。

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生信软件系列 - NCBI使用

做生物研究的对NCBI都不陌生,网站资源、软件丰富,也在不停地迭代更新,越来越容易使用。本文是较早时用于内部培训的资料,最近翻出来看下,还是有一些有意思的点在里...

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维恩(Venn)图绘制工具大全 (在线+R包)

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