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Nature | 李家洋,邓兴旺,钱前院士等点评, 基因组所程时锋团队解码全球百年种质多样性 助力小麦精准设计育种
小麦是最主要的全球性粮食作物之一,是人类获取能量和营养的重要来源。普通小麦是基因组大小约为15Gb的异源六倍体,其基因组和遗传育种研究极其复杂,被誉为作物界的“珠穆朗玛峰”。
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2024-06-21
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我国农学领域再发Nature Genetics!揭示豇豆驯化与改良的基因组选择印迹
2024年4月22日,浙江省农业科学院李国景团队与浙江大学张明方团队合作在国际遗传学顶级期刊Nature Genetics发表题为“Differential selection of yield and quality traits has shaped genomic signatures of cowpea domestication and improvement” 的研究论文。
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2024-05-25
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Nat Genet | 69 个拟南芥泛基因组图谱揭示了全球物种范围内的保守基因组结构
文章题目:A pan-genome of 69 Arabidopsis thaliana accessions reveals a conserved genome structure throughout the global species range
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2024-05-20
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Nat Methods | 谢晓亮课题组开发单细胞联合三维基因组和转录组测序技术解析嗅觉受体选择机制
嗅觉是我们基本的感觉之一,我们能够准确地识别各种的气味分子,这依赖于表达在嗅觉神经元表面的嗅觉受体。在哺乳动物中,嗅觉受体基因构成了最庞大的基因家族,在小鼠基因组中存在超过1000个,在人类基因组中存在超过400个。这些基因以基因簇的形式分布在不同染色体上。尽管嗅觉受体库如此庞大,但每个成熟的嗅觉神经元只会随机地表达一个嗅觉受体的一个等位基因,这一现象被称为“一个神经元,一个受体”。
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2024-04-30
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Science | 程功团队与合作者发现共生菌环境干预可阻断蚊媒病毒传播流行
蚊媒病毒传染病的传播流行是人类健康和生命的严重威胁之一。以登革热和寨卡热这两种最具代表性的蚊媒病毒传染病为例,登革热在全球100多个国家感染流行,每年引发多达3.9亿人感染、50-100万人入院治疗;寨卡热于2015年至2017年在太平洋岛屿和南美洲突然暴发大规模疫情,不到一年时间内出现了超过22.3万例寨卡确诊病例,数千例新生儿小头畸形病例,国际卫生组织将寨卡疫情宣布为国际关注的公共卫生紧急事件。迄今为止,多数蚊媒病毒尚无有效的药物和疫苗,灭蚊措施也无法控制蚊媒病毒的传播流行。人们迫切需要成本低廉且环境友好的防控策略来阻断蚊媒病毒的广泛传播。
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2024-04-26
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Nat Biotechnol | 叶凯团队开发基因组新生和体细胞结构变异分析算法—SVision-pro
基因组结构变异与丰富多彩的生物性状进化和严重疾病表型密切相关。多种遗传病和癌症的变异研究需要在多个样本之间进行基因组变异差异比较,进而获得真正与疾病进展相关的新生(de novo)和体细胞(Somatic)结构变异。目前,领域内常用的“先检测再求差”的分步式策略要求在基因组检测后有多个计算步骤,繁杂的多步骤会导致错误累计快、假阳性高,无法精确解析新生、体细胞结构变异。
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2024-04-18
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韩斌院士团队与合作者在水稻染色体外环状DNA研究中取得重要进展
理解基因组的动态特性是当前基因组学研究的前沿方向之一。eccDNA(染色体外环状DNA)作为真核生物基因组的重要组成部分,在人类等物种中已被证实具有丰富且重要的生物学功能,但在植物中的研究尚属空白。水稻作为单子叶模式植物和重要粮食作物,开展其eccDNA的系统研究,将有助于从新的角度认识水稻基因组的特性及其环境适应性。北京时间3月18日,国际期刊Nature Communications在线发表了上海交通大学生命科学技术学院陆婷婷研究组与中国科学院分子植物科学卓越创新中心韩斌研究组合作的最新研究成果"Dynamics of extrachromosomal circular DNA in Rice"。该研究首次系统揭示了染色体外环状DNA(eccDNA)在水稻基因组中的广泛存在,为深入理解水稻遗传多样性提供了全新视角。
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2024-04-18
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Nature|239个灵长类动物基因组的比较揭示了CRE元件的进化
在此研究人员构建了包含239个物种的全基因组比对,这些基因组占灵长类目中所有现存物种的将近一半。利用该资源,研究人员确立了在灵长类和其他哺乳动物中受到选择性约束的人类调控元件。例如人类中111318个DNase I酶切位点和267410个转录因子结合位点在灵长类受到选择性约束但是在其他哺乳动物中没有约束,并证明了这些元件对基因表达的cis作用。这些结果强调了作用在这些调控元件上进化力量的重要性。 原文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-023-06798-8
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2024-04-10
1390
零基础用文心一言带你绘制组合图
写着神经网络计算代码,对矩阵计算想整个清晰的展示方式,就想着用 Python 绘制下矩阵运算图。先偷懒一下,看看有没有人分享过代码?
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2024-03-12
670
NAR | 整合药用植物组学平台 IMP中文教程(基因组更新到 466 个植物)
药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性,在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台(https://www.bic.ac.cn/IMP 点击阅读原文直接跳转)。
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2024-03-11
750
ImageGP 高颜值免费绘图工具增加工具使用记录和重分析功能
点击右上角,免费注册登录后,点击 Personal center进入个人中心,可以管理文件、管理运行过的工具的记录、管理运行过的流程的记录。
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2024-03-02
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Science | 基因组所闫建斌领衔解码紫杉醇生物合成途径中最具挑战的未知酶,重建巴卡亭III生物合成线路
紫杉醇是全球销量第一的植物抗癌药物,而且随着癌症防治需求的日益增加,紫杉醇成为全球销量第一的植物抗癌药,预期其市场规模在2030年以后将达到近千亿人民币规模。自从1971年鉴定化学结构以来,紫杉醇已发展成为同青蒿素齐名的、教科书级别的经典植物天然产物的代表。半个世纪以来,紫杉醇生物合成途径依然未被完全解析,成为科学界一直关注的难点。
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2024-01-31
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一文读懂:PCR,qPCR,Real-time PCR,RT-PCR和RT-qPCR
然而,各种PCR技术,包括PCR、qPCR、RT-PCR、RT-qPCR、Real-Time PCR和dPCR,长得实在是太像了,好多同学看得头晕眼花也没弄明白这几种PCR有什么区别。
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2024-01-23
4990
Hortic Res | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所剑麻研究团队在龙舌兰亚科基因组及CAM进化机制上取得进展
龙舌兰亚属(中文名“剑麻”)植物是硬质纤维的主要来源,提供了全球2/3的硬质纤维。同时龙舌兰亚属植物在食品、医药和观赏具有利用价值。龙舌兰属植物为组成型CAM植物,能耐受极端高温和干旱。龙舌兰亚属物种形成时间短,突变积累少,使得龙舌兰属植物成为研究CAM进化的模式作物。尽管利用转录数据开展了龙舌兰属植物CAM进化的研究,但缺乏基因组数据,不利于开展比较基因组分析。然而较大的基因组、高比例的重复序列和多倍化,以及难以获得纯和等因素阻碍了龙舌兰属植物基因组的研究。
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2024-01-12
1090
Nature发表牛津美女博士建议:我希望在读博士之初时就能知道的20件事
有些学校不光要求在某顶级期刊里发表一些论文,还需要你时刻待命为“老板”解决一些问题。
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2023-12-30
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专家点评Cell丨焦建伟/董骥/杜鹏/靳蕾合作解析迄今最全面的人脑多区域时空发育图谱及规律
脑作为人类最复杂的器官,具有特殊的输入输出连接,发挥各种重要的功能【1】。在人脑发育过程中,通过内在基因程序产生了复杂的细胞类型。在这些细胞类型中,有些已经有了明确的特征,但还有许多尚待清晰描述。因此,在人类脑区逐渐特化的发育过程中,脑细胞类型的变化特征和空间分布特点需要进行全面、系统的研究。
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2023-12-15
2090
Plant Com | 浙江大学樊龙江团队大规模群体基因组分析揭示红米演化历史
红米、黑米等有色稻米富含花青素和原花青素等酚类化合物,具有抑制氧化应激、缓解高脂血症、预防肥胖等生物功能,随着人们生活水平的提高,红米越来越多的受到关注。野生稻、栽培红米和杂草稻都具有红色种皮,这些红米资源包含了完整的水稻遗传背景,是水稻驯化和遗传改良前后时期的重要纽带,是研究水稻驯化和遗传改良历史不可或缺的重要遗传材料。
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2023-12-12
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Plant Com | 基因组所樊伟团队解码六倍体菊芋基因组及其演化历史
菊芋俗称洋姜、鬼子姜,是原产北美、经欧洲传入我国的“舶来品”。北方的朋友对菊芋最深的印象莫过于儿时房前屋后那一丛丛生命力旺盛、“挖不尽除不净”、类似向日葵变体的植物,在那些物资匮乏的寒冬时节,免费挖来的块茎摇身变为寻常百姓餐桌上的腌菜,成为童年记忆里的快乐片段。如今菊芋块茎已鲜有食用,因其产量高且富含菊粉果聚糖而主要用于生产膳食纤维和益生元等保健品或食品添加剂,也有发酵生产生物乙醇、生物柴油等可再生能源的潜力。菊芋茎叶营养物质丰富,可用作畜牧业青贮饲料。此外,菊芋抗旱、抗寒、耐盐碱、再生能力极强,在荒漠化、盐碱地等仅需一次种植,便可多次利用,兼具生态防护和经济利用双重价值。虽然菊芋作为全球性多功能作物被人们熟知,但其六倍体基因组仍未破译,推测的种间杂交起源演化假说仍然缺乏细节和证据。
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2023-12-01
1810
Nature Plants | 基因组所张兴坦团队合作构建茶树泛基因组,助力基因组辅助育种
许多重要的非模式植物一直是支撑人类日常需求的关键自然资源。然而,改善这些植物的特性通常面临一些挑战,比如漫长的生长周期、复杂的基因组、难以辨识的家系背景以及低效率的遗传转化体系。为了解决这些问题,科学家们提出了利用泛基因组(Pan-genome)辅助育种技术,有望实现更快速地植物性状改良。泛基因组包含更加全面的遗传信息,可以有效降低参考基因组偏差对遗传变异检测的影响。通过该技术,人们能够更全面地了解植物的遗传特性。泛基因组育种方法已经在水稻、番茄等一些常见模式作物上取得了成功,并且正逐渐被应用于小麦、高粱、土豆等非模式作物的遗传改良。
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2023-11-29
2310
Mol Plant | “益母草”何以“益母”?辰山植物园徐萍团队在植物学顶刊发文揭示益母草碱合成的秘密
很多人都听过“益母草”的名字。益母草(Leonurus japonicus Houtt.),是唇形科益母草属的传统药材,顾名思义,它在传统上常当作妇科用药,在亚洲和欧洲多地有着超过两千年的药用历史。益母草碱是益母草的主要药效成分,也是益母草属特有的天然产物。值得一提的是,有特殊气味的萜类化合物常常是唇形科药用植物的主要活性物质,而在益母草属中,活性物质却以益母草碱为代表的生物碱为主。近年来的研究表明,益母草碱在治疗脑中风和降低血脂方面疗效显著,目前已有临床实验正在进行。
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2023-11-16
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