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聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序?

NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分...

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这也太简单了吧!一个函数完成数据相关性热图计算和展示

NGS系列文章包括Linux基础 (PATH和path,傻傻分不清)、R基础 (ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色))、Python基础...

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哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 (五)

获得高质量的单细胞后,单细胞RNA-seq(scRNA-seq)分析工作流程的下一步就是执行聚类。聚类的目标是将不同的细胞类型分成独特的细胞亚群。为了进行聚类,...

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245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分...

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基因表达聚类分析之初探SOM - 自组织特征图

SOM (Self-Organizing Feature Map,自组织特征图)是基于神经网络方式的数据矩阵和可视化方式。与其它类型的中心点聚类算法如K-mea...

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引号吃掉了我的数据~~~

耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办?,有一位朋友留言提到了Excel的一个坑,这个之前也专门有文章(Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature...

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高通量数据中批次效应的鉴定和处理(六)- 直接校正表达矩阵

处理批次因素最好的方式还是如前面所述将其整合到差异基因鉴定模型中,降低批次因素带来的模型残差的自由度。但一些下游分析,比如数据可视化,也需要直接移除效应影响的数...

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一句话加速grep近30倍

最近做一个项目,需要从表达矩阵中提取单个特定基因的表达值。最开始时文件比较小,使用awk单个读取处理也很快,但后来数据多了,从一个1.2 G的文件中提取单个基因...

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高通量数据中批次效应的鉴定和处理(五)- 预测并校正可能存在的混杂因素

下面的方式也可以 (svaseq 是在 sva 的基础上对数据做了一个 log 转换;如果处理的是芯片数据,通常已经做过 log 换,直接使用 sva 即可)。

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高通量数据中批次效应的鉴定和处理(二)

通过样品的层级聚类热图+样品属性信息的注释来展示样品聚类结果有无受批次效应的影响。如下面右图中可见WT_1样品在聚类分支上与其它样品处于不同的分支,而从列注释图...

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图形解读系列 | 散点图也不简单

来源:https://www.r-graph-gallery.com/272-basic-scatterplot-with-ggplot2.html

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“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

我其实在Seurat v3官方网站的Vignettes中就曾见过该算法,但并没有太多关注,直到看了北大张泽民团队在2019年10月31日发表于Cell的《Lan...

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NC文章详解 | 鼠成纤维细胞单细胞分析发现成纤维细胞在心肌细胞成熟中起关键作用

Cardiac maturation lays the foundation for postnatal heart development and disea...

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哇!单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上!

单细胞转录组测序发展至今,我们发现许多文章的最后一部分都会落到配受体结合,可是如何挑配受体,哪些基因可能是配受体,我一脸懵逼。。。

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图形解读系列 | 给你5个示例,你能看懂常用热图使用吗?

热图是一种很常见的图,其基本原则是用颜色代表数字,让数据呈现更直观、对比更明显。常用来表示不同样品组代表性基因的表达差异、不同样品组代表性化合物的含量差异、不同...

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中科院动物所团队揭示了空间种子传播集合网络的结构及功能维持机制

探究全球变化下区域生物多样性及其生态系统功能的维持机制和保护对策是生态学、生物地理学和保护生物学领域研究的重大课题。

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翻车实录之Nature Medicine新冠单细胞文献|附全代码

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、...

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Molecular Metabolism|徐成冉研究组揭示生理和病理状态下胰岛β细胞异质性

近期,北京大学生命科学学院、北大-清华生命科学联合中心徐成冉课题组在《Molecular Metabolism》杂志上发表了题为“Characterizing ...

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单细胞RNA-seq预处理工具比较分析(bioRxiv)

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、...

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NBT:单细胞转录组新降维可视化方法PHATE

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-seq基本分析流程)、...

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