生信技能树

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数据整理这一块工作商业公司可能做得更好-人类lncRNA大全

正好我看到一款商业芯片 Arraystar Human LncRNA Array V4.0 ,上面介绍:

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最新的肿瘤突变查找神器lancet试用体验

名字跟大名鼎鼎的柳叶刀期刊撞车,软件主页在:https://github.com/nygenome/lancet

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LD_LIBRARY_PATH详解,从此不害怕安装C语言源代码软件(欢迎海南大学的51粉丝)

我在B站上面讲解过软件安装全集,其实是怕新手还没入门就放弃,所以只是简单分类,然后强调大家尽量不要碰C源代码软件,能conda就conda,实在不行找二进制可执...

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WGCNA分析+公共数据库挖掘你感兴趣的癌症

原文链接: Application of weighted gene co-expression network analysis to identify ke...

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12月份第2周(总第46周)探索TNBC新的亚型分类

发表于:Clin Cancer Res. 2015 Apr 文章题目是:Comprehensive Genomic Analysis Identifies No...

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你凭啥写“该基因在人体中高表达”--谁给你的勇气,梁静茹吗?

摸着你的良心,你有没有在文章的introduction里面煞有介事的介绍过某基因,你写“xxx基因是在人体中分布广泛、高表达且高保守的基因/蛋白,主要参与XXX...

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2433个乳腺癌患者的173个基因的突变全景图

乳腺癌具有患者间与同一患者肿瘤内的基因组变异性。以患者间的异源性分类早期乳腺癌生物亚型,现在临床对乳腺癌患者通常是观察 morphological assess...

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爬虫写完了,运行了,然后呢?

看到这个问题,我首先想到的是R和python。基础的爬虫无非是:构建URL、根据页面结构解析爬取关键信息、整理数据格式输出结果。

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在R里面玩转vcf文件

其中meta存储着vcf的头文件,而fix存储在vcf的固定列,gt存储在样本基因型信息。

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终于赶走那些恼人的警告了

程序员的3个美德,其中之一就是懒惰,凡是不影响大局的代码警告我都懒得去解决,比如每次启动R语言都会有:

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用Modules优雅地管理服务器的环境变量

在我管理的基因组学群里,今天有人提出了这样一个问题,如果有多个版本的BLAST,并且都是用conda安装,应该如何调用不同版本的BLAST

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TCGA体细胞突变系列教程--胃癌

有这个想法很久了,我教了很多人如何批量下载TCGA数据,以及分析各个癌症的somatic突变信息以及TMB,还有突变的特征频谱。

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“精准医学研究”重点专项阶段性成果大揭秘

自从2016年科技部公布了国家重点研发计划 “精准医学研究”重点专项,陆续有97(2016年第一批批准61个,2017年第二批批准36个)个项目获得支持。

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使用FACETS对ngs数据找CNV

肿瘤样本拷贝数变异 (CNV,copy number variation),即 somatic CNV 是最主要的体细胞突变之一。

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学好生信,救人一命

最近谈到癌症的话题,可能让人立马谈”病”色变。但是早在两年前,一个生物学家利用数据分析,成功治好了自己的癌症。

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FDA致病菌检测挑战赛结果发布,厦门极元科技总分排名第二

近期,美国食品药品监督局FDA通过在线平台precisionFDA (https://precision.fda.gov) 举办了CFSAN Pathogen ...

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可以试用一下这个号称能取代GATK best practice的工具套件

逛biostar的时候无意发现了这个神器,至于为什么我会逛biostar论坛了,明天你们就知道了。

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SSH的一些稀奇古怪的报错

这次我没有去谷歌搜索就想到了解决方法,很明显报错解释的很清楚,是我的 /home/jianmingzeng/.ssh/known_hosts 文件里面之前记录的...

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在ubuntu使用apt install的fastqc是有bug的

所以我就去了我的生物信息学常见1000个软件的安装代码:https://www.jianshu.com/p/ae28e8e3e9f5 找到了fastqc软件下载...

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防止ssh登录服务器的掉线

因为云服务器是我自己的,而要给十几个新手使用,所以我应该使用root权限来选择修改sshd_config文件里面的服务端参数,这样才能做到一次修改,终身受益!!...

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