生信技能树

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RNA-seq入门实战(零):RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建

连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行...

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RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗

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KEGG数据库倒闭了吗

然后就找我,以为是我们的标准代码有问题,实际上我的 run_kegg 函数仅仅是包装了 Y叔的 clusterProfiler包而已 ,实际上里面没有啥玄机,如...

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10x的单细胞转录组fastq文件的R1和R2不能弄混哦

差不多几个小时就可以完成全部的样品的cellranger的定量流程,但是如果初次接触这个 基于10x的单细胞转录组fastq文件的cellranger的定量流程...

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菲沙医学单细胞多组学线上培训班重磅开启(空间单细胞转录组加上单细胞免疫组库)

确实,我们虽然有一个专注于单细胞数据处理技术分享的公众号:《单细胞天地》,但确实是一直专注于常规的单细胞转录组数据分析,无非是降维聚类分群,以及不同分组看细胞亚...

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基于GATK4标准找变异方法的自动化工作流程oVarFlow的使用

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复制粘贴就能运行的100套R实战演练代码也有错误

前面整理了100多套R代码,因为时间跨度有点长,而且公众号写作后没办法修改,所以安排实习生进行代码审查,看看是不是确实复制粘贴就可以运行。

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基于支持向量机模型的TNBC的分子亚型预测

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Hiplot 在线绘图工具的本地运行/开发库开源啦!

Hiplot 项目发起于 2019 年,是由国内生物信息学开源社区 Openbiox 和多家单位和机构共同建设的一个免费、易用、部分开源的综合在线绘图系统(生物...

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Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告

数字游民第三波有你吗 https://mp.weixin.qq.com/s/q864LQvsOOmd9nUyxk939w

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gget,一个能高效进行各式各样网络数据库查询的工具

希望所有的学徒,实习生以及马拉松授课学员都可以在咱们《生信技能树》的舞台上大放异彩。前面有粉丝自告奋勇希望可以把他自己在简书等平台的生物信息学笔记分享在我们《生...

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不同软件算法拿到的统计学显著突变基因交集很少

当然了,不同公司的WGS,WES和捕获测序产品不一样,但是背后的原理是一致的,都是要找 点突变和拷贝数变异,最后根据不同分组或者队列样品的统计学检验, 去确定 ...

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抢救你破碎的测序数据

肉眼看起来没有啥问题,因为对方本来就是测序数据文件破损了,所以也无所谓md5校验了,本来是想把它们全部先解压再说,马上就报错:

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表达量矩阵差异分析决定上下调基因的阈值

我们需要批量下载它们并且进行最简单的表达量矩阵差异分析,并且给出来统计学显著的上下调基因。现在看来当然是非常简单了,公众号推文在:

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只能下载bam文件的10x单细胞转录组项目数据处理

但是有一些文章并不会给我们表达量矩阵,而是原始数据,比如sra文件或者fastq文件,就需要自己走cellranger的定量流程啦。我们在单细胞天地多次分享过c...

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为什么 bulk RNA-seq 差异表达在单细胞世界中不是最有用的

最近学徒在复现文献图表的时候接触到了一个难搞的单细胞转录组项目,降维聚类分群结果非常糟糕,我看了看其dotplot发现主要是部分基因无处不在导致很多单细胞亚群特...

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单细胞数据清洗的这5个步骤你会做吗?

写教程的话,我的优点仅仅是量大,坚持了七年多写了超1万篇教程。但实际上绝大部分都浮于表面,深度不够。

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获取基因有效长度的N种方法

最近有粉丝自告奋勇希望可以把他自己在简书等平台的生物信息学笔记分享在我们生信技能树公众号,在专业的舞台上跟大家切磋!

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往前一步是优秀,退后一步是懵懂

我们的生信入门班和数据挖掘线上直播课程已经有了三年多的历史,培养了一波又一波优秀的生信人才。前面提到R语言授课时的超纲练习题,已经分享过两位优秀学员的答案。

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抓出那些重复的基因

我们的生信入门班和数据挖掘线上直播课程已经有了三年多的历史,培养了一波又一波优秀的生信人才。课堂上设置的练习题代表着以目前学到的知识所能完成实战,学员们对待练习...

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