生信技能树

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在R里面对坐标进行基因组区域注释

这里可以使用大名鼎鼎的Y书开发的ChIPseeker包,加上人类的注释信息包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene来进行注释,示例代...

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第5篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)——ChIPQC

第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools

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TCGA的28篇教程-早期泛癌研究

主要是研究肿瘤纯度,拷贝数变异,突变全景图,驱动突变,肿瘤异质性。我这里挑选第一个肿瘤纯度的泛癌研究进行解读:

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blast简介及格式解读及练习题

双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch(NW)和Smith-Waterman algorithm(SW)算法,虽然精度高,但计...

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下载文件一定要md5校验一下

因为要使用STAR-fusion软件,其GitHub主页里面提到了配置好的数据库文件,我就想直接下载,如下:

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第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools

在下游分析前,最好是先对peak calling 后的ChIP-Seq数据进行质量评估。

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给学徒的GEO作业

看懂文章:https://www.jci.org/articles/view/96060/figure/1 看其C子图里面的TRAF4基因在4个数据集的表达量,...

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TCGA的28篇教程-所以癌症的突变全景图

有了MAF格式的突变数据,比如TCGA里面的乳腺癌的1000个左右的样本的突变信息,就很容易走maftool这个包,进行绘图,代码如下:

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把含有多样本的vcf文件拆分

非常多已经造好的轮子可以完成,包括bcftools,vcftools,还有大名鼎鼎的GATK,随便举例如下:

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第3篇:用MACS2软件call peaks

Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。

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生信基础50问-GC含量是否应该成正态分布呢

起初fastqc软件是为鸟枪法测序的WGS开发的,所以其报告的很多项目其实并不适合于其它NGS组学数据。比如下面的各项统计:

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第2篇:原始数据的质控、比对和过滤

首先对拿到的原始测序数据(fastq或fastq.gz格式)进行质控检测,直接用fastqc软件,再加上multiqc将多个检测结果一起展示。 如:

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Conquer-对单细胞数据差异表达分析的重新审视

随着单细胞测序技术的流行,我们对复杂疾病和性状的理解从patient,tissue的表达谱(bulk RNA-seq)到单个细胞的表达谱(single cell...

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第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同

ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequenc...

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shell界面颜值知多少

颜色值设置: PS1中设置字符颜色的格式为:[\e[F;Bm],其中“F“为字体颜色,编号为30-37,“B”为背景颜色,编号为40-47。

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给学徒的ATAC-seq数据实战

查看文章发现数据上传到了GEO,是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE66581

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ENCODE数据库深入挖掘——发现增强子预测新方法

今天分享的是标题为Differentialanalysis of chromatin accessibility and histone modificatio...

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circRNA分析利器KNIFE试用笔记

从release中选择v1.4稳定版本下载,不建议使用git clone下载,开发版还有一些bug未解决。

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CRISPR相关公司的股价大跌背后的故事

被称为基因魔剪的CRISPR-Cas9(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)技...

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给学徒ChIP-seq数据处理流程(附赠长达5小时的视频指导)

查看文章发现数据是: Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II var...

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