生信小驿站

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用户1359560

(免费课程转载)3小时课程带你重复一篇3分生信SCI(中)

大家好,欢迎再次来到MedGo干货课堂,在上期3小时课程带你重复一篇3分生信SCI(上)中,我们着重为大家讲解了GEO芯片的meta分析。很多同学和老师课后向我...

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用户1359560

单基因生信分析流程(2)一文解决差异分析、基因相关分析问题

(1)读取基因表达矩阵 (2)根据基因表达量设置样本分组 (3)设置差异倍数、生成差异分析结果 (4)绘制火山图和热图

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单基因生信分析流程(3)一文解决生存分析和临床参数相关分析

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用户1359560

单基因生信分析流程(1)一文解决TCGA数据下载整理问题

在平常科研工作中,经常有师兄师姐师弟师妹问我:我现在有一个单基因,我该怎么开展生信研究?出现这个问题的原因是:(1)目前生信研究火热也逐渐受到认可(2)许多医学...

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TCGA数据库介绍以及下载方式小结

美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱(Cancer Genome Atlas,TCGA)计划,试图通过应用基因组分析技术,特别是采用大规模的基因组测序,将人类全部癌...

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R语言meta分析(3)亚组分析

原始研究中常常采用亚组分析的形式探索入组患者潜在的差异。事实上,亚组分析也广泛应用于meta分析中,是meta分析中处理异质性的常用方法之一。亚组分析通常从临床...

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R语言之生信(12)一分钟学会绘制cox/meta森林图

这一类三线表的数据来源和如何绘制,在我前期的视频中已经做过了。有兴趣的可有看一下R语言与生信系列①R入门与临床三线表绘制。但是我们有时需要绘制稍微高级一点...

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一篇多芯片生信分析(meta)

以往的研究表明,miR-144-3p可能是非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在生物标志物。然而,miR-144-3p对NSCLC起源,分化和凋亡的影响以及miR-1...

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R语言之生信(11)五分钟学会用R语言构建ceRNA网络

microRNA作为一种重要的调控因子,是长短约22nt的短链RNA,能够通过抑制目的基因的翻译或降解目的基因,从而反向调节目的基因的表达。而实际调控过程中不仅...

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R语言与生信系列①(R入门与临床三线表绘制)

首次分享课讲的是TCGA数据分析,探究某一因素与肿瘤临床数据之间的关系,并自动生成可以用于SCI发表的三线表,如下图所示:

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R语言之生信(10)多个探针对应一个基因的处理方法

在生信分析过程中,经常遇到一个问题,芯片或者测序数据经常出现多个探针对应一个基因的情况。这个时候处理方法比较多,比如说比较常见的是均值或者最大值。本篇文章的主要...

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RStudio下载安装

RStudio是一种R语言的集成开发环境(IDE),其亮点是出色的界面设计及编程辅助工具。它可以在多种平台上运行,包括windows,Mac,Ubuntu,以及...

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R语言安装

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R的特点以及为什么使用R

R语言是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的[S语言]的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统...

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m6A调节因子在肾透明细胞中的基因特征和预后价值:一项使用TCGA数据库的回顾性研究

真核生物RNA可以携带100多种化学修饰,其中RNA甲基化修饰约占60%,而N6-甲基腺嘌呤(m6A)在甲基化修饰中最为普遍,占有率高达80%。从2017年至今...

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Python数据处理从零开始----第二章(pandas)(十一)通过列属性对列进行筛选

该函数的主要格式是:DataFrame.select_dtypes(include = None,exclude = None),返回DataFrame列的子集...

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用户1359560

Python从零开始第三章数据处理与分析python.query()函数

=============================================== 本文主要介绍使用python.query()函数对数据框进行(...

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用户1359560

python实现彩照转黑白以及图片转素描画

通过Numpy中的asarray函数将图片的灰度值以浮点型矩阵的形式存储起来,再用gradient函数得出图片灰度值的梯度

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用户1359560

R语言之生信(9)R语言多个生存分析曲线比较

====================================== 这篇博客的目的主要是计算当需要计算多个不同组之间的成对比较,并计算P值。

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用户1359560

R语言第二章数据处理(9)数据合并

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