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Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(四)

文库拆分因使用的前期Protocol不同或构建的流程不同需要有对应的处理方式。我们认为最灵活可用的文库拆分工具是zUMIs (https://github.co...

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我用Python开发了个SCI-HUB本地版

听说有sci-hub桌面版,带着好奇我找了一下,还真是有的,看到他的填写输入DOI号之后即可获取文献。一番挣扎之后,有点意思,生信也学习一段时间了,我是不是我也...

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QB期刊 | 深度学习在生物学中的应用1:对MinION测序结果中base calling的计算

记得去年“阿尔法狗”(AlphaGo)的新闻出来后,小编曾下定决心要跨专业学习一下AI,看看它能否在咱们生物领域也掀起热浪。结果当小编刚刚了解到阿...

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颠覆!垃圾DNA不是垃圾!活细胞成像实时演绎基因调控全过程!

通俗来说,“垃圾DNA”是指DNA中不编码蛋白质序列的片段。随着研究深入,科学家们逐步认识到“垃圾DNA”的命名过于草率了,编码蛋白质并不是DNA的全部意义。其...

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Python3中BeautifulSoup的使用方法

崔庆才,Python技术控,爬虫博文访问量已过百万。喜欢钻研,热爱生活,乐于分享。个人博客:静觅 | http://cuiqingcai.com/

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中科院动物所发现第一次细胞命运决定的新模式-lncRNA促进染色体开放

中国科学院动物研究所周琪课题组与李伟课题组的合作研究论文“Asymmetric expression of LincGET biases cell fate i...

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中大骆观正等在Cell Research发文阐述肠道菌群和m6A的关系

微生物组学是近年来新兴的热点研究方向。人从出生的那一刻起,就无时无刻不与周围的微生物斗争和交流,微生物本身也成为了人类生理不可或缺的一部分。有研究表明,多种人类...

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AnimalTFDB 3.0 | 动物转录因子注释和预测的综合资源库

转录因子(Transcription factor,TF)是一类能够以序列特异性方式结合DNA并对基因转录起关键调控作用的蛋白质,在各种生物过程和疾病发生中起非...

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PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代码和测试数据

一文看懂PCA主成分分析中介绍了PCA分析的原理和分析的意义(基本简介如下,更多见博客),今天就用数据来实际操练一下。

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鱼类淋巴细胞:在进化上和哺乳动物先天样淋巴细胞(ILL)类似?

淋巴细胞是适应性反应的责任者,就像经典描述的那样,但有证据表明,哺乳动物淋巴细胞的亚群可能表现为先天样细胞,快速地参与非自我活动,没有抗原呈递。哺乳动物体内的类...

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iTOL快速绘制颜值最高的进化树!

大家在看高分文章时,总会惊叹于,为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树,而且好看的图也能直接提升文章的档次,冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注...

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Illumina测序仪比较和各种测序应用模式图,助力了解高通量测序

Illumina做为全球最大的二代测序仪生产商,成立于1998年,起家是芯片技术,2006年收购Solexa,开启了二代测序的霸主地位,占有至少七成的二代测序市...

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阿尔法狗再下一城 | 蛋白结构预测AlphaFold大胜传统人类模型

“我有一个要研究的蛋白,但我不知道它的结构和功能”——这是分子和细胞生物学家每天面临的最大难题之一。[1] 随着氨基酸测序技术的不断发展,越来越多的蛋白质序列得...

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2019年易生信开设新课啦,您来决定

易生信培训开展了一年了,开了12期课程,固定的课程是二代转录组测序(包含单细胞)、扩增子分析及功能预测和宏基因组数据分析。

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12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化

ggplot2自从2007年推出以来,成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功...

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Cell重磅综述:关于人类转录因子,你想知道的都在这

转录因子(Transcription Factors, TFs)指能够以序列特异性方式结合DNA并且调节转录的蛋白质。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色...

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Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析

之前的教程提供了Cytoscape基础和视频、R igraph包的网络构建方法,那么在我们得到network图之后,还可以进行深一步分析,今天给大家带来基于Cy...

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整合QC质控结果的利器——MultiQC

NGS技术的进步催生了新的实验设计、分析类型和极高通量测序数据的生成。对于这些数据的质量评估,每一步分析结果的评估是后续结果可信度的衡量和保障。不少生信工具都可...

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QB 期刊 | 转录组层面上研究蛋白质-RNA相互作用的技术及方法综述

两周前,小编给大家推荐了清华大学张强峰教授在QB期刊上发表的关于转录组层面上研究RNA-RNA相互作用的干湿实验方法的综述文章后,引起了许多小伙...

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综述:变温动物的适应性免疫

Martin F.Flajnik撰写的关于适应性免疫学起源发展和功能《A cold-blooded view of adaptive immunity》一文,于...

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