生信小驿站

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用户1359560

R语言之可视化(33)绘制差异基因分析统计图

基于此,就可以得到一张专门展示多个数据集差异分析结果统计的图,红色为每个数据集上调的基因数目。绿色为下调的基因数目。

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三阴性乳腺癌提取和分析

三阴性乳腺癌是指癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌。这类乳腺癌占所有乳腺癌病理类型的10.0...

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单基因生信分析流程(6)单基因相似性分析

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解决word图片模糊问题

点击左上角的“文件”按钮,在弹出菜单中,点击“选项”。在弹出的“选项”窗口中选择“高级”,在“图像大小和质量”的选项中可以找到“不压缩文件中的图像”这个选项。该...

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一文解决大批量基因相关性分析

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网络药理学TCMSP数据库

在TCMSP中选择“Herb name”检索得到海藻、黄 芪、丹参、熟地黄、鱼腥草、荆芥穗的分子ADME参数信 息,由于该数据库尚未收录牡蛎相关的分子信息,故通...

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如何简单几步来一键修改参考文献格式

偶尔会遇到投文章给杂志社时,发现该杂志的参考文献格式并没有录入到NoteExpress中。比如说,该杂志要求只显示前三个作者,要求显示引用文章的年份和日期,要求...

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一文解决如何提取TCGA配对表达矩阵

一般来说,TCGA差异分析或者其他分析时,使用的是包含所有肿瘤样本和正常样本。但是,一般情况下,多数类型的TCGA肿瘤类型是肿瘤远远多于正常样本数量。这是因为有...

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科研绘图系列:(4)使用PPT绘制蛋白质序列

第二步:右键选择填充颜色,设置为清灰色;插入新的矩形,选择不带弧度角的矩形;设置颜色为#E64B35。

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不同序列相似度和一致度对比(全局比对和局部比对)

两条长度不同的序列做全局比对,然后计算全局比对中一致字符的个数和相似字符的个数,再除以全局比对的长度,就可以得到它们的一致度和相似度了。比如下面这两条序列:

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蛋白质二级结构预测

连接螺旋和折叠结构 常位于蛋白结构表面,多为带点和极性氨基酸 常为活性位点组成部分

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蛋白质三维结构预测(MODELLER、单模板)(上)

该软件有windows, mac, linux版本,下载后安装的时候需要提供注册码,不用担心,先在https://salilab.org/modeller/re...

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安装免费版pymol

Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外...

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使用IBS绘制蛋白质或核苷酸序列

简介:生物序列图是可视化蛋白质或核苷酸序列中各种功能元件的基础。 在这里,我们介绍了一个称为IBS的软件包,该软件包可用于以方便和精确的方式表示蛋白质或核苷酸序...

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如何将R语言普通矩阵转换为非负矩阵

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如何预测蛋白质三维结构(SWISS-MODEL)

根据对天然蛋白质结构与功能分析建立起来的数据库里的数据,可以预测一定氨基酸序列肽链空间结构和生物功能;也可以通过分子动力学、分子热力学等,根据能量最低、同一位置...

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R语言meta分析(9)连续数据的meta分析

本文将介绍用R软件的meta数据包介绍连续数据资料的Meta分析。meta数据包提供分析连续数据的命令是: metacont(),能够计算连续型资料的固定效应值...

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查询基因的核苷酸序列和蛋白的氨基酸序列

(1)在pubmed gene数据库选择输入想要查询的基因,点击search即可。

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查询蛋白结构域

蛋白质三级结构的基本结构单位是结构域。一个蛋白质可以只包含一个结构域也可以由 几个结构域组成,故结构域是能够独立折叠为稳定的三级结构的多肽链的一部分或全部。结构...

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用户1359560

用R代替简单的cytoscape绘图需求

之前,我一般都是首选cytoscape软件,将数据导入cytoscape以后,就可以绘图。但是cytoscap的缺点是:第一个cytoscape软件下载和运行占...

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