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R语言___生物信息

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qPCR数据分析

数据分析 express r 语言

Hi, I recently inherited a set of real-time PCR data for which there are two groups (vaccinated vs unvaccinated). We are interested in characterizing relative gene expression between the groups. However, the data set is more of a cross-sectional glance at the level of various immune gene transcripts at a given time-point (post-vaccination in one group), and we don't have a baseline for the subjects, making it impossible to calculate a ddCt and fold-change. My question then is whether I can show just the normalized Ct values (dCt) to demonstrate the relative expression between the groups. I have also read that 2^-dCt is acceptable, but I am having a hard time finding examples of that in the literature. I'd appreciate any advice or suggestions for articles that employ or explain this method in a little more detail. Thanks.

2018-06-19

6420

R语言操作FASTA文件

Question: Subsetting a fasta file using seqinr in R

2018-06-19

1.2K0

rSeq工具：RNA-Seq数据分析的工具

rSeq是一组RNA-Seq数据分析的工具。它可以处理RNA-Seq数据分析的许多方面,如参考序列生成序列映射,基因和同种型表达式(RPKMs)计算等。也有很多其他的特性,未来将逐步加入rSeq。

2018-06-19

8380

在线实用工具：处理fasta文件

FaBox (1.41) - an online fasta sequence toolbox

2018-06-19

1.7K0

Anaconda安装使用

anaconda python linux windows 开源

Anaconda是一个用于科学计算的Python发行版，支持 Linux, Mac, Windows系统，提供了包管理与环境管理的功能，可以很方便地解决多版本python并存、切换以及各种第三方包安装问题。Anaconda利用工具/命令conda来进行package和environment的管理，并且已经包含了Python和相关的配套工具。所以conda 是开源包（packages）和虚拟环境（environment）的管理系统。

2018-05-29

4.5K4

---- R软件更新： windows环境下，可以安装一个包：installr。不仅能帮你更新R，还能将原来安装的扩展包配置到新版本下，不用再重新一一安装。 install.packages("installr") library(installr) updateR() ----

2018-03-20

5745

http html markdown

qinqinyang的博客：http://www.cnblogs.com/qiniqnyang/

2018-03-17

5.4K0

基因功能富集分析-R语言

BgRation：所有background基因中与该Term相关的基因数与所有background基因的比值

2018-03-17

5.5K6

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