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生信小驿站

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一文解决绘制GO/KEGG合并图
通过R语言绘制GO和KEGG合并图,每一个点代表富集的通路,点的颜色,大小,横坐标和纵坐标都代表了该通路的信息。
用户1359560
2019-10-28
2K0
零代码功能富集分析(DAVID数据库、KOBAS数据库使用教程)
DAVID (the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)的网址是http://david.abcc.ncifcrf.gov/。 DAVID是一个生物信息数据库,也是一款在线免费分析软件,其整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路富集分析,对很多科研工作者来说,是个非常好的工具。
用户1359560
2019-07-25
6.9K0
GO和KEGG富集分析(Metascape数据库)
生物信息学研究中,获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析,例如DAVID,但它们有些是收费的,有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间(2010-2016)没有维护数据库,最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库,以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。
用户1359560
2019-07-11
6.3K0
一文解决TCGA任意肿瘤的差异lncRNA,miRNA,mRNA
首先对TCGA的RNA表达预处理,筛选掉其中的低表达基因(count<10)进行预处理。根据GENCODE Release 29(GRCh38.p12)(https://www.gencodegenes.org/human/)注释mRNA和lncRNA。 而miRNA是基于miRbase v22数据库(http://www.mirbase.org/index.shtml#opennewwindow)进行注释。
用户1359560
2019-07-10
6.2K0
单基因生信分析流程(4)单基因的下游通路GO、KEGG或者GSEA
由于clusterProfiler富集分析推荐的输入文件是Entrez ID,因此这里提取的是Entrez ID,接下来就可以进行富集分析了:
用户1359560
2019-05-26
5.1K1
R语言之可视化⑩坐标系统目录
ggplot2可以通过coord_flip()切换x和y轴。例如,如果你想要水平箱形图。 这对长标签也很有用:很难让它们在x轴上不重叠的情况下适合。
用户1359560
2018-12-13
6970
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