这里可以使用大名鼎鼎的Y书开发的ChIPseeker包，加上人类的注释信息包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene来进行注释，示例代...
第4篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）——phantompeakqualtools
主要是研究肿瘤纯度，拷贝数变异，突变全景图，驱动突变，肿瘤异质性。我这里挑选第一个肿瘤纯度的泛癌研究进行解读：
双序列比对可以采用是基于动态规划算法的Needleman-Wunsch（NW）和Smith-Waterman algorithm（SW）算法，虽然精度高，但计...
因为要使用STAR-fusion软件，其GitHub主页里面提到了配置好的数据库文件，我就想直接下载，如下：
在下游分析前，最好是先对peak calling 后的ChIP-Seq数据进行质量评估。
看懂文章：https://www.jci.org/articles/view/96060/figure/1 看其C子图里面的TRAF4基因在4个数据集的表达量，...
有了MAF格式的突变数据，比如TCGA里面的乳腺癌的1000个左右的样本的突变信息，就很容易走maftool这个包，进行绘图，代码如下：
非常多已经造好的轮子可以完成，包括bcftools，vcftools，还有大名鼎鼎的GATK，随便举例如下：
Peak calling即利用计算的方法找出ChIP-seq或ATAC-seq中reads富集的基因组区域。
起初fastqc软件是为鸟枪法测序的WGS开发的，所以其报告的很多项目其实并不适合于其它NGS组学数据。比如下面的各项统计：
首先对拿到的原始测序数据（fastq或fastq.gz格式）进行质控检测，直接用fastqc软件，再加上multiqc将多个检测结果一起展示。 如:
随着单细胞测序技术的流行，我们对复杂疾病和性状的理解从patient，tissue的表达谱(bulk RNA-seq)到单个细胞的表达谱(single cell...
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequenc...
颜色值设置： PS1中设置字符颜色的格式为：[\e[F;Bm]，其中“F“为字体颜色，编号为30-37，“B”为背景颜色，编号为40-47。
查看文章发现数据上传到了GEO，是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE66581
今天分享的是标题为Differentialanalysis of chromatin accessibility and histone modificatio...
从release中选择v1.4稳定版本下载，不建议使用git clone下载，开发版还有一些bug未解决。
被称为基因魔剪的CRISPR-Cas9（Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats）技...
查看文章发现数据是： Polycomb associates genome-wide with a specific RNA polymerase II var...
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