Y大宽

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5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息分析(1) :蛋白质序列基本信息分析(氨基酸组成,理化性质,亲疏水等)

蛋白质是生命功能的执行者,一切生命活动都与蛋白质有关。 我们知道,蛋白质结构分为一级结构和空间结构,而空间结构包含二级三级和四级结构,空间结构是蛋白质功能的关...

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6️⃣蛋白质序列的功能信息分析1:基于蛋白质基序motif

蛋白质具有多种生物学功能,具体可参照《生物化学》。蛋白质若发挥生物学功能,须以空间结构形式。而蛋白质多肽链一旦合成,即可在其他物质协助下,自然折叠,形成一定的空...

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6️⃣蛋白质序列的功能信息分析2:基于蛋白质结构域domain和功能位点分析

结构域domain比较抽象,属于蛋白质构象中二级结构和三级结构之间的一个层次,一般每个结构域有100-300个氨基酸残基组成,有特定的空间构象,并有不同的生物功...

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5️⃣蛋白质的特征信息2:信号肽的预测和识别

目前4.1版,通过人工神经网络方法,预测包括革兰氏阳性菌,革兰氏阴性菌及真核生物在内的**氨基酸序列信号肽剪切位点的有无及出现位置。

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5️⃣蛋白质的特征信息3:卷曲螺旋预测

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得到差异表达基因后怎么做

不管芯片数据还是测序数据,得到的差异表达基因DEGs都是独立的基因,如果直接对这些基因分析叫单基因分析,这种分析会有很多弊端,比如:

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用SeqinR包获取蛋白序列并进行比较

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用SeqinR包在NCBI获取基因组序列并分析

这里是网页版获取DNA序列,下载保存后可以用read.fasta打开 ########################## 用SeqinR包获取序列并进行统...

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4️⃣ 核酸序列特征分析(8):重复序列的查找

基因组序列主要构成成分是基因序列,重复序列和基因间序列。 基因组注释包括基因组结构注释和基因组功能注释 结构注释的核心是基因识别,为了提高基因识别效率需要首...

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4️⃣ 核酸序列特征分析(4):内含子/外显子剪切位点的识别及Spidey工具应用实例

真核生物的基因大都为断裂基因,编码序列通常被内含子隔开。内含子和外显子边界和周围序列是前体mRNA内的有保守性的一些特殊核苷酸序列。

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4️⃣ 核酸(蛋白)序列特征分析(5):序列motif的查找和可视化工具

模体Motif,指DNA或蛋白质序列中局部的保守区域,或者是一组序列中共有的一小段序列模式。这些motif很可能具有分子功能,结构性质或家族成员相关的任何序列模...

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4️⃣ 核酸序列特征分析(6):密码子使用模式的分析

一共20种编码氨基酸,除去3个终止密码子,一共61个密码子。也就是说61个密码子编码20种氨基酸。会出现每个氨基酸对应几个密码子的现象,这些编码同一个氨基酸的密...

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4️⃣ 核酸序列特征分析(7):限制性内切酶位点分析

限制性内切酶,简称限内酶,是生物体内的可以将异源性DNA切断的一类酶,这可以限制异源DNA的侵入并使之失活,但对自身DNA没有损伤,可以维持细胞原有遗传信息的完...

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4️⃣ 核酸序列特征分析(0):DNA序列基本信息分析(组分分析和序列转换)

DNA的物理化学性质主要由碱基组成决定,有两种方法表示:碱基比例base ratio和GC百分含量简称GC含量GC content

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Cytoscape中文教程(3)

典型的是,这些基因是对你的实验调节反应比较强烈的基因(也就是差异基因)。下面讲描述三种和这些基因相关的输入网络数据到cytoscape的方法: A:query...

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Cytoscape插件1:Centiscape

Cytoscape的插件或多或少都有一些弊端,Centiscape是目前(文章时间2009)唯一一个可以一次计算多个中心值的插件(相对于network anal...

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Cytoscape中文教程(2)

Cytoscape可以读取一下格式的文件,这些文件实际是提供了cytoscape和其他一些工具的接口。

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完整的行动模式:六步法

上图是以教学过程中的行动导向的教学模式。 仔细想想,这个过程适合于任何的行动的过程,可大可小,代表一种思维模式。比如写综述,做课题,甚至可以刻板的用于平...

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乌龟爬爬:TurtleGraphics in R

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1️⃣序列获取(3):蛋白质序列获取

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