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一文解决绘制GO/KEGG合并图

通过R语言绘制GO和KEGG合并图，每一个点代表富集的通路，点的颜色，大小，横坐标和纵坐标都代表了该通路的信息。

2019-10-28

2K0

零代码功能富集分析（DAVID数据库、KOBAS数据库使用教程）

go http 数据库 sql

DAVID （the Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery）的网址是http://david.abcc.ncifcrf.gov/。 DAVID是一个生物信息数据库，也是一款在线免费分析软件，其整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因ID或者蛋白ID列表）提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。目前DAVID数据库主要用于差异基因的功能和通路富集分析，对很多科研工作者来说，是个非常好的工具。

2019-07-25

6.9K0

GO和KEGG富集分析（Metascape数据库）

go 数据库 sql react express

生物信息学研究中，获取基因列表的GO和KEGG富集分析的需求非常常见。目前有许多生物信息学手段或者数据库可以实现基因富集分析，例如DAVID，但它们有些是收费的，有些不易于使用且很少维护。例如DAVID曾经有六年的时间（2010-2016）没有维护数据库，最近的更新也已经两年半了。而Metascape每月更新其相关的40多个数据库，以确保提供最准确的结果。因此Metascape数据库可以作为富集分析的比较好的手段。

2019-07-11

6.3K0

一文解决TCGA任意肿瘤的差异lncRNA，miRNA，mRNA

数据库 sql go

首先对TCGA的RNA表达预处理，筛选掉其中的低表达基因（count<10）进行预处理。根据GENCODE Release 29（GRCh38.p12）（https://www.gencodegenes.org/human/）注释mRNA和lncRNA。而miRNA是基于miRbase v22数据库（http://www.mirbase.org/index.shtml#opennewwindow）进行注释。

2019-07-10

6.2K0

单基因生信分析流程（4）单基因的下游通路GO、KEGG或者GSEA

由于clusterProfiler富集分析推荐的输入文件是Entrez ID，因此这里提取的是Entrez ID，接下来就可以进行富集分析了：

2019-05-26

5.1K1

R语言之可视化⑩坐标系统目录

ggplot2可以通过coord_flip()切换x和y轴。例如，如果你想要水平箱形图。这对长标签也很有用：很难让它们在x轴上不重叠的情况下适合。

2018-12-13

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