腾讯云
开发者社区
文档
建议反馈
控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
搜索
搜索
关闭
发布
登录/注册
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
返回腾讯云官网
生信技能树
专栏成员
举报
1964
文章
3840901
阅读量
1150
订阅数
订阅专栏
申请加入专栏
全部文章（999+）
数据库（398）
https（374）
网络安全（331）
数据分析（310）
sql（266）
数据（234）
编程算法（161）
linux（140）
其他（116）
硬件开发（116）
r 语言（114）
腾讯云开发者社区（112）
数据处理（109）
数据挖掘（106）
http（102）
github（99）
go（95）
git（87）
html（79）
python（70）
开源（62）
na（58）
函数（53）
可视化（51）
cell（47）
工具（45）
对象（41）
软件（40）
tcp/ip（38）
data（37）
算法（32）
模型（28）
图表（28）
express（27）
windows（26）
txt（25）
基础（25）
芯片（25）
机器学习（24）
ftp（24）
深度学习（23）
网站（23）
conda（22）
开发（22）
统计（22）
教程（21）
ubuntu（20）
shell（20）
数据结构（20）
geo（20）
ios（19）
存储（19）
微信（19）
node.js（18）
人工智能（18）
php（17）
神经网络（17）
生物基因（16）
matrix（16）
ide（15）
访问管理（15）
大数据（15）
变量（15）
测试（15）
网络（15）
image（14）
服务器（14）
系统（14）
笔记（13）
队列（13）
搜索（13）
bash（12）
nat（12）
list（12）
工作（12）
java（11）
容器镜像服务（11）
文件存储（11）
爬虫（11）
解决方案（11）
镜像（11）
排序（11）
对象存储（9）
perl（9）
打包（9）
图像处理（9）
医疗（9）
markdown（9）
com（9）
count（9）
脚本（9）
论文（9）
云服务器（8）
excel（8）
table（8）
连接（8）
事件（8）
视频（8）
索引（8）
官方文档（7）
mac os（7）
c++（7）
typescript（7）
bash 指令（7）
腾讯云测试服务（7）
容器（7）
自动化（7）
anaconda（7）
expression（7）
mono（7）
公众号（7）
管理（7）
javascript（6）
access（6）
数据可视化（6）
聚类算法（6）
es（6）
chatgpt（6）
int（6）
marker（6）
nas（6）
pdf（6）
plot（6）
编程语言（6）
原理（6）
xml（5）
云直播（5）
命令行工具（5）
analysis（5）
csv（5）
dataset（5）
ggplot2（5）
memory（5）
png（5）
time（5）
编码（5）
表格（5）
集合（5）
技巧（5）
配置（5）
入门（5）
设计（5）
线程（5）
json（4）
api（4）
黑石物理服务器（4）
批量计算（4）
NAT 网关（4）
gcc（4）
file（4）
fold（4）
mac（4）
package（4）
sample（4）
shiny（4）
signature（4）
sort（4）
tar（4）
报表（4）
编程（4）
服务（4）
框架（4）
浏览器（4）
异常（4）
终端（4）
.net（3）
android（3）
arm（3）
云数据库 SQL Server（3）
sqlite（3）
专用宿主机（3）
游戏（3）
jdk（3）
ssh（3）
hive（3）
安全（3）
jupyter notebook（3）
app（3）
bi（3）
distinct（3）
edge（3）
final（3）
free（3）
heatmap（3）
input（3）
meta（3）
network（3）
output（3）
paste（3）
pca（3）
rules（3）
server（3）
sf（3）
spatial（3）
status（3）
subset（3）
unique（3）
百度（3）
博客（3）
计算机（3）
接口（3）
量化（3）
配色（3）
数据存储（3）
数据类型（3）
同步（3）
学习笔记（3）
actionscript（2）
css（2）
搜索引擎（2）
windows server（2）
centos（2）
apache（2）
数据库一体机 TData（2）
知识图谱（2）
视频处理（2）
企业（2）
缓存（2）
html5（2）
wordpress（2）
gui（2）
决策树（2）
线性回归（2）
unity（2）
grep（2）
sas（2）
网站建设（2）
迁移（2）
flink（2）
教育（2）
add（2）
awk（2）
bayesian（2）
bioinformatics（2）
boxplot（2）
browser（2）
case（2）
class（2）
correlation（2）
cycle（2）
d3（2）
distribution（2）
dplyr（2）
figure（2）
function（2）
geometry（2）
google（2）
it（2）
label（2）
legend（2）
ls（2）
map（2）
math（2）
message（2）
methods（2）
min（2）
path（2）
pid（2）
pipeline（2）
point（2）
profile（2）
project（2）
ref（2）
reference（2）
scale（2）
search（2）
shift（2）
size（2）
state（2）
summary（2）
symbols（2）
text（2）
title（2）
types（2）
ui（2）
using（2）
version（2）
view（2）
编辑器（2）
部署（2）
插件（2）
程序员（2）
计算机科学（2）
架构（2）
命令行（2）
内存（2）
实践（2）
调试（2）
压缩（2）
内容分发网络 CDN（1）
c 语言（1）
lua（1）
bootstrap（1）
jquery（1）
qt（1）
makefile（1）
oracle（1）
svn（1）
matlab（1）
jar（1）
unix（1）
mapreduce（1）
云函数（1）
TDSQL MySQL 版（1）
VPN 连接（1）
腾讯移动分析（1）
云推荐引擎（1）
金融（1）
云联网（1）
serverless（1）
黑客（1）
spark（1）
图像识别（1）
jvm（1）
正则表达式（1）
erp（1）
numpy（1）
面向对象编程（1）
asp（1）
单元测试（1）
flash（1）
rpc（1）
ntp（1）
powershell（1）
架构设计（1）
hbase（1）
nest（1）
腾讯会议（1）
轻量应用服务器（1）
学习方法（1）
数据集成（1）
汽车（1）
absolute（1）
adapter（1）
adt（1）
aes（1）
alignment（1）
annotations（1）
anova（1）
ant（1）
apply（1）
attributes（1）
axes（1）
bat（1）
build（1）
camera（1）
cat（1）
cloud（1）
code（1）
coding（1）
compilation（1）
connection（1）
coordinates（1）
copy（1）
cut（1）
database（1）
db（1）
debugging（1）
default（1）
dfs（1）
difference（1）
directory（1）
download（1）
edit（1）
encoding（1）
error（1）
event（1）
exception（1）
exec（1）
execution（1）
export（1）
facet（1）
filter（1）
filtering（1）
flags（1）
for循环（1）
fread（1）
gc（1）
get（1）
graph（1）
handle（1）
hdf5（1）
histogram（1）
hugo（1）
icon（1）
identity（1）
insert（1）
integration（1）
interactive（1）
intervals（1）
ip（1）
key（1）
landscape（1）
lapply（1）
lattice（1）
line（1）
load（1）
logic（1）
marked（1）
match（1）
max（1）
md5（1）
mean（1）
model（1）
models（1）
nan（1）
nft（1）
null（1）
numbers（1）
object（1）
ode（1）
onedrive（1）
ontology（1）
oss（1）
overflow（1）
overlap（1）
parameters（1）
percentage（1）
photo（1）
polygon（1）
position（1）
powerpoint（1）
prompt（1）
ps（1）
range（1）
rank（1）
rename（1）
repeat（1）
resolution（1）
response（1）
root（1）
row（1）
rvest（1）
script（1）
sed（1）
sequence（1）
set（1）
sh（1）
sorting（1）
spacing（1）
split（1）
src（1）
string（1）
submit（1）
tags（1）
tidyverse（1）
tools（1）
trace（1）
tree（1）
trim（1）
twitter（1）
umi（1）
validation（1）
vector（1）
visualization（1）
web（1）
wget（1）
wiki（1）
window（1）
word（1）
编译（1）
操作系统（1）
程序（1）
磁盘（1）
代理（1）
代理服务器（1）
登录（1）
递归（1）
多线程（1）
翻译（1）
工程师（1）
行业（1）
后台（1）
互联网（1）
科技（1）
快捷键（1）
乱码（1）
求职（1）
权限（1）
数学（1）
腾讯（1）
通信（1）
效率（1）
性能（1）
隐私（1）
语法（1）
重定向（1）
注解（1）
字符串（1）
最佳实践（1）
搜索文章
搜索
搜索
关闭
生存分析新技能:小洁老师带你全代码实现生存曲线与风险表的完美融合
搜索
data
facet
table
函数
为了让代码具有可重复性，保存图片也最好是用代码来实现，而不是用点鼠标的方式。最近有一个需求是将生存曲线和表格一起保存，尝试了经典的三段论、ggsave、图片数据类型转换、cowplot包的recordPlo函数都没能实现我的目的。恰好昨天是生信技能树的福利：每月1次的答疑时间。那就求助小洁老师来解决问题吧，小洁老师很快就找到了解决办法，实在是太厉害啦！下面是解答过程：
生信技能树
2024-07-05
97
0
单细胞转录组可以这样简单计算相关性吗
解决方案
数据
算法
统计
数据挖掘
各种数据挖掘文章本质上都是要把目标基因集缩小，比如表达量矩阵通常是2万多个蛋白编码基因，不管是表达芯片还是RNA-seq测序的，采用何种程度的差异分析，最后都还有成百上千个目标基因。如果是临床队列，通常是会跟生存分析进行交集，或者多个数据集差异结果的交集，比如：多个数据集整合神器-RobustRankAggreg包 ，这样的基因集就是100个以内的数量了，但是仍然有缩小的空间，比如lasso等统计学算法，最后搞成10个左右的基因组成signature即可顺利发表。其实还有另外一个策略方向，有点类似于人工选择啦，通常是可以往热点靠，比如肿瘤免疫，相当于你不需要全部的两万多个基因的表达量矩阵进行后续分析，仅仅是拿着几千个免疫相关基因的表达矩阵即可。最近比较热门的有：自噬基因，铁死亡，EMT基因，核受体基因家族，代谢基因。还有一个最搞笑的是m6a基因的策略，完全是无厘头的基因集搞小，纯粹是为了搞小而搞小。目前单细胞转录组大行其道，所以很多人喜欢使用公共的单细胞转录组数据集来缩小基因范围。学员在微信交流群分享了一个2024年5月的单细胞数据挖掘文章，标题是：《Single-cell combined with transcriptome sequencing to explore the molecular mechanism of cell communication in idiopathic pulmonary fibrosis》，研究者们重新分析了 GSE122960 这个单细胞转录组数据集，主要是第一层次降维聚类分群后，提取了巨噬细胞的特异性基因，然后走了随机森林生存分析算法，得到了 five most related key genes (CD163, IFITM2, IGSF6, S100A14 and SOD3). 有了目标的5个基因就可以很方便的各种简单分析来强调他们的生物学意义。比如去跟PDCD1基因看相关性：
生信技能树
2024-07-05
122
0
这配色方案让人费解啊
配色
数据
数据可视化
函数
接口
randomcoloR和paletteer的使用方式类似，都提供了直观的函数来生成和应用颜色方案。randomcoloR 包可以生成随机的颜色方案，非常适合当你需要快速创建一个颜色方案时使用。
生信技能树
2024-07-05
88
0
月更单细胞图表复现-文献1-第四和五集
数据
图表
变量
函数
配色
但是我们的文字版推文还在第一篇文献，前面已经分享了3个：胃癌单细胞数据集GSE163558复现(二)：Seurat V5标准流程，接下来是图表美化和单细胞亚群比例探讨：
生信技能树
2024-07-05
116
0
单细胞水平的差异分析是不是就会合理的产出这样的火山图呢
数据挖掘
cell
可视化
数据
芯片
而且很明显，第一层次降维聚类分群其实是没办法区分 28200 epithelial cells (markers: EPCAM, KRT8, and KRT18), 里面的 恶性与否的上皮细胞，这个时候需要走inferCNV等流程对上皮细胞进行恶性程度的判断。
生信技能树
2024-07-05
101
0
单细胞转录组差异分析的8大痛点
模型
数据
统计
工具
论文
文献中提出的新范式（new paradigm）是直接在原始UMI计数上应用广义线性混合模型（GLMM），这种方法可以在执行批次校正、标准化、插补或特征选择之前，就对原始数据进行差异表达分析。这种方法保留了样本特定的结构和生物信号，并可以调整任何潜在的混杂因素，如批次、年龄、性别或种族，通过将它们作为固定效应的协变量纳入模型中。这种方法可能有助于克服上述一些挑战，提高单细胞转录组差异分析的准确性和可靠性。
生信技能树
2024-07-05
144
0
拆分你的百万级别单细胞数据集后做降维聚类分群
对象
数据
数据挖掘
自动化
变量
因为纳入的数据集有点多，来源于12篇文章：232 single cell transcriptome samples (normal = 31; adjacent = 54; tumor = 148) ，分别来源于：
生信技能树
2024-07-05
123
0
单细胞数据的GSVA
list
教程
可视化
数据
芯片
Seurat v5 提示建议用AggregateExpression做伪bulk转录组分析，那个是用来求和的，目前查到的文献和教程都是使用平均值，这里就木有改动.
生信技能树
2024-07-05
112
0
单细胞数据的二次分群
函数
可视化
数据
resolution
对象
Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大，分群的数量就越多，但是当单细胞数量太多的时候，会遇到resolution再变大，分群的数量也不再增加的情况。一次分群分不开时就会需要二次分群。
生信技能树
2024-07-05
104
0
monocle单样本拟时序分析
数据
网络
对象
工具
排序
做拟时序分析是为了探索自己感兴趣的几种细胞之间的发育关系，一般不是用全部类型的细胞来做的。例如本例中选择了CD14和CD16单核细胞。
生信技能树
2024-07-05
97
0
monocle多样本拟时序分析
plot
表格
对象
排序
数据
前面已经是介绍了单个样品的单细胞转录组表达量矩阵的monocle分析，接下来分享一下多样品的时候如何注意个体差异因素。
生信技能树
2024-07-05
100
0
生信爱好者周刊（第 128 期）：什么事情使你放弃了学术理想？
数据分析
函数
开发
可视化
数据
本杂志开源（GitHub: ShixiangWang/weekly[1]），欢迎提交 issue，投稿或推荐生信相关内容。
生信技能树
2024-07-05
82
0
单细胞组间比较分析
data
ref
可视化
数据
cell
这篇文章介绍的是有分组的单细胞数据怎样分析，数据来自GEO的GSE231920，有3个treat，3个control样本，代码完整，可以自行下载数据跑一跑，但请注意细胞数量是6w，对计算资源要求较高，自己的电脑跑不动，需要在服务器上跑。
生信技能树
2024-07-05
128
0
为什么你的R语言不能默认显示英文呢
windows
mac
message
软件
搜索
因为学习新技能，怎么样都要遇到问题并解决问题的，英文的报错信息更容易搜索得到答案，而中文的就不怎么好搜。mac的同学就不用看了，默认就是英文的，不用设置。 而天煞的windows默认就是中文，不设置就难受死啦。
生信技能树
2024-06-21
110
0
CellChat细胞通讯
开发
数据
网络
系统
数据库
细胞通讯是单细胞数据高级分析中比较常见的一个，我们习惯使用的R包是CellChat。
生信技能树
2024-06-21
206
0
单细胞亚群的命名的细致程度需要有一个度
数据挖掘
数据库
数据分析
队列
数据
可以看到，这个时候已经是有了 M1 macrophages, natural killer T (NKT) cells, plasma cells 这样的单细胞亚群：
生信技能树
2024-06-19
142
0
单细胞亚群合理命名是数据分析基石啊
数据
数据挖掘
go
数据库
数据分析
其实这样的笑话在单细胞数据挖掘文章里面层出不穷，比如另外一个数据挖掘文章；《Identification of Five Hub Genes Based on Single-Cell RNA Sequencing Data and Network Pharmacology in Patients With Acute Myocardial Infarction》，链接是：https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpubh.2022.894129/full ，里面的bug就更可怕了，居然是把成纤维细胞错误的命名成为了单核细胞。如下所示：
生信技能树
2024-06-08
160
0
作者仅提供了fpkm格式表达量矩阵的转录组测序数据集该如何重新分析呢
算法
数据库
工具
量化
数据
研究者们在GEO数据库是有数据分享：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE182923
生信技能树
2024-06-08
170
0
差异分析的火山图为什么不喷发呢
数据
算法
芯片
对象
教程
数据集是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE33113
生信技能树
2024-06-08
141
0
代码分享|| 见过将代码整理成wiki资源的吗？这是篇极好的学习单细胞与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源！
教程
数据
网站
image
wiki
由于最近学习多组学方向的思路，顺便随手将以前整理的资源进行了翻阅，发现了非常多好东西，~本次分享的文献是一篇极好的学习scRNA-Seq与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源！囊括了上游分析的bash代码和下游每一张Figure的复现代码，是一个非常好的学习单细胞与ATAC-Seq联合分析的文献资源，代码可以说整理的非常好了，还包括各种readme说明。作者甚至还将代码整理了一个wiki版本的，这说明有各种详细的说明以及代码大纲，简直不要太棒！
生信技能树
2024-06-08
137
0
点击加载更多
社区活动
【纪录片】中国数据库前世今生
穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程
立即查看
Python精品学习库
代码在线跑，知识轻松学
立即查看
博客搬家 | 分享价值百万资源包
自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼
立即体验
技术创作特训营·精选知识专栏
往期视频·千货材料·成员作品 最新动态
立即查看
领券
问题归档
专栏文章
快讯文章归档
关键词归档
开发者手册归档
开发者手册 Section 归档
