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WGCNA的理论背景知识

WGCNA是一种从大量数据中挖掘module的算法,而这些module所包含的gene为一组表达模式类似或这说表达谱相似的基因,也就是相关或不相关。 而正相关...

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从原始芯片.cel数据到权重基因共表达网络(WGCNA)详细流程

看这个之前,可以先看WGCNA的一些理论背景知识 看完整个之后可以去看WGCNA关键模块和hub基因筛选

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WGCNA关键模块和hub基因筛选

WGCNA的理论背景知识 WGCNA的详细分析流程 关键模块和hub基因筛选,在流程中并不可知 模块划分好后如何找到key module

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原核非已知转录因子结合位点和可能结合的基因预测

目的: 1、分析该转录因子结合位点。 2、分析该转录因子可能作用的基因及信号通路

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Cytoscape插件7:MCODE

MCODE,Molecular COmplex Detection 发现PPI网络中紧密联系的regeions,这些区域可能代表分子复合体。 根据给定的参数...

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TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2

先得到串联重复序列的link文件 上面得到的.tandem文件用excel打开并进行分列,另存为txt文件

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TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1

其中,No.of Bootstrap Replication默认最小50,即使设定10也自动调整为50。

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TBtools基因家族分析详细教程(1)

一共分为4个部分 TBtools基因家族分析详细教程(1) TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析 TBtools基因家族分析详细...

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TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi

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金黄葡萄球菌RNA-seq数据分析

这里出现问题了,突变株的比对率太低,不到1%,这是不可能的,怀疑样品污染,然后随机挑选了5条序列blast了下,发现应该是被溶血葡萄球菌污染。

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几个好玩的R包(持续更新)

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多序列比对,进化树分析,保守性,密码子偏好性分(1)

打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein,输入BopA,search

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hypothetical protein假设蛋白

在生物学中,hypothetical protein是这样一种蛋白,其存在已经被预测,但是缺乏体内表达的实验证据。基因组测序预测了众多的开放阅读框(open r...

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转录因子(TF)的作用方式

转录因子主要有3种作用方式调控基因表达: TF既可以结合在DNA临近的增强子也可以结合在启动子玉玉。和TF有关的基因转录既可以上调也可以下调,TF通过以下几个...

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GSEA结果解读

ES是GSEA最初的结果,反应全部杂交data排序后,在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理:扫描排序序列,当出现一个功能集中的gene时,增加E...

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GSEA可以做什么

基因集富集分析GSEA(gene-set enrichment analysis)。这个操作并不难,主要就是准备符合GSEA要求的数据文件(本地的话4个),关于...

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RIsearch2使用方法-预测RNA-RNA互作(sRNA的靶基因)

非编码RNA经常和其它RNAs形成配对(双链)发挥其作用。这些RNA-RNA相互作用都是建立在碱基互补配对的基础上,两个RNA序列之间的高度互补是这种相互作用的...

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时间序列芯片数据分析极详细完整流程

写在前面:从.CEL格式原始数据下载,到最终关键基因筛选(非hub基因)和初步验证,整个流程,目录还会增加。会涉及R及众多R包(最关键的是maSigpro和WG...

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时间序列数据分析的部分综述

时间系列研究的是gene表达的动态行为。鉴定静态实验的差异表达gene已经做了很多的工作。但是因为gene表达是动态的调控过程,所以鉴定并且找出gene表达随时...

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功能富集空间分析(spatial analysis of functional enrichment)SAFE

Spatial Analysis of Functional Enrichment(SAFE),功能富集空间分析

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