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零基础用文心一言带你绘制组合图
写着神经网络计算代码,对矩阵计算想整个清晰的展示方式,就想着用 Python 绘制下矩阵运算图。先偷懒一下,看看有没有人分享过代码?
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2024-03-12
400
NAR | 整合药用植物组学平台 IMP中文教程(基因组更新到 466 个植物)
药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性,在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台(https://www.bic.ac.cn/IMP 点击阅读原文直接跳转)。
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2024-03-11
520
ImageGP 高颜值免费绘图工具增加工具使用记录和重分析功能
点击右上角,免费注册登录后,点击 Personal center进入个人中心,可以管理文件、管理运行过的工具的记录、管理运行过的流程的记录。
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2024-03-02
1120
Science | 基因组所闫建斌领衔解码紫杉醇生物合成途径中最具挑战的未知酶,重建巴卡亭III生物合成线路
紫杉醇是全球销量第一的植物抗癌药物,而且随着癌症防治需求的日益增加,紫杉醇成为全球销量第一的植物抗癌药,预期其市场规模在2030年以后将达到近千亿人民币规模。自从1971年鉴定化学结构以来,紫杉醇已发展成为同青蒿素齐名的、教科书级别的经典植物天然产物的代表。半个世纪以来,紫杉醇生物合成途径依然未被完全解析,成为科学界一直关注的难点。
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2024-01-31
1400
一文读懂:PCR,qPCR,Real-time PCR,RT-PCR和RT-qPCR
然而,各种PCR技术,包括PCR、qPCR、RT-PCR、RT-qPCR、Real-Time PCR和dPCR,长得实在是太像了,好多同学看得头晕眼花也没弄明白这几种PCR有什么区别。
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2024-01-23
1020
Hortic Res | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所剑麻研究团队在龙舌兰亚科基因组及CAM进化机制上取得进展
龙舌兰亚属(中文名“剑麻”)植物是硬质纤维的主要来源,提供了全球2/3的硬质纤维。同时龙舌兰亚属植物在食品、医药和观赏具有利用价值。龙舌兰属植物为组成型CAM植物,能耐受极端高温和干旱。龙舌兰亚属物种形成时间短,突变积累少,使得龙舌兰属植物成为研究CAM进化的模式作物。尽管利用转录数据开展了龙舌兰属植物CAM进化的研究,但缺乏基因组数据,不利于开展比较基因组分析。然而较大的基因组、高比例的重复序列和多倍化,以及难以获得纯和等因素阻碍了龙舌兰属植物基因组的研究。
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2024-01-12
790
Nature发表牛津美女博士建议:我希望在读博士之初时就能知道的20件事
有些学校不光要求在某顶级期刊里发表一些论文,还需要你时刻待命为“老板”解决一些问题。
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2023-12-30
1210
专家点评Cell丨焦建伟/董骥/杜鹏/靳蕾合作解析迄今最全面的人脑多区域时空发育图谱及规律
脑作为人类最复杂的器官,具有特殊的输入输出连接,发挥各种重要的功能【1】。在人脑发育过程中,通过内在基因程序产生了复杂的细胞类型。在这些细胞类型中,有些已经有了明确的特征,但还有许多尚待清晰描述。因此,在人类脑区逐渐特化的发育过程中,脑细胞类型的变化特征和空间分布特点需要进行全面、系统的研究。
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2023-12-15
1620
Plant Com | 浙江大学樊龙江团队大规模群体基因组分析揭示红米演化历史
红米、黑米等有色稻米富含花青素和原花青素等酚类化合物,具有抑制氧化应激、缓解高脂血症、预防肥胖等生物功能,随着人们生活水平的提高,红米越来越多的受到关注。野生稻、栽培红米和杂草稻都具有红色种皮,这些红米资源包含了完整的水稻遗传背景,是水稻驯化和遗传改良前后时期的重要纽带,是研究水稻驯化和遗传改良历史不可或缺的重要遗传材料。
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2023-12-12
1510
Plant Com | 基因组所樊伟团队解码六倍体菊芋基因组及其演化历史
菊芋俗称洋姜、鬼子姜,是原产北美、经欧洲传入我国的“舶来品”。北方的朋友对菊芋最深的印象莫过于儿时房前屋后那一丛丛生命力旺盛、“挖不尽除不净”、类似向日葵变体的植物,在那些物资匮乏的寒冬时节,免费挖来的块茎摇身变为寻常百姓餐桌上的腌菜,成为童年记忆里的快乐片段。如今菊芋块茎已鲜有食用,因其产量高且富含菊粉果聚糖而主要用于生产膳食纤维和益生元等保健品或食品添加剂,也有发酵生产生物乙醇、生物柴油等可再生能源的潜力。菊芋茎叶营养物质丰富,可用作畜牧业青贮饲料。此外,菊芋抗旱、抗寒、耐盐碱、再生能力极强,在荒漠化、盐碱地等仅需一次种植,便可多次利用,兼具生态防护和经济利用双重价值。虽然菊芋作为全球性多功能作物被人们熟知,但其六倍体基因组仍未破译,推测的种间杂交起源演化假说仍然缺乏细节和证据。
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2023-12-01
1280
Nature Plants | 基因组所张兴坦团队合作构建茶树泛基因组,助力基因组辅助育种
许多重要的非模式植物一直是支撑人类日常需求的关键自然资源。然而,改善这些植物的特性通常面临一些挑战,比如漫长的生长周期、复杂的基因组、难以辨识的家系背景以及低效率的遗传转化体系。为了解决这些问题,科学家们提出了利用泛基因组(Pan-genome)辅助育种技术,有望实现更快速地植物性状改良。泛基因组包含更加全面的遗传信息,可以有效降低参考基因组偏差对遗传变异检测的影响。通过该技术,人们能够更全面地了解植物的遗传特性。泛基因组育种方法已经在水稻、番茄等一些常见模式作物上取得了成功,并且正逐渐被应用于小麦、高粱、土豆等非模式作物的遗传改良。
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2023-11-29
1790
Mol Plant | “益母草”何以“益母”?辰山植物园徐萍团队在植物学顶刊发文揭示益母草碱合成的秘密
很多人都听过“益母草”的名字。益母草(Leonurus japonicus Houtt.),是唇形科益母草属的传统药材,顾名思义,它在传统上常当作妇科用药,在亚洲和欧洲多地有着超过两千年的药用历史。益母草碱是益母草的主要药效成分,也是益母草属特有的天然产物。值得一提的是,有特殊气味的萜类化合物常常是唇形科药用植物的主要活性物质,而在益母草属中,活性物质却以益母草碱为代表的生物碱为主。近年来的研究表明,益母草碱在治疗脑中风和降低血脂方面疗效显著,目前已有临床实验正在进行。
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2023-11-16
1921
Science子刊 | 中医研究重大突破!中美科学家首次用现代科学解释中药治疗系统原理
近日,南京信息工程大学智慧医疗研究院徐军教授团队成员甘晓博士和北京交通大学周雪忠教授、美国东北大学Albert-László Barabási教授,以及中国中医科学院和湖北省中医院等联合团队在Science子刊Science Advances上发表了题为 “Network medicine framework reveals generic herb-symptom effectiveness of traditional Chinese medicine”的研究论文。
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2023-11-12
1580
NAR | 整合药用植物组学平台 IMP 功能概览 1
IMP: bridging the gap for medicinal plant genomics
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2023-11-08
1400
《神经元》:身体很累,大脑很“嗨”?喜欢熬夜的原因找到了
大多数喜欢熬夜的人都对“疲惫不堪”的感觉再熟悉不过。尽管身体已筋疲力尽,但大脑却感到很“嗨”,毫无困意,甚至无比兴奋。现在,美国西北大学的神经生物学家首次揭示了产生这种独特现象的机制。
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2023-11-08
2040
一个大小写引发的混乱 ,c 还是 C
最近常用bookdown写文档(三大开源生信基础教程(bookdown编写,源码可作为模板)和视频课程),插入图片时,常常是这样写法:
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2023-11-07
1060
Mol Cell | 赵永兵等发现“Stripe”转录因子帮助其它转录因子结合到DNA上并保持基因组调控区域染色质的开放性
目前赵永兵老师已在中科院广州健康院成立研究团队,正在招聘人才,具体见生信宝典头条。 在哺乳动物细胞中,转录因子(transcription factors,TFs)以合作的方式结合到基因组的顺式调节元件(或调控区域,cis-regulatory elements)上形成增强子(enhancers),并根据生长、发育以及环境的需要来调控基因的时空表达。人类基因组编码超过1600种不同的转录因子,而每一个调控区域通常包含多个转录因子结合位点 (TF binding sites),因此解码转录因子结合到基因组调控区域的过程对于阐明基因转录调控的机制非常关键。
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2023-11-02
1980
NAR | 动物宏组学全景数据库AnimalMetaOmics发布
近日,《Nucleic Acids Research》学术期刊在线发表了题为“AnimalMetaOmics: a multi-omics data resources for exploring animal microbial genomes and microbiomes”的研究成果。该研究成功建立了AnimalMetaOmics数据库(https://yanglab.hzau.edu.cn/animalmetaomics#/),这是首个用于研究动物微生物遗传多样性和基因功能的多组学数据库。
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2023-11-01
1930
R data.frame 提取的怪事,希望你没中招
这几天, 讨论群频繁反应关于 DEseq2 分析的报错:arguments imply differing number of rrows。这个代码经过了很多次培训的测试,按说不应该有问题,就远程连接调试了下,发现问题出在最近刚改的数据框索引上了。这个常见问题之前总会考虑着,这次修改时被忽略了,写推文记录下。
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2023-10-31
1220
NAR | 中医科学院陈同等开发整合药用植物组学平台 IMP
药用植物因其潜在的抗肿瘤、抗炎和抗氧化特性,在民族医学和传统医学中引起了极大的关注。基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对这些天然产物的兴趣。尽管有很多药用植物的基因组和转录组测序数据,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这不利于它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)整合药用植物组学平台(https://www.bic.ac.cn/IMP 点击阅读原文直接跳转)。
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2023-10-25
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