生信技能树

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PCA都分不开的两个组强行找差异是为何

如果分组在3张图里面体现不出来,实际上后续差异分析是有风险的。这个时候需要根据你自己不合格的3张图,仔细探索哪些样本是离群点,自行查询中间过程可能的问题所在,或...

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在R里面对三元一次方程求解

就可以求出唯一解:X= -984.7667 Y= -61.2 Z= 327.5667 看起来确实有点难度哦!

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生存分析凭什么不需要矫正P值

虽然生存分析如此重要而且如此常见,但是仍然有一些未解之谜,不同数据库来源,病人的不同时期的记录信息,以及不同的阈值分组,拿到的结果居然是可以不一样的!虽然大家都...

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这样的诊断模型才优秀

因为他们是中山大学肿瘤防治中心,所以病人队列不用愁,实验设计也合理,集中于挖掘用于各种癌症的诊断和预后模型,都是DNA甲基化位点。我们以最新的结直肠癌为例,看看...

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什么!!!超70G的NT数据库文件一个小时搞定?

最近有粉丝求助,说自己已经耗费十多天了还没有把一个NT数据库下载下来,不得已充值会员费希望可以加速,但是效果也很惨淡,如下图:

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不要看数量,要看质量

早在教程:RNA芯片和测序技术的比较(学徒作业),我其实就提出来了,比较同样实验设计的两个表达量探索研究,一个研究使用的是芯片,一个是测序,看看两者的差异基因情...

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3D的火山图我也是第一次见

但是我一直在纳闷,为什么都是肿瘤学大佬呢,ngs组学也可以应用于其它疾病啊,心血管疾病,糖尿病啥,最近搜文献无意中发现了一个类风湿关节炎,Rheumatoid ...

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这样拿差异基因集做肿瘤诊断模型不是明知故问吗

但是同样的也带来了一个问题,就是常规分析已经引起不了大家的兴趣,没办法脱颖而出,发文章就很困难。虽然说可以去找其它分子,比如circRNA,lncRNA,miR...

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同样的单细胞研究,为什么发表的文章杂志等级差别那么大

让我想起来了另外一个COVID-19病毒感染病人的单细胞研究,发表在Cell Discov. 2020 May ,标题是:Immune Cell Profili...

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免疫相关基因数量到底是多少个

其实还有另外一个策略,有点类似于人工选择啦,通常是可以往热点靠,比如肿瘤免疫,相当于你不需要全部的两万多个基因的表达量矩阵进行后续分析,仅仅是拿着几千个免疫相关...

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多个数据集整合神器-RobustRankAggreg包

比如发表在peerJ的BIOINFORMATICS AND GENOMICS的文章Identification of key candidate genes a...

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遇事不慌,控制变量法帮助你

学习过TCGA数据挖掘课程的朋友们都应该是知道,可以使用GDC工具来进行TCGA数据下载,首先需要下载一个编译后的二进制可执行的GDC工具软件文件,简单的bin...

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转录组高级分析之融合基因

2017年BMC文章:De novo assembly and characterization of breast cancer transcriptomes...

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gpr格式的芯片原始数据处理(神技能)

我在生信技能树和生信菜鸟团都系统性总结过常见GEO数据库的芯片处理技巧,但是也有一些小众芯片我懒得去研发它的流程。但是我们生信技能树R语言之统计可视化讲师小洁却...

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突变位点生存分析

好奇怪,最近大家完成学徒作业的积极性很差,是习题太难了吗?一个简单突变位点做生存分析居然拖了一两个月才有人提交笔记!前面的题目见:学徒作业-两个基因突变联合看生...

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绘图本身很简单但是获取数据很难

其实我们讲解过,绘图代码本身搜索即可拿到,关键词 ggpubr paired boxplot ,输入到 https://cn.bing.com/?ensear...

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aglient芯片原始数据处理

我多次在学徒作业强调了 3大基因芯片产商里面,就Agilent公司的芯片比较难搞,比如Agilent芯片表达矩阵处理(学徒作业) 以及 oligo包可以处理ag...

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使用bedtools根据染色体上的起止位置拿到基因symbol

bed格式文件至少包括前3列,分别是:染色体的名字、染色体上的起始位置、染色体上的终止位置。这一步无论用写字板、excel、R等进行处理都可以,文件的后缀名也不...

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去rRNA可以解决GC含量双峰的右峰

前些天我在生信技能树提出来了一个转录组数据分析的疑难杂症:RNA-seq的fastq文件里面为什么有gc含量的双峰,就是fastq测序数据质量控制的时候发现了G...

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药物处理细胞系前后转录组数据该如何分析出花来?

这个留言恰好回答了最近学员的一个疑问:在转录组大行其道的今天,简单的药物处理细胞系前后转录组数据分析结果如何玩出新意呢,毕竟一般来说就2个分组,6个样本,看起来...

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