腾讯云
开发者社区
文档
建议反馈
控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
搜索
搜索
关闭
发布
登录/注册
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
返回腾讯云官网
生信技能树
专栏作者
举报
1918
文章
3631105
阅读量
1134
订阅数
订阅专栏
申请加入专栏
全部文章（999+）
数据库（386）
https（374）
网络安全（331）
数据分析（298）
sql（266）
数据（193）
编程算法（161）
linux（140）
其他（116）
硬件开发（116）
r 语言（114）
腾讯云开发者社区（112）
数据处理（106）
http（102）
数据挖掘（99）
github（99）
go（94）
git（87）
html（79）
python（70）
开源（62）
na（58）
函数（44）
可视化（44）
cell（43）
工具（40）
tcp/ip（38）
软件（36）
data（34）
对象（34）
express（27）
模型（26）
算法（26）
图表（26）
windows（25）
机器学习（24）
ftp（24）
txt（24）
基础（24）
深度学习（23）
网站（22）
conda（22）
ubuntu（20）
shell（20）
数据结构（20）
geo（20）
开发（20）
ios（19）
node.js（18）
人工智能（18）
教程（18）
php（17）
神经网络（17）
存储（17）
统计（17）
生物基因（16）
微信（16）
芯片（16）
ide（15）
访问管理（15）
大数据（15）
matrix（15）
image（13）
变量（13）
测试（13）
服务器（13）
bash（12）
nat（12）
工作（12）
java（11）
容器镜像服务（11）
文件存储（11）
爬虫（11）
队列（11）
网络（11）
系统（11）
list（10）
搜索（10）
对象存储（9）
perl（9）
打包（9）
图像处理（9）
医疗（9）
markdown（9）
com（9）
count（9）
笔记（9）
脚本（9）
解决方案（9）
云服务器（8）
excel（8）
镜像（8）
连接（8）
论文（8）
排序（8）
视频（8）
官方文档（7）
mac os（7）
c++（7）
typescript（7）
bash 指令（7）
腾讯云测试服务（7）
容器（7）
anaconda（7）
expression（7）
mono（7）
公众号（7）
管理（7）
索引（7）
javascript（6）
access（6）
自动化（6）
聚类算法（6）
es（6）
chatgpt（6）
marker（6）
nas（6）
pdf（6）
编程语言（6）
事件（6）
原理（6）
xml（5）
云直播（5）
命令行工具（5）
数据可视化（5）
analysis（5）
csv（5）
dataset（5）
ggplot2（5）
int（5）
memory（5）
plot（5）
png（5）
table（5）
time（5）
编码（5）
集合（5）
技巧（5）
设计（5）
线程（5）
json（4）
黑石物理服务器（4）
批量计算（4）
NAT 网关（4）
gcc（4）
file（4）
fold（4）
package（4）
sample（4）
shiny（4）
signature（4）
sort（4）
tar（4）
编程（4）
表格（4）
框架（4）
浏览器（4）
配置（4）
终端（4）
.net（3）
android（3）
arm（3）
云数据库 SQL Server（3）
sqlite（3）
api（3）
专用宿主机（3）
游戏（3）
jdk（3）
ssh（3）
hive（3）
安全（3）
jupyter notebook（3）
app（3）
bi（3）
edge（3）
final（3）
free（3）
heatmap（3）
input（3）
mac（3）
network（3）
output（3）
paste（3）
pca（3）
rules（3）
server（3）
sf（3）
spatial（3）
status（3）
subset（3）
unique（3）
百度（3）
报表（3）
博客（3）
服务（3）
计算机（3）
入门（3）
数据类型（3）
学习笔记（3）
actionscript（2）
css（2）
搜索引擎（2）
windows server（2）
centos（2）
apache（2）
数据库一体机 TData（2）
知识图谱（2）
视频处理（2）
企业（2）
缓存（2）
html5（2）
wordpress（2）
gui（2）
决策树（2）
线性回归（2）
unity（2）
grep（2）
sas（2）
网站建设（2）
迁移（2）
flink（2）
教育（2）
add（2）
awk（2）
bayesian（2）
bioinformatics（2）
boxplot（2）
browser（2）
case（2）
class（2）
correlation（2）
cycle（2）
d3（2）
distinct（2）
distribution（2）
dplyr（2）
figure（2）
function（2）
geometry（2）
google（2）
it（2）
label（2）
legend（2）
ls（2）
map（2）
math（2）
meta（2）
methods（2）
min（2）
pid（2）
pipeline（2）
point（2）
profile（2）
project（2）
reference（2）
scale（2）
search（2）
shift（2）
size（2）
state（2）
summary（2）
symbols（2）
text（2）
title（2）
types（2）
ui（2）
using（2）
version（2）
view（2）
编辑器（2）
部署（2）
插件（2）
程序员（2）
计算机科学（2）
架构（2）
接口（2）
量化（2）
命令行（2）
内存（2）
实践（2）
数据存储（2）
调试（2）
同步（2）
压缩（2）
异常（2）
内容分发网络 CDN（1）
c 语言（1）
lua（1）
bootstrap（1）
jquery（1）
qt（1）
makefile（1）
oracle（1）
svn（1）
matlab（1）
jar（1）
unix（1）
mapreduce（1）
云函数（1）
TDSQL MySQL 版（1）
VPN 连接（1）
腾讯移动分析（1）
云推荐引擎（1）
金融（1）
云联网（1）
serverless（1）
黑客（1）
spark（1）
图像识别（1）
jvm（1）
正则表达式（1）
erp（1）
numpy（1）
面向对象编程（1）
asp（1）
单元测试（1）
flash（1）
rpc（1）
ntp（1）
powershell（1）
架构设计（1）
hbase（1）
nest（1）
腾讯会议（1）
轻量应用服务器（1）
学习方法（1）
数据集成（1）
汽车（1）
absolute（1）
adapter（1）
adt（1）
aes（1）
alignment（1）
annotations（1）
anova（1）
ant（1）
apply（1）
attributes（1）
axes（1）
bat（1）
build（1）
camera（1）
cat（1）
cloud（1）
code（1）
compilation（1）
connection（1）
coordinates（1）
copy（1）
cut（1）
database（1）
db（1）
debugging（1）
default（1）
dfs（1）
difference（1）
directory（1）
download（1）
edit（1）
encoding（1）
error（1）
event（1）
exception（1）
exec（1）
execution（1）
export（1）
filter（1）
filtering（1）
flags（1）
for循环（1）
fread（1）
gc（1）
get（1）
graph（1）
handle（1）
hdf5（1）
histogram（1）
hugo（1）
icon（1）
identity（1）
insert（1）
integration（1）
interactive（1）
intervals（1）
ip（1）
key（1）
landscape（1）
lattice（1）
line（1）
load（1）
logic（1）
marked（1）
match（1）
max（1）
md5（1）
mean（1）
message（1）
model（1）
models（1）
nan（1）
nft（1）
null（1）
numbers（1）
object（1）
ode（1）
onedrive（1）
ontology（1）
oss（1）
overflow（1）
overlap（1）
parameters（1）
path（1）
percentage（1）
photo（1）
polygon（1）
position（1）
powerpoint（1）
prompt（1）
ps（1）
range（1）
rank（1）
ref（1）
rename（1）
repeat（1）
root（1）
row（1）
rvest（1）
script（1）
sed（1）
sequence（1）
set（1）
sh（1）
sorting（1）
spacing（1）
split（1）
string（1）
submit（1）
tags（1）
tidyverse（1）
tools（1）
trace（1）
tree（1）
trim（1）
twitter（1）
umi（1）
validation（1）
vector（1）
visualization（1）
web（1）
wget（1）
window（1）
word（1）
编译（1）
操作系统（1）
程序（1）
磁盘（1）
代理（1）
代理服务器（1）
登录（1）
递归（1）
多线程（1）
翻译（1）
工程师（1）
行业（1）
后台（1）
互联网（1）
科技（1）
快捷键（1）
乱码（1）
配色（1）
求职（1）
权限（1）
数学（1）
腾讯（1）
通信（1）
效率（1）
性能（1）
语法（1）
重定向（1）
注解（1）
字符串（1）
最佳实践（1）
搜索文章
搜索
搜索
关闭
wget小细节（geo数据 ，figshare数据）
ftp
数据库
sql
https
网络安全
数据在CNGBdb，https://db.cngb.org/search/project/CNP0002454/
生信技能树
2023-03-01
2.1K
0
学徒抽丝剥茧想搞清楚这个转录组数据问题出在哪里
编程算法
ftp
https
网络安全
腾讯云开发者社区
这个CNP0002454数据集来源的文章：Identification of a 3-Gene Model as Prognostic Biomarker in Patients With Gastric Cancer ，大家可以自行阅读
生信技能树
2023-02-27
353
0
gget，一个能高效进行各式各样网络数据库查询的工具
文件存储
ftp
数据库
sql
希望所有的学徒，实习生以及马拉松授课学员都可以在咱们《生信技能树》的舞台上大放异彩。前面有粉丝自告奋勇希望可以把他自己在简书等平台的生物信息学笔记分享在我们《生信技能树》公众号，在专业的舞台上跟大家切磋！非常欢迎，他前面的分享是：
生信技能树
2022-06-27
1.2K
0
不同物种的的10x单细胞转录组参考数据文件构建
ftp
build
cell
10x单细胞转录组数据分析所需要的参考数据文件主要是基因组的fasta文件和基因注释gtf文件，其官网有详细的例子：https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutorial_mr
生信技能树
2022-03-03
943
0
上传数据到GEO数据库获得GEO号
linux
ftp
html
我自己的笔记主要是参考官方文档：Submitting high-throughput sequence data to GEOHow to upload files to GEO以及我师兄给我写的教程
生信技能树
2022-01-10
1.8K
0
纯数据挖掘之仔猪的长非编码RNA的鉴定
ftp
na
nas
sf
文章链接：https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00196
生信技能树
2021-07-06
421
0
lncRNA组装流程的软件介绍之aspera
http
ftp
conda
na
软件
咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！ 下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据。使用 fasp传输专利技术，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍
生信技能树
2021-07-06
626
0
能重复出来图表，却不知自己正确与否？
https
网络安全
数据分析
linux
ftp
前面我布置了一系列学徒作业， 终于开始陆陆续续收到答案啦！下面的教程来自于7月的数据挖掘学员，对应的题目是：仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析
生信技能树
2020-11-03
1.1K
1
根据CCDS数据库信息拿到全部外显子坐标
ftp
go
数据库
sql
https
也就是说我三五年前写的很多教程需要更新了，那个时候使用的还是 CCDS.20161208.txt 这样的文件，在文章可以看到CCDS数据库的一些最新动态：
生信技能树
2020-10-26
2.1K
0
使用bedtools根据染色体上的起止位置拿到基因symbol
linux
ftp
编程算法
bed格式文件至少包括前3列，分别是：染色体的名字、染色体上的起始位置、染色体上的终止位置。这一步无论用写字板、excel、R等进行处理都可以，文件的后缀名也不重要，因为强行将文件后缀改为bed时，在后面的Linux系统中进行bedtools处理时也会报错。所需的bed格式文件参见下图。
生信技能树
2020-06-11
10.4K
0
北京基因组所数据库介绍（类似sra和ebi）
sql
数据库
ftp
tcp/ip
基因组学在生物学科的发展中，具有划时代的意义。同时，很多人在刚进入生物信息学领域时，最先接触的也往往是组装基因组，注释基因组。这在我们生信技能树的公号里有详细的教程，需要者可去公号get资源。前面jimmy老师介绍了sra和ebi这两个高通量测序数据存放中心：
生信技能树
2020-05-25
1.5K
0
解读SRA数据库规律一文就够
go
https
网络安全
access
ftp
一般的文章里面会给出数据地址，如下：根据文章的GSE号进入GEO数据库里面，就可以看到其对应的SRA数据库ID号。
生信技能树
2020-05-25
3.3K
0
下载GEO数据太慢？快用axel
github
ftp
git
开源
http
以下笔记分享来自于2019-11月学徒，其实去年也分享过一个类似的下载神器：GEO和GitHub下载神器
生信技能树
2020-02-24
4.6K
0
使用aspera从EBI下载fastq数据，抛弃NCBI的SRA数据库吧！
ftp
https
网络安全
java
ENA主页：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
生信技能树
2020-02-20
8.9K
3
甲基化芯片数据下载的多种技巧
硬件开发
ftp
go
https
网络安全
前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。（PS:如果这两个你没有阅读，本文后面的也不要看了，谢谢，请脱粉，我们不需要你）
生信技能树
2020-02-20
2.2K
0
猪狗的参考基因组构建索引
ftp
编程算法
数据分析
数据库
sql
比如搜索dog的：Canis lupus familiaris - Ensembl genome browser 98 就拿到了家犬的参考基因组，实际上狗这个物种本身非常复杂，丰富多彩！如果你看到不同品种的狗狗寿命排行榜，你会奔溃：
生信技能树
2020-02-13
1.1K
0
不止是NCBI的SRA可以下载测序数据
ftp
https
hive
网络安全
linux
最近要开一个肿瘤外显子实战线下课程，想到了以前看到的发在 Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Nov的文章Extremely high genetic diversity in a single tumor points to prevalence of non-Darwinian cell evolution ， 研究者对一个肿瘤 hepatocellular carcinoma (HCC) 样品测序超过300个部位，其中23个进行WES测序。但是研究者把数据上传到了GSA (Genome Sequence Archive)，如下：
生信技能树
2019-08-22
2.2K
0
一个MeDIP-seq实战（优秀学徒成果展）
http
.net
ios
ftp
参考： http://www.bio-info-trainee.com/2352.html http://www.bio-info-trainee.com/2494.html
生信技能树
2018-10-25
1.9K
0
用wget下载需要用户名和密码认证的网站或者ftp服务器文件
ftp
虽然我以前经常写爬虫，但毕竟是代码活，复用性非常低，每次得耗十几分钟解析网页并且写好代码。而熟悉linux的朋友都应该了解wget这个神器，有了url之后一行命令即可完成下载。 但真实的需求往往是，需要下载某个ftp服务器里面的多个文件，甚至该ftp服务器需要用户名和密码登录，比如公司给你提供的测序数据结果： Host: sftp.biotrainee.com.cn or 123.123.123.123Username: 80-78395743Password: 8L5973452TJ0t4tQMPort:
生信技能树
2018-03-09
11.6K
0
比对NR库看看物种分布【直播】我的基因组88
ftp
人工智能
前面我提前了我的基因组测序数据里面的未成功比对到人类基因组上面的那些fastq序列，也用了软件把它们组装成fasta序列，这些序列的功能是未知的，可以通过比对到NCBI的NT/NR库来给他们注释一下。 NR库是Non-redundant protein sequences from GenPept, Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq，得去ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/ 下载所有gz结尾的文件，并且解压到同一个目录即可。 最终
生信技能树
2018-03-09
2.6K
1
点击加载更多
社区活动
腾讯技术创作狂欢月
“码”上创作 21 天，分 10000 元奖品池！
立即发文
Python精品学习库
代码在线跑，知识轻松学
立即查看
博客搬家 | 分享价值百万资源包
自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼
立即体验
技术创作特训营·精选知识专栏
往期视频·千货材料·成员作品 最新动态
立即查看
领券
问题归档
专栏文章
快讯文章归档
关键词归档
开发者手册归档
开发者手册 Section 归档