生信技能树

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批量与并行不一样

入门级做好配置文件命令脚本文件提交至后台进阶级做好配置文件命令脚本文件提交至后台补充一个错误的例子

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1999元生信公共数据库挖掘视频资源免费送(生信必备资源)

①实验操作:细胞、分子、蛋白等各种实验操作百度云视频;②软件实操:Stata、revman、SPSS等各种软件及实操百度云视频;③生信挖掘:GEO、TCGA、O...

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单细胞转录组下游分析这样报价合理吗?

单细胞转录组的流行趋势让我们惊讶,不少有钱的课题组甚至宣传以后只上单细胞转录组,传统的bulk测序干脆不做了,可是花了几百万经费拿到一堆表达矩阵,然后呢?

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BRCA的甲基化信号分型(逆向收费读文献2019-11)赠送一篇文章思路

2年前,考虑到科研路的艰难,我组建了文献阅读小组,广邀粉丝参与,从自身做起,开始学习及分享!感兴趣可以点击下面的链接跳转去了解详情:

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BRCA分型之PAM50(逆向收费读文献2019-10)

2年前,考虑到科研路的艰难,我组建了文献阅读小组,广邀粉丝参与,从自身做起,开始学习及分享!感兴趣可以点击下面的链接跳转去了解详情:

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对参考基因组按照200k分区间统计测序深度及GC含量

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz

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听说Excel表格动了你的基因名?

帮同学处理一下他从公司拿到的差异分析结果,当然,给我的是Excel表格,老规矩,导出csv然后读入R,然后准备顺手画个火山图,PCA图,热图,做个GO/KEGG...

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TNBC分型研究的来龙去脉(逆向收费读文献2019-09)

2年前,考虑到科研路的艰难,我组建了文献阅读小组,广邀粉丝参与,从自身做起,开始学习及分享!感兴趣可以点击下面的链接跳转去了解详情:

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100篇泛癌研究文献解读之核受体基因家族探索

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://...

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R包安利 ② pubmed.mineR—又一个PubMed利器

使用R语言查询单细胞转录组这个关键词在2010-2019年的文章数量! 如果没有,或者还没来得及动手,那么今天这个R包也可以尝试一下:

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R包安利 ① easyPubMed—PubMed利器

生信技能树新晋学徒一枚,按照规矩要先经过魔鬼班的推文教程考核,大家近期会看到她在我的指导下分享的学习心得笔记。

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TCGA数据库临床资料官方大全

因为TCGA计划跨时太长,纳入研究的病人数量太多, 或多或少有点资料继续错误或者不完整,所以TCGA团队下功夫在计划结束后(April 2018)完整的系统性的...

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100篇泛癌研究文献解读之使用EXPANDS和PyClone量化肿瘤内部异质性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://...

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求助:Zotero中添加Markdown插件失败

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干扰MYC-WWP1通路重新激活PTEN的抑癌活性——3步搞定GSEA分析

PTEN(Phosphatase And Tensin Homolog)是一个重要的抑癌基因,编码的蛋白具有蛋白磷酸酶和脂质磷酸酶活性,能拮抗PIK3-AKT信...

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100篇泛癌研究文献解读之激酶相关基因融合事件

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://...

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根据甲基化探针信号值把样本分成CIMP组

Methylation datasets of 529 TCGA COADREAD samples were obtained from https://tcg...

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染色体全局可视化

先安装 ChromHeatMap 包,里面存放有 cytoBand坐标信息,可以简单检查一下。

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服务器集群任务调度系统大比拼!

普通刀片节点配备 两颗 Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2692 v2 @ 2.20GHz 共24物理核,内存为64G 调度系统为 Slurm...

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100篇泛癌研究文献解读之微卫星不稳定性

为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹,加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考:https://...

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