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生信宝典

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Nature|239个灵长类动物基因组的比较揭示了CRE元件的进化

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在此研究人员构建了包含239个物种的全基因组比对，这些基因组占灵长类目中所有现存物种的将近一半。利用该资源，研究人员确立了在灵长类和其他哺乳动物中受到选择性约束的人类调控元件。例如人类中111318个DNase I酶切位点和267410个转录因子结合位点在灵长类受到选择性约束但是在其他哺乳动物中没有约束，并证明了这些元件对基因表达的cis作用。这些结果强调了作用在这些调控元件上进化力量的重要性。原文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06798-8

2024-04-10

1070

NAR | 动物宏组学全景数据库AnimalMetaOmics发布

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近日，《Nucleic Acids Research》学术期刊在线发表了题为“AnimalMetaOmics: a multi-omics data resources for exploring animal microbial genomes and microbiomes”的研究成果。该研究成功建立了AnimalMetaOmics数据库（https://yanglab.hzau.edu.cn/animalmetaomics#/），这是首个用于研究动物微生物遗传多样性和基因功能的多组学数据库。

2023-11-01

2070

R data.frame 提取的怪事，希望你没中招

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这几天, 讨论群频繁反应关于 DEseq2 分析的报错：arguments imply differing number of rrows。这个代码经过了很多次培训的测试，按说不应该有问题，就远程连接调试了下，发现问题出在最近刚改的数据框索引上了。这个常见问题之前总会考虑着，这次修改时被忽略了，写推文记录下。

2023-10-31

1270

Nucleic Acids Research | 李磊团队构建单细胞遗传调控平台解析疾病位点的细胞特异性机制

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全基因组关联分析（Genome-Wide Association Studies，GWAS）已经确定了数千个与复杂性状和疾病相关的遗传位点，然而超过90%的GWAS风险位点位于非编码区域，这为确定疾病相关变异的分子机制带来了极大的挑战。研究表明，非编码区GWAS风险SNP（Single Nucleotide Polymorphisms）可以通过调控其上下游基因表达来影响疾病的进展[1]。因此，研究人员开发了SNP与基因表达变化关联的分析方法，即表达数量性状位点（expression Quantitative Trait Locus，eQTL）将疾病变异与靶基因联系起来。传统eQTL研究通常评估来自整个组织或样本的数百万个细胞的平均表达水平，掩盖了某些细胞类型或处于特定细胞状态的生物调节关系，只有20-50%的常见疾病关联基因被报道与eQTL共定位[2]。这意味着传统的eQTL在理解疾病相关变异方面有很大的局限性。近些年随着单细胞转录组测序技术的迅速发展，使得单细胞水平的eQTL（single-cell eQTL,sc-eQTL）分析成为可能，sc-eQTL可以在更高的分辨率下研究遗传变异对基因表达的调控关系[3,4]。整合大规模多来源的sc-eQTL数据集对于精细识别疾病因果变异和理解潜在的基因调控机制至关重要，然而，目前缺乏系统性研究多种复杂疾病在细胞水平的精细调控机制。

2023-10-13

3590

Microbiome | 刘庆友/陈卫华构建山羊肠道微生物基因组目录

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The multi-kingdom microbiome of the goat gastrointestinal tract

2023-10-08

1600

这个发表在 Nature Genetics的水稻全基因组关联数据库 RHRD，很赞！！！

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历经半个世纪的发展，杂交水稻育种取得了巨大的成就，培育出了大量的高产、优质、适应环境变化的品系。本数据库是一个综合性的杂交水稻数据库（http://ricehybridresource.cemps.ac.cn/#/），涵盖了从1976年至2017年间发布的486个商业杂交水稻品种信息、基因组变异、表型与全基因组关联数据信息，共计3,325 个样品，5 百万+变异位点和 17 套表型数据，为现代杂交水稻育种提供了宝贵的资源。

2023-09-22

2920

探秘未知：Unknome数据库揭示人体内未探索的基因和蛋白质奥秘

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图片来源：RICHARD JONES/SCIENCE PHOTO LIBRARY/GETTY IMAGES

2023-08-30

1320

NBT - Foldseek快速准确搜索结构相似的蛋白，AlphaFold蛋白质数据库提供了一个快速的搜索工具

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Foldseek为结构搜索程序，它可以轻松找到三维结构相似的蛋白质。 Foldseek允许研究人员鉴定结构类似的蛋白质。图片来源：DeepMind 当你发现一种蛋白质时,如何确定其功能?这正是Greg

2023-08-30

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代码看不懂？ChatGPT 帮你解释，详细到爆！

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Entity Framework Plus 是一个用于增强 EF6 和 EF Core 的免费开源库。它对您的数据库上下文 DbContext 进行了扩展，包括过滤器、审核、缓存、批量删除、批量更新等。

2023-08-30

1790

从“病-证-方”关联网络探索天和追风膏治疗类风湿关节炎寒湿痹阻证的作用机制及各功效组的配伍原理

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类风湿关节炎(rheumatiodarthritis，RA)是一种以关节滑膜炎症为主要临床表现的慢性、侵蚀性、全身性自身免疫病，属中医学“痹证”“尪痹”“历节”等范畴。《素问·痹论》认为，痹证是因风、寒、湿3种邪气侵入机体而致。风邪重者，关节活动不利;寒邪重者，机体疼痛;湿邪重者，肢体无力。痹在于骨则重，在脉则血流不畅，在筋则屈伸不利。RA皆因人体正气虚弱，邪气侵入，风邪走窜，寒湿积聚，气血运行不畅，经络瘀塞于关节，使筋脉失养，久而发病。中医药治疗RA主要依据“整体观念”和“辨证论治”的特点，进行药物合理配伍，调节人体脏腑功能和气血津液，使之正常运行，从而抑制疾病发展，改善患者症状。

2023-08-30

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TCCIA：第一个连接CircRNA和免疫治疗的数据库

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CircRNA是一种形成闭环结构的RNA类型，已被证明在调节基因表达方面发挥重要作用。然而，CircRNA在免疫治疗中的作用和标志物潜能仍未被充分研究。我们很高兴地向大家介绍TCCIA（The Cancer CircRNA Immunome Atlas），它是一个广泛且用户友好的数据库，用于研究接受针对CTLA4，PD-1或PDL-1等靶点的免疫治疗的18个临床队列中的circRNA表达和分析。这一创新资源提供了cohorts和molecular级别上circRNAs、临床表型和免疫特征/浸润的系统比较。该数据库包括3700多个癌症样本，来自5种不同类型的癌症患者，这些患者单独或与化疗、靶向治疗以及其他免疫治疗药物联合使用免疫检查点抑制剂（ICI）进行治疗。

2023-08-30

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NAR | 董波/王师/李语丽合作建立首个横跨动物界的进化发育组学数据库平台

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进化发育生物学（EvoDevo）是近年来国际上迅速崛起的新兴前沿交叉学科，旨在通过研究生物界高度多样化的发育过程，从而深刻归纳阐释发育过程背后隐藏的进化驱动机制和规律，以解答被Science杂志评为125个最具挑战性的科学难题之一的生物多样性决定机制问题。在过去的几十年里，利用经典模式生物（如黑腹果蝇、秀丽隐杆线虫、斑马鱼和小鼠）所开展的广泛研究给我们带来了生物学领域诸多重大发现和突破，奠定了目前遗传、发育和进化等领域的基本知识构架体系。然而，为数甚少的模式动物无法涵盖动物界高度多样化发育过程的全部信息，更无法提供对整个动物界发育进化过程的全景式解读和归纳。为填补这一极大的知识空白，利用具有关键系统发育位置和全谱系覆盖的新兴模式生物来描述整个生命树的发育进化，对驱动进化发育学领域的跨越式发展具有极为重要科学价值和意义。高通量测序技术的革命性突破及各类组学技术广泛应用，为生命科学领域带来前所未有的发展契机。基因组学、转录组学以及单细胞技术加速了许多传统的非模式生物转变成新兴的模式生物（如栉水母、丝盘虫、玻璃海鞘、侏儒蛤等）。尽管近些年非经典模式动物类群已积累了海量的多组学资源，并仍以史无前例的规模快速增长，但对这些储存分散的组学资源进行整合和综合分析仍是目前国际上动物进化和发育研究领域共同面临的重大挑战，迫切需要系统建立面向整个动物界的进化发育综合组学数据库和相应的分析工具和平台。

2022-11-29

3940

竟然被awk生成的随机数给整蒙了，也谈随机数生成种子

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我们现在主要的一个业务是给科研单位等提供数据库构建服务，目前承接的数据库已经发表了3篇NAR文章，具体见你的数据也可以-三篇NAR的数据库。

2022-03-25

6060

生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？

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生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。

2022-01-19

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临床基因组分析相关数据库汇总

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一、人群SNV频率数据库数据库名称网站简介 dbSNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ dbSNP 包含人类单核苷酸变异、微卫星和小片段插入和缺失，以及常见变异和临床突变的发表、群体频率、分子结果以及基因组和 RefSeq 映射信息。 gnomAD http://gnomad.broadinstitute.org/或http://www.gnomad-sg.org/ gnomAD（v3.1.2）基于GRCh38，其中短变异（short variant）数据集涵盖了7

2022-01-19

1.5K0

河南农大姚文与中科院北京基因组所章张课题组合作发布真核生物长链反向重复序列数据库

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近日，河南农业大学生命科学学院姚文教授（校聘）课题组联合中国科学院北京基因组研究所章张研究员在国际知名期刊《Nucleic Acids Research》在线发表了题为《LIRBase: acomprehensive database of long inverted repeats in eukaryotic genomes》的研究论文。该研究系统鉴定了424个真核生物基因组中的长链反向重复序列（long invertedrepeat，LIR），并构建了数据库LIRBase。LIRBase不仅提供了数据检索与下载等功能，还提供了多个在线分析LIR的功能模块，包括LIR序列的鉴定、LIR表达量分析、LIR二级结构预测、BLAST分析、高通量小RNA测序数据比对LIR序列、小RNA靶标基因预测等。

2022-01-18

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国家生物信息中心在核酸研究发表单细胞DNA甲基化数据库—scMethBank

DNA甲基化是表观遗传研究的一个重要层面，且与发育、衰老和疾病的发生发展密切相关。为了更好地利用已公开的海量甲基化数据，此前，中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心（以下简称基因组数据中心）已经发布了一个DNA甲基化的综合性数据库MethBank（https://ngdc.cncb.ac.cn/methbank/），涵盖了多物种高质量的全基因组单碱基精度甲基化图谱、健康人参比甲基化组以及人工审编的甲基化分析工具集。这里，我们介绍基因组数据中心最新发布的单细胞甲基化数据库——scMethbank（https://ngdc.cncb.ac.cn/methbank/scm/）。

2022-01-18

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NAR | 陈加余/陈亮合作建立R-loop全基因组分布与调控的专家数据库

R-loop是由RNA:DNA杂合链和非模板单链DNA构成的三链结构，广泛存在于从细菌到人类等物种的基因组中。R-loop结构主要随细胞转录活动产生，受细胞精细调控而处于高度动态变化当中。生理水平下的R-loop结构密切参与转录调控、组蛋白与DNA的表观遗传修饰调控、DNA损伤修复、免疫球蛋白类型转换等生物学过程，并作为调控网络的一环，与蛋白因子协同发挥着重要的调控作用。另一方面，R-loop调控异常会造成染色质状态改变，基因转录失调和基因组稳定性下降等。研究表明R-loop调控蛋白的突变与R-loop的异常积累是导致神经退行性疾病、癌症、自身免疫性疾病等的潜在诱因之一。

2022-01-18

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不用做实验也可以轻松找到癌症组织特异性基因

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组织特异性基因（Tissue-specific Genes）是指在不同类型的细胞中特异性表达的基因，其调节细胞特异的形态结构或生理功能。组织特异性基因的表达是理解生物学过程、生理环境和疾病产生的关键，对TissGenes的研究将有助于深入了解致病机制和特异性治疗靶点，同时可以促进对临床相关的突变基因的发现。

2022-01-18

2390

你的数据可也可以发三篇NAR的文章

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生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。

2022-01-18

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