Y大宽

61 篇文章
18 人订阅

全部文章

Y大宽

基于合作教学的教学方法

601
Y大宽

查找一个基因的启动子序列

381
Y大宽

溶酶体和线粒体共存的可能性

在正常情况下,大部分肝细胞处于G0期,很少分裂,但是当受到某些机械,病毒,药物等刺激时,G0期细胞可以进入G1期,启动细胞周期。大鼠进行2/3肝切除后,剩余肝脏...

632
Y大宽

差异基因检测方法

差异基因的检测方法很多,但生物学家偏好使用的是fold change(FC)和t-test。猜测因为一是它们比较简单,二来好解释。很多研究表明,改进的t-tes...

1003
Y大宽

WGCNA的理论背景知识

WGCNA是一种从大量数据中挖掘module的算法,而这些module所包含的gene为一组表达模式类似或这说表达谱相似的基因,也就是相关或不相关。 而正相关...

833
Y大宽

从原始芯片.cel数据到权重基因共表达网络(WGCNA)详细流程

看这个之前,可以先看WGCNA的一些理论背景知识 看完整个之后可以去看WGCNA关键模块和hub基因筛选

1583
Y大宽

WGCNA关键模块和hub基因筛选

WGCNA的理论背景知识 WGCNA的详细分析流程 关键模块和hub基因筛选,在流程中并不可知 模块划分好后如何找到key module

1792
Y大宽

原核非已知转录因子结合位点和可能结合的基因预测

目的: 1、分析该转录因子结合位点。 2、分析该转录因子可能作用的基因及信号通路

1034
Y大宽

Cytoscape插件7:MCODE

MCODE,Molecular COmplex Detection 发现PPI网络中紧密联系的regeions,这些区域可能代表分子复合体。 根据给定的参数...

2522
Y大宽

TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析2

先得到串联重复序列的link文件 上面得到的.tandem文件用excel打开并进行分列,另存为txt文件

2841
Y大宽

TBtools基因家族分析详细教程(3)基因家族成员的进化分析1

其中,No.of Bootstrap Replication默认最小50,即使设定10也自动调整为50。

2083
Y大宽

TBtools基因家族分析详细教程(1)

一共分为4个部分 TBtools基因家族分析详细教程(1) TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析 TBtools基因家族分析详细...

6692
Y大宽

TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/bwrpsb/bwrpsb.cgi

2173
Y大宽

金黄葡萄球菌RNA-seq数据分析

这里出现问题了,突变株的比对率太低,不到1%,这是不可能的,怀疑样品污染,然后随机挑选了5条序列blast了下,发现应该是被溶血葡萄球菌污染。

822
Y大宽

几个好玩的R包(持续更新)

1623
Y大宽

多序列比对,进化树分析,保守性,密码子偏好性分(1)

打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein,输入BopA,search

1532
Y大宽

hypothetical protein假设蛋白

在生物学中,hypothetical protein是这样一种蛋白,其存在已经被预测,但是缺乏体内表达的实验证据。基因组测序预测了众多的开放阅读框(open r...

903
Y大宽

转录因子(TF)的作用方式

转录因子主要有3种作用方式调控基因表达: TF既可以结合在DNA临近的增强子也可以结合在启动子玉玉。和TF有关的基因转录既可以上调也可以下调,TF通过以下几个...

984
Y大宽

GSEA结果解读

ES是GSEA最初的结果,反应全部杂交data排序后,在此序列top或bottom富集的程度。 ES原理:扫描排序序列,当出现一个功能集中的gene时,增加E...

3563
Y大宽

GSEA可以做什么

基因集富集分析GSEA(gene-set enrichment analysis)。这个操作并不难,主要就是准备符合GSEA要求的数据文件(本地的话4个),关于...

1263

扫码关注云+社区