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Science杂志：富集结果条形图还可以聚类吗？
数据库
表格
技巧
排序
数据
含义：作者对一组基因 PDAC KRAS-ERK UP essential genes 进行KEGG，GOBP，GOCC 以及 REACTOME 进行 ORA 功能富集分析，根据富集的 pvalue 和 logFC 对通路进行聚类（ (? 这个聚类指标很迷惑，图中横坐标展示的是log2FC，但 ORA 富集结果没有这个指标，所以这里我用的-log10(adj. p-val), 故本次绘图的通路聚类在本文中没有特殊含义，纯代码技巧）。
生信技能树
2025-03-04
2
0
Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌(五)|| 数据合并, 标准化、特征选择以及聚类
meta
可视化
数据
github
data
今天继续来学习他的代码wiki上的：https://github.com/RegnerM2015/scENDO_scOVAR_2020/wiki
生信技能树
2025-03-03
25
0
可以质疑来自哈佛医学院的顶刊Cell结果吗？
matrix
数据
数据分析
cell
file
最早看到这篇文章在某公众号：发现Cell文章“造假”，怎么办？？。他质疑了作者的单细胞数据分析结果有问题，下面来看看这篇 Cell文章中有什么古怪呢！！！
生信技能树
2025-03-03
12
0
一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战（二）
数据分析
https
工具
论文
数据
之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全 和 Omni-ATAC：更新和优化的ATAC-seq协议（NatProtoc），我们今天就来实战介绍！
生信技能树
2025-02-28
81
0
一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战（一）
数据
索引
数据分析
sh
工具
之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全 和 Omni-ATAC：更新和优化的ATAC-seq协议（NatProtoc），我们今天就来实战介绍！
生信技能树
2025-02-27
90
0
怀疑了不该怀疑的人
基础
入门
数据
工作
函数
这个问题有两个学生反馈过，但我又重复不出来这个报错，所以先帮他们搞定了需要的文件，然后准备找个网络好的时间远程看看。
生信技能树
2025-02-26
50
0
画个同款新奇的“Galaxy”星系UMAP图（Nat Immunol：IF27.8）
int
对象
数据
nat
element
前面我们已经介绍了如何在umap图上加圈：给你的单细胞umap图加个cell杂志同款的圈，以及绘制星系umap图：5种方式美化你的单细胞umap散点图，那两者组合起来呢？今天学习的这个好看的图来自文献《The aged tumor microenvironment limits T cell control of cancer》，于2024年6月25日发表在Nat Immunol杂志上（IF27.8）。如下：
生信技能树
2025-02-25
91
0
数据集“变脸术”？曾老板给的双胞胎数据集之谜
list
merge
table
数据
芯片
这两个数据集分别是：2012年update 在GEO上的 GSE41258，以及 2015年 update的GSE68468
生信技能树
2025-02-24
29
0
WGCNA鉴定三阴性乳腺癌中的core lncRNA之数据提取（2025版）
数据库
core
count
sample
数据
以前的专辑见：wgcna，以及 githut上的代码：https://github.com/jmzeng1314/my_WGCNA
生信技能树
2025-02-24
84
0
一步一个坑：单细胞数据的h5ad格式转换成R可读取对象
data
meta
pca
对象
数据
随手一搜，找到一个帖子：https://zhuanlan.zhihu.com/p/12861008987#:~:text=%E4%BD%BF%E7%94%A8%20SeuratDisk%20%E5%8C%85%E4%B8%AD%E7%9A%84%20LoadH5Seurat%20%E5%87%BD%E6%95%B0%E6%97%B6%E6%8A%A5%E9%94%99%EF%BC%9A,%E8%A7%A3%E5%86%B3%E5%8A%9E%E6%B3%95%EF%BC%9A%20overwrite%20%3D%20TRUE%2Cassay%20%3D%20%22RNA%22%29
生信技能树
2025-02-20
107
0
六分组疾病进展的关键基因差异箱线图绘制
技巧
数据
人工智能
list
变量
我们每一次的绘图不光光只有绘图的技巧，还带有对文章提供的原始数据处理小技巧，大家可不要忽略了这个呀！还有图和数据在这篇文章中的应用，都是可以学习的！
生信技能树
2025-02-20
60
0
DoubletDecon 过滤到放弃！|| Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌（四）
算法
源码
github
软件
数据
今天继续来学习他的代码，代码部分接上面的稿子，做完了数据预处理，DoubletFinder双细胞鉴定。
生信技能树
2025-02-19
96
0
Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌（三）|| 双细胞过滤之 DoubletFinder
github
可视化
软件
数据
性能
今天继续来学习他的代码，代码部分接上面的稿子，做完了数据预处理，保存的对象为saveRDS(rna,"./rna_predoublet_PassedPC1Checks.rds")。
生信技能树
2025-02-19
48
0
如何批量查询单个基因的功能通路？
go
数据库
db
集合
数据
学员的基因我们就不放了，我们随便找一个基因比如 EPCAM，一个上皮细胞的经典基因。我们上面讲了，基因的注释与富集含义是一样的，只不过富集是显著注释的通路，通过卡一个pvalue或者其他的阈值挑选得到，那我们第一种方法就用功能富集的方式拿到这个基因注释到的通路：
生信技能树
2025-02-19
83
0
pdx模型的人和小鼠单细胞数据分析方案
模型
数据
人工智能
数据分析
expression
首先，有些人比如我可能还不是很了解什么是pdx模型，让人工智能大模型帮我介绍一下。问kimi（https://kimi.moonshot.cn/）：什么是pdx模型？
生信技能树
2025-02-19
102
0
WGCNA升级：CCNA+WGCNA筛选更可靠的候选基因
data
database
脚本
数据
索引
今天给大家介绍一个WGCNA的新玩法，即一致性共表达网络分析（Consensus co-expression network analysis，CCNA），该方法于2022年9月份发表在 Journal of Advanced Research 杂志（IF=11.4）上，文献标题为：《Consensus co-expression network analysis identifies AdZAT5 regulating pectin degradation in ripening kiwifruit》。
生信技能树
2025-02-19
113
0
突出你的新发现：高亮富集结果中的关键通路绘制
对象
数据
算法
正则表达式
dt
这个文章给我们提供了一种筛选与疾病高度相关的细胞亚群方法，即Scissor算法，它利用单细胞数据和 bulk RNA-seq 数据及表型信息识别与疾病高度相关的细胞亚群。关于什么是 Scissor+ cells 细胞以及 如何鉴定 Scissor+ cells 与 Scissor- cells，我们下期介绍，前面生信技能树也有相关介绍的贴子：
生信技能树
2025-02-19
73
0
Kallisto定量结果：如何将transcript-level表达矩阵转为gene-level
笔记
软件
数据
file
txt
这里将transcript-level表达矩阵转为gene-level的矩阵，使用的是R包 tximport，学习链接：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/tximport/inst/doc/tximport.html。这个软件可以接受这些软件的转录本定量结果：
生信技能树
2025-02-12
51
0
Github全套代码文献复现之卵巢和子宫内膜肿瘤（二）|| 作者不进行 UMI count 回归的原因
github
count
data
umi
数据
文章对应的数据为：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE173682，作者针对每个样本进行单独的预处理，然后进行merge合并继续后面的分析。
生信技能树
2025-02-10
64
0
Kallisto 软件的上、下游分析流程
统计
工具
软件
数据
索引
简单的搜了一下相关资料，发现这个软件不需要经过比对就可以直接进行转录本层面的定量，于2016年5月份发表在Nat Biotechnol（IF=33.1），标题为《Near-optimal RNA-Seq quantification》。
生信技能树
2025-02-10
103
0
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