Y大宽

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把gitbook发布在github

如果只想用gitbook制作自己的电子书,本地观看,那只需要安装gitbook即可。现在是想部署在github。

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通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作4

原地址 几点说明 1.非简单翻译,所有代码均可运行,为了辅助理解,基本每步代码都有结果,需要比较的进行了整合 2.原文中的软件都下载最新版本 3.原文中...

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snp calling 几张图

Graphical representation of allelic heterogeneity at a locus with common and low...

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通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2

一共三部分 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作1 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种...

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通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作3

一共三部分 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作1 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种...

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通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作

关于trimmomatic相关内容请见https://zhuanlan.zhihu.com/p/28924793 https://www.jianshu.co...

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从ncbi下载sra数据的几种种方式

为了加快速度先下载aspera并添加环境变量,具体看以前的内容 下载sra toolkit加环境变量 下载EDirect 用yeast的几个数据说明

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EDirect在linux和mac下的安装

Edirect是非常有用的工具 其使用要用来perl,mac都预先安装了perl 安装的时候最好按下面进行 打开终端

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prefetch错误https

查看sra-tools版本是否最新版 可以重新安装最新版或建立新的环境安装最新,建议删除。

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Linux的cut,split,paste,grep,sed和awk命令总结

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linux shell数组基础

不管数值型还是字符串型,都是用一对圆括号表示,并且数组的元素之间用空格隔开,但是字符型的元素需要加引号 比如

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shell脚本批量对文件改名(名字新旧不相关)

Run和Library_Name的对应关系如下 也就是要以第二列代替第三列,所以简单的rename命令不行,因为这些名字之间㐊简单的替换

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7 比对到参考基因组输出bam文件

接下来用 BWA mem把fastq map到参考基因组 hg38 版本。 比对结果直接通过管道传给samtools处理,节省 I/O 时间。 因为空间问题...

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6 RNA-seq数据和WXS数据分组及改名

下一步,需要把RNA-seq(448个样本)和WXS(279个样本)分开进行比对,所以首先要把他们分开,并重新命名 具体信息见总目录

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shell脚本:1_shell脚本基础

创建好脚本,并设置好权限,就可以将这个脚本放在某个目录中,来运行 比如当前目录下

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shell脚本:2_单引号和双引号

引号常用创建字面量,也就是原装的字面义。 所以操作脚本或命令行,要先知道shell是如何执行命令的

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filezilla root账户不能连接服务器的解决办法

filezilla用户帐号可以登录服务器 但这不能上传文件,用root帐号的时候提示

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推荐一个思维管理工具:幕布

比xmind更便捷 虽然一些美化功能在免费版不能用,也不能像xmind一样添加各种箭头和连接 但也足够 比xmind的效率更高一些 主要是可以无脑操作...

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trim-galore并行处理时的几个问题

config是需要进行处理的文件列表 trim_galore命令这里用的也比较简单,总结下处理时遇到的问题

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NGS中的几个为什么

主要两个原因, 一是构建测序文库时的可用的细胞量并不充足 二是打断的步骤(一般都是超声波)会引起部分DNA降解 以上两个都会是的整体或局部DNA浓度过低,...

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