生信小驿站

228 篇文章
43 人订阅

全部文章

用户1359560

R语言之可视化(26)ggplot2绘制饼图

本文主要使用函数coord_polar()用于生成饼图,它只是极坐标中的堆积条形图。

30
用户1359560

一文解决列线图(nomogram)

列线图,又称诺莫图(Nomogram),它是建立在多因素回归分析的基础上,使用多个临床指标或者生物属性,然后采用带有分数高低的线段,,从而达到设置的目的:基于多...

802
用户1359560

R语言meta分析(5)累积Meta分析

meta分析是对具有共同研究目的相互独立的多个研究结果给予合并分析,综合评价研究结果。其方法已广泛应用于医学领域 ,且日趋完善。常规meta分析均是对数据进行一...

772
用户1359560

R语言日常笔记(5)一些小问题的集合

一般常用中位数将样本分为高低表达组,这样便于绘制,但是假如说某个基因表达量为0的样本数目超过了半数,这样的结果就是所有该基因的所有表达量被修改成‘high’,这...

953
用户1359560

一文解决韦恩图(零代码版本、R语言、python版本)

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

952
用户1359560

R语言日常笔记(4)修改基因最大表达值

问题描述:差异基因分析中有一些基因会有异常表达,例如说,A基因在大部分样本表达量介于1-10之间,然后A基因在甲样本表达量高达10000以上,这就是明显的异常表...

852
用户1359560

零代码功能富集分析(DAVID数据库、KOBAS数据库使用教程)

DAVID (the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)的网址是ht...

1432
用户1359560

重复一篇3分左右纯生信文章(第三部分)

1032
用户1359560

一文解决CIBERSORT网页版和R语言版

CIBERSORT 是基于线性支持向量回归(linear support vector regression)的原理对人类白细胞亚型的表达矩阵进行去卷积的一个网...

1321
用户1359560

科研绘图神器之Plotluck(如何节省时间)

通常,在统计绘图软件中,我们先确定图片类型(点,线)和所需绘图数据绘制某些类型的图表。在R语言中,许多开发者已经在基础图形之上开发了许多软件包,例如网ggplo...

1034
用户1359560

R包install失败:cannot open URL

Warning: unable to access index for repository https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/...

933
用户1359560

R语言日常笔记(1)filter函数

在处理数据时,过滤数据是最基本的操作之一。 如果想删除一部分无效或者根本不感兴趣的数据。 dplyr有filter()函数来做这样的过滤。 使用dplyr,可以...

961
用户1359560

R语言日常笔记(2)distinc函数

从结果发现d1也就是用match的速度非常快! 而在tidyverse方法中, d3的summarize显然更好。

583
用户1359560

重复一篇3分左右纯生信文章(第二部分)

使用单变量Cox模型计算每个lncRNA的表达水平与患者的总体存活(OS)之间的关联。当其P值小于0.05时,lncRNA在单变量Cox分析中被认为是统计学上显...

1113
用户1359560

GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)

生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的...

1503
用户1359560

一文解决TCGA任意肿瘤的差异lncRNA,miRNA,mRNA

首先对TCGA的RNA表达预处理,筛选掉其中的低表达基因(count<10)进行预处理。根据GENCODE Release 29(GRCh38.p12)(htt...

1552
用户1359560

如何预测miRNA靶基因(miRWalk2.0数据库)

miRWalk2.0是miRWalk数据库的改进版本。 miRWalk2.0可以提供最全面的预测和实验验证的miRNA-mRNA相互作用,可以极大地帮助研究者对...

2163
用户1359560

重复一篇3分左右纯生信文章(第一部分)

这一次要分享的文章题目是:Five key lncRNAs considered as prognostic targets for predicting pa...

1694
用户1359560

R语言网状Meta 分析-原理和实战

近年来基于严格设计的随机对照试验(RCT)已经被公认为评价干预措施疗效的最佳手段,这种比较所采用的针对两组研究结果比较的定量综合方法,被称为传统的 Meta 分...

2276
用户1359560

一文解决基本科研绘图需求(可视化神器ggstatsplot)(1)(概述)

ggstatsplot是ggplot2包的扩展,主要用于创建美观的图片同时自动输出统计学分析结果,其统计学分析结果包含统计分析的详细信息,该包对于经常需要做统计...

1872

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券