如果分组在3张图里面体现不出来，实际上后续差异分析是有风险的。这个时候需要根据你自己不合格的3张图，仔细探索哪些样本是离群点，自行查询中间过程可能的问题所在，或...
就可以求出唯一解：X= -984.7667 Y= -61.2 Z= 327.5667 看起来确实有点难度哦！
虽然生存分析如此重要而且如此常见，但是仍然有一些未解之谜，不同数据库来源，病人的不同时期的记录信息，以及不同的阈值分组，拿到的结果居然是可以不一样的！虽然大家都...
因为他们是中山大学肿瘤防治中心，所以病人队列不用愁，实验设计也合理，集中于挖掘用于各种癌症的诊断和预后模型，都是DNA甲基化位点。我们以最新的结直肠癌为例，看看...
最近有粉丝求助，说自己已经耗费十多天了还没有把一个NT数据库下载下来，不得已充值会员费希望可以加速，但是效果也很惨淡，如下图：
早在教程：RNA芯片和测序技术的比较（学徒作业）,我其实就提出来了，比较同样实验设计的两个表达量探索研究，一个研究使用的是芯片，一个是测序，看看两者的差异基因情...
但是我一直在纳闷，为什么都是肿瘤学大佬呢，ngs组学也可以应用于其它疾病啊，心血管疾病，糖尿病啥，最近搜文献无意中发现了一个类风湿关节炎，Rheumatoid ...
但是同样的也带来了一个问题，就是常规分析已经引起不了大家的兴趣，没办法脱颖而出，发文章就很困难。虽然说可以去找其它分子，比如circRNA，lncRNA，miR...
让我想起来了另外一个COVID-19病毒感染病人的单细胞研究，发表在Cell Discov. 2020 May ,标题是：Immune Cell Profili...
其实还有另外一个策略，有点类似于人工选择啦，通常是可以往热点靠，比如肿瘤免疫，相当于你不需要全部的两万多个基因的表达量矩阵进行后续分析，仅仅是拿着几千个免疫相关...
比如发表在peerJ的BIOINFORMATICS AND GENOMICS的文章Identification of key candidate genes a...
学习过TCGA数据挖掘课程的朋友们都应该是知道，可以使用GDC工具来进行TCGA数据下载，首先需要下载一个编译后的二进制可执行的GDC工具软件文件，简单的bin...
2017年BMC文章：De novo assembly and characterization of breast cancer transcriptomes...
我在生信技能树和生信菜鸟团都系统性总结过常见GEO数据库的芯片处理技巧，但是也有一些小众芯片我懒得去研发它的流程。但是我们生信技能树R语言之统计可视化讲师小洁却...
好奇怪，最近大家完成学徒作业的积极性很差，是习题太难了吗？一个简单突变位点做生存分析居然拖了一两个月才有人提交笔记！前面的题目见：学徒作业-两个基因突变联合看生...
其实我们讲解过，绘图代码本身搜索即可拿到，关键词 ggpubr paired boxplot ，输入到 https://cn.bing.com/?ensear...
我多次在学徒作业强调了 3大基因芯片产商里面，就Agilent公司的芯片比较难搞，比如Agilent芯片表达矩阵处理(学徒作业) 以及 oligo包可以处理ag...
bed格式文件至少包括前3列，分别是：染色体的名字、染色体上的起始位置、染色体上的终止位置。这一步无论用写字板、excel、R等进行处理都可以，文件的后缀名也不...
前些天我在生信技能树提出来了一个转录组数据分析的疑难杂症：RNA-seq的fastq文件里面为什么有gc含量的双峰，就是fastq测序数据质量控制的时候发现了G...
这个留言恰好回答了最近学员的一个疑问：在转录组大行其道的今天，简单的药物处理细胞系前后转录组数据分析结果如何玩出新意呢，毕竟一般来说就2个分组，6个样本，看起来...
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