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综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全
数据处理
工具
软件
python
数据分析
今年会在以往的基础上进行迭代与更新，并进行扩展，添加新的内容如scATAC-Seq，欢迎关注新专辑《ATAC-Seq 数据分析2025》~
生信技能树
2025-01-23
22
0
python版本的功能富集分析：GSEApy
笔记
集合
数据
python
数据库
今天是第一篇，我们生信技能树前面推出了一个python单细胞课程：《掌握Python，解锁单细胞数据的无限可能》。群里学员问的最多的一个问题就是: python版本的功能富集分析如何做？一起来看看 python包：GSEApy。
生信技能树
2025-01-23
13
0
给你的单细胞umap图加个cell杂志同款的圈
aes
cell
对象
数据
优化
+CPI colitis全称：Check point inhibitor-induced colitis
生信技能树
2025-01-22
63
0
python单细胞学习笔记-day5
数据
数学
学习笔记
python
函数
导入模块：这里引入了plotnine里面所有的函数，这样就不需要每次都写plotnine.xx函数。
生信技能树
2025-01-22
20
0
python单细胞学习笔记-day4（续）
数据
学习笔记
python
排序
配色
相比传统的for循环，列表推导式更加简洁和易读，可以把结果直接保存为列表或者是字典
生信技能树
2025-01-22
45
0
这种作者只提供了每组多个重复样本合并后数据的怎么办
list
变量
模型
数据
统计
GSE65031 这个数据为小鼠肺组织样本，总共有4个分组为三个时间节点 + 一个对照，每个分组有5个样本，但是测序的时候呢同一个组别中的这五个样本的 RNA 进行了 pool，然后再测序。
生信技能树
2025-01-20
38
0
年度总结 | 2024年Nature Communications计算生物学方法论文精选
数据
工具
开发
论文
模型
2024年是人工智能大放异彩的一年，生成式人工智能技术持续高速发展，深刻影响着我们生活的方方面面。10月，机器学习算法和AI模型设计蛋白质分别获得诺贝尔奖，在AI for Science研究热潮的推动下，越来越多的研究者将目光投向了人工智能与生物学交叉的前沿领域——计算生物学（Computational Biology）。
生信技能树
2025-01-20
117
0
高颜值复杂热图绘制小技巧
list
对象
函数
技巧
数据
这幅图展示了 两分组（KRAS-mt vs KRAS-wt）差异分析结果中 21个上调基因 与 14 个下调 差异基因在不同样本中的基因表达水平模式，热图上方 展示了 样本的许多临床性状特征 如 Stage分期，年龄，性别，CMS 分子分期等。热图如下：
生信技能树
2025-01-19
64
0
housekeeper基因在肿瘤与正常样本中会发生显著差异表达吗？
编码
数据
数据库
count
list
首先，我们来问一下人工智能大模型kimi：人类 housekeeper基因有哪些，介绍并生成一个R向量
生信技能树
2025-01-19
47
0
一种很新的功能富集结果展示方法
表格
技巧
数据
数据库
element
图注：Fig. 4. KRAS-ERK–dependent genes are essential for cell proliferation in PDAC. (A) Overrepresentation analysis for Reactome terms in three KRAS signatures: PDAC KRAS-ERK UP, PDAC KRASi UP, and PDAC iKras UP. The top 10 terms are shown.
生信技能树
2025-01-17
112
0
三种方式下载GEO芯片注释文件GPL
入门
数据
芯片
geo
多线程
一般，我最先会使用 GEOquery这个包进行下载，代码如下，只需要给出 GEO编号，设置 getGPL = T即可，随便给一个GSE编号：GSE228568
生信技能树
2025-01-16
115
0
单个基因在单细胞里面如何分析呢？
data
table
队列
模型
数据
我们今天来看看第二种思路，介绍的文献标题为：《Tumor cell-intrinsic MELK enhanced CCL2-dependent immunosuppression to exacerbate hepatocarcinogenesis and confer resistance of HCC to radiotherapy》，于 2024 年 6 月份发表在 Mol Cancer 杂志（IF = 27.7）上。
生信技能树
2025-01-16
139
0
单基因绘制组间差异箱线图及ROC曲线
模型
数据
人工智能
roc
函数
ggplot2 是 R 语言中一个非常强大的绘图包，能够绘制出更加美观和复杂的图形。
生信技能树
2025-01-15
165
0
线粒体基因缺失之谜
data
metadata
可视化
数据
数据处理
数据集编号为 GSE141445：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE141445
生信技能树
2025-01-14
63
0
python单细胞学习笔记-day4
统计
学习笔记
python
函数
数据
我这里用的vscode 连接服务器，使用 jupyter 插件，选择库就是页面的右上角，直接进行选择：
生信技能树
2025-01-14
46
0
顶刊 Science 文献两分组差异结果比较图复现
label
表格
数据
data
external
Top 200 UP/DN genes from 24-hour KRAS siRNA and ERKi RNA-seq experiments
生信技能树
2025-01-13
117
0
KEGG富集结果7大分类展示
开发
系统
优化
数据库
element
可能很多人做KEGG Pathway富集时，还没有了解过KEGG 通路数据库也有分类呢？
生信技能树
2025-01-13
136
0
python单细胞学习笔记-day2
数组
学习笔记
字符串
python
快捷键
vscode中在这里选择，Y与M键也可以使用，选中cell，按住ESC退出，Y与M键来回切换试试看
生信技能树
2025-01-11
68
0
python单细胞学习笔记-day1
服务器
镜像
学习笔记
python
pip
pip是 Python 的包管理工具，用于安装、升级和卸载 Python 软件包，常用于获取和管理 PyPI(Python Package lndex) 上的开源库。
生信技能树
2025-01-11
68
0
顶刊Cell中这幅mRNA和蛋白质表达相关性图的生物学意义是什么？
cell
matrix
翻译
模型
效率
这些信息有助于理解肿瘤和正常组织中基因表达调控的差异，以及这些差异如何影响细胞功能和疾病状态。
生信技能树
2025-01-11
123
0
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