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文章/答案/技术大牛

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生信宝典

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Mol Plant | “益母草”何以“益母”？辰山植物园徐萍团队在植物学顶刊发文揭示益母草碱合成的秘密

大数据产品对象工作开发

很多人都听过“益母草”的名字。益母草（Leonurus japonicus Houtt.），是唇形科益母草属的传统药材，顾名思义，它在传统上常当作妇科用药，在亚洲和欧洲多地有着超过两千年的药用历史。益母草碱是益母草的主要药效成分，也是益母草属特有的天然产物。值得一提的是，有特殊气味的萜类化合物常常是唇形科药用植物的主要活性物质，而在益母草属中，活性物质却以益母草碱为代表的生物碱为主。近年来的研究表明，益母草碱在治疗脑中风和降低血脂方面疗效显著，目前已有临床实验正在进行。

2023-11-16

2091

NBT | 微生物研究所王军组在AI赋能挖掘微生物组功能多肽方面获得新进展

深度学习神经网络人工智能大数据

抗生素耐药是现代医学面临的严峻挑战之一，在近几十年来，产生抗生素耐药性的病原微生物持续增加，每年在全球范围内耐药菌引发感染造成的死亡人数达到70万人。抗菌肽（AMPs）作为解决抗生素耐药性的候选方案之一，具有不易产生抗药性、作用快速等优势，同时因为容易降解也不会对环境造成持续性污染。因此，开发出能够应对抗多重耐药菌的新药物，缓解耐药问题迫在眉睫；但传统方法筛选新药的候选分子成功率较低，亟需高通量的挖掘和筛选手段。

2022-03-27

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Mol Plant | 多家单位联合发布小麦组学大数据可视化和在线分析平台WheatOmics

随着小麦模式品种“中国春”的参考基因组以及不同倍性、不同品种小麦基因组/泛基因组的陆续发布，小麦研究业已进入了后基因组大数据时代。与此同时，基于外显子测序、基因组重测序、SNP芯片等技术的群体变异组，高通量转录组、蛋白组、代谢组，甚至表观修饰组、蛋白互作组、3D基因组等多组学数据在小麦中以指数倍积累，为促进小麦功能基因组学研究奠定了坚实基础。

2022-01-19

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NAR | 陈润生/何顺民/曾筱茜合作发布piRBase：piRNA综合数据资源平台

piRNA (PIWI-interacting RNAs) 是一类主要在生殖细胞中表达并与PIWI蛋白结合的非编码小RNA。piRNA的发现为非编码小RNA的研究开辟了一个新领域，因其数量众多，一经发现就引起了众多科研人员的广泛关注，并被Science评为2006年十大科技进展之一。现研究已发现piRNA在抑制转座子转录和基因转录后调控中扮演重要角色，此外在生殖干细胞分化、胚胎发育、维持基因组完整性、表观遗传学调控、异染色质的形成和物种的性别决定等方面也起着重要作用，并且越来越多的研究表明在癌症组织中piRNA的表达发生异常。

2022-01-18

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重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）

数据分析数据库大数据数据处理

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

2021-12-31

2.2K0

微生物组—宏基因组分析专题研讨会(2020.2)

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在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2020年2月14-16日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第七期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。

2019-12-25

1.4K0

微生物组分析 · 进阶

数据分析大数据 r 语言 shell 数据库

数据分析是相同的，通过一个简单的课程理解其中的原理，就可以推而广之，延伸到其他类型的数据分析，如扩增子，转录组，单细胞分析等

2019-12-11

1.3K0

NAR |非编码RNA相互作用数据库NPInter v4.0

数据库 sql 大数据 http

2019年10月31日，Nucleic Acids Research在线发表了中科院生物物理所健康大数据研究中心题目为“NPInter v4.0: An integrated database of ncRNA interactions”的论文，发布了最新版的NPInter（NPInter v4.0)。该数据库系统地收录了绝大多数种类非编码RNA的相互作用，并对相互作用以及相关分子进行了详细的注释以及可视化，提供了一个全面、系统的非编码RNA相互作用的研究平台。

2019-11-07

7900

2019年最后一期！你即将错过中科院大神给CNS的专属定制

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“工欲善其事必先利其器”，没有自己的分析平台，想分析大数据，那怎么能行。宏基因组数据量极大，前期原始下机的大数据想在自己本本上处理还是有难度的。好在现阶段一般的高校、科研院所、课题组都有自己的服务器，即使没有服务器，也可以租用国内的阿里云、腾讯云等服务。现在分析条件拥有了，如何把服务器变成宏基因组分析的利器呢，这是一个非常复杂的专业问题，在这里你马上可以学到！

2019-10-15

1.1K0

知道肠道菌种组成之后怎么做功能注释？

数据分析大数据 linux r 语言

在广大粉丝的期待下，《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年11月1-3日，北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第六期，为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析，独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上课视频回看反复练习)，“教—练—答—用”四个环节统一协调，真正实现独立分析大数据。

2019-10-10

2.3K0

我们误会cufflinks，虽然定量不准但却是很好的可视化工具

大数据 python

早期做转录组分析的朋友们应该都接触过Cufflinks，一款有争议的拼装和定量软件。对其拼装和定量准确性做了评估，拼装确实不如StringTie，但定量的稳定性结果还是可以的（起码在测试数据中）。不过现在作者也都放弃了，自然也很少会有人继续使用了。

2019-10-06

1.3K0

39个工具，120种组合深度评估 (转录组分析工具哪家强)

编程算法大数据 r 语言

RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA编辑和突变检测等，具体流程和常用工具如下图所示。通常的分析不一定需要走完全部流程，按需进行，某些步骤可以跳过、简化等。

2019-09-26

2K0

深入对比数据科学工具箱：Python和R之争

数据库大数据数据分析 sql

在真实的数据科学世界里，我们会有两个极端，一个是业务，一个是工程。偏向业务的数据科学被称为数据分析（Data Analysis），也就是A型数据科学。偏向工程的数据科学被称为数据构建(Data Building)，也就是B型数据科学。从工具上来看，按由业务到工程的顺序，这个两条是：EXCEL >> R >> Python >> Scala 在实际工作中，对于小数据集的简单分析来说，使用EXCEL绝对是最佳选择。当我们需要更多复杂的统计分析和数据处理时，我们就需要转移到 Python和R上。在确定工程实施和大数据集操作时，我们就需要依赖Scala 的静态类型等工程方法构建完整的数据分析系统。 Scala和Excel是两个极端，对于大多数创业公司而言，我们没有足够多的人手来实现专业化的分工，更多情况下，我们会在Python和R上花费更多的时间同时完成数据分析（A型）和数据构建（B型）的工作。而许多人也对 Python和R的交叉使用存在疑惑，所以本文将从实践角度对Python和R中做了一个详细的比较。

2019-08-30

9880

ggplot2的作者Hadley Wickham拿了"统计学界的诺贝尔奖"

数据分析大数据

|| 原文来源：统计之都 (https://mp.weixin.qq.com/s/dbVJoUtHk3ORrQbNp7IypQ)

2019-08-12

1.4K0

易生信-扩增子教程01-基本概念

存储大数据

距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。

2018-08-17

1.1K0

Cell：荧光标记out了，AI不用“侵入”也能识别细胞死活和类型

转自：大数据文摘|BigDataDigest 编译：蒋宝尚、龙牧雪（生信宝典略有修改） 4月12号，一项谷歌和生物医学研究机构Gladstone Institutes合作的有关“电子标记”的研究成果

2018-06-26

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生信宝典之傻瓜式 (五) - 文献挖掘查找指定基因调控网络

数据库大数据

如何快速查找指定基因的调控网络介绍了使用在线查询数据库 (http://evexdb.org/)对PubMed和PubMed Central中发表文章的摘要和全文为依据进行文本挖掘探寻基因直接可能的相互作用的工具。反响很好，但现在网站似乎出了点问题，获得的相互作用细节信息不能展开了(推测可能是使用的JS库无法加载)。有朋友留言推荐 Cytoscape literature search，一个存在历史挺久的Cytoscape插件，通过给定关键字搜索文献，并且基于搜索结果构建互作网络，帮助研究者快速搜索和提取基

2018-02-05

1.3K0

生信宝典之傻瓜式(四)蛋白蛋白互作网络在线搜索

大数据机器学习

傻瓜系列重启了，今天要介绍的是一款在线查询蛋白-蛋白互作网络的工具 STRING (https://string-db.org/)。 STRING数据库收录了2031个物种，9.6 Million个蛋

2018-02-05

2.5K0

一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据

爬虫大数据数据分析

爬虫是都不陌生的一个概念，比如百度、谷歌都有自己的爬虫工具去抓取网站、分析、索引，方便我们的查询使用。在我们浏览网站、查询信息时，如果想做一些批量的处理，也可以去分析网站的结构、抓取网页、提取信息，然后就完成了一个小爬虫的写作。网页爬虫需要我们了解URL的结构、HTML语法特征和结构，以及使用合适的抓取、解析工具。我们这篇先看一个简单的处理，给一个直观的感受：一个函数抓取网页的表格。以后再慢慢解析如何更加定制的获取信息。 HMDB (人类代谢组数据库)收录了很多代谢组的数据，用于代谢组学、临床化学、生物

2018-02-05

1.4K0

CIRCOS圈图绘制 - 染色体信息展示和调整

CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释介绍了CIRCOS的安装、基本的配置文件的解释、如何最简单的获得一个CIRCOS图。最主要的部分还是配置文件的位置信息和各个参数的含义解释。本篇则处理染色体层面展示时用到的配置参数，若有困惑的请先参考上一篇。如果两篇都没有讲明白，请留言。展示染色体染色条带数据把前面的配置文件再拓展一些，给染色体加上名字，并且按照染色深浅上色。 karyotype变量指定了绘制CIRCOS图所必须的一个文件 (文件的内容虽然通常是染色体的信息，但不局限于染色体信息，其它的区域信

2018-02-05

3.4K0

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