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○1 mTOR Signaling ○2 AMPK Signaling ○3PI3K/Akt Signaling ○4 p53 Signaling ○5Hedgehog signaling 自噬

手画综合信号通路（部分）

几年前，基于蛋白组数据，苦思冥想后提出一个可能的理论：
溶酶体和线粒体可以融合共存。也就是内体溶酶体和自噬体融合后，并未发生传统的线粒体完全被消化，而是像十几亿年前的原真核细胞吞噬原线粒体一样，线粒体

溶酶体和线粒体共存的所思所得

原文：Regulation of eukaryotic gene expression by the untranslated gene regions and other non-coding elements
 

Regulatory elements within the noncoding gene regions

今天用select函数出现报错，一开始没注意报错信息，因为我选择的列名有些复杂，怕是哪里掉了个空格，就重新换了个方法选列名，还是出错。
 报错信息如下

unable to find an inherited method for function ‘select’ for signature ‘"data.frame"’报错及处理办法

个人理解，向量是有方向的，由大于等于2个元素构成的数据类型。也就是说，向量的所有元素必须属于同种模式（mode），或数据类型（见1.2），比如数值型，字符型等。其类型可以用typeof()查看。
 标量只含有一个元素，在R中没有0维度或标量类型。单独的数字或字符串本质是一元向量。

R语言的数据结构（包含向量和向量化详细解释）

1 paste的用法
paste(..., sep=" ", collapse=NULL)
 
本质是把输入的term转变为string，和as.character意思一样。然后进行连接。
每个term之间以sep参数分隔开
 collapse是把结果进行处理，也可以认为怎么来对结果进行折叠。
通过具体例子来看sep和collapse参数
> paste('Sample',1:10,sep = '')
 [1] "Sample1"  "Sample2"  "Sample3"  "Sample4"  "Sam

R中paste cat和sink的用法

情景：假如有下面这些基因
           expr      logFC    p.value
gene1 2.4667984 -2.9302068 0.07878848
gene2 1.4482891 -2.9680565 0.04675735
gene3 0.2481085  0.1787332 0.01685758
gene4 0.4244537 -1.0029163 0.02281603
gene5 1.6186835 -1.8350010 0.07323936
gene6 3.3965326

用R根据logFC和p值批量标注基因上下调的N种方法

昨天看到一句话，斐波那契数列的第50个数字是多少？我直觉大概几万吧。然后就打开R算了下究竟是多少，看完我有点吃惊了，让我想起了国王的麦粒。
 往下看之前，你也可以先自己猜测下大概是多少。

你猜，斐波那契数列的第50个数字是多少？

如果只想用gitbook制作自己的电子书，本地观看，那只需要安装gitbook即可。现在是想部署在github。

把gitbook发布在github

原地址
 几点说明
 1.非简单翻译，所有代码均可运行，为了辅助理解，基本每步代码都有结果，需要比较的进行了整合
 2.原文中的软件都下载最新版本
 3.原文中有少量代码是错误的，这里进行了修正
 4.对于需要的一些知识背景，在这里进行了注释或链接到他人博客

通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作4

Graphical representation of allelic heterogeneity at a locus with common and low frequency/rare variant associations with a complex trait. Turquoise bars represent trait-related variants carried by different individuals at a locus of interest. Bar width represents variant frequency (wider bars denote variants with higher frequency). Single-point association analysis of the low frequency/rare variants has extremely low power, but composite analysis by considering all variants of interest locus-wide is a more powerful alternative.

snp calling 几张图

一共三部分
 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作1
 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2
 通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作3

通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作2

通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作3

关于trimmomatic相关内容请见https://zhuanlan.zhihu.com/p/28924793
 https://www.jianshu.com/p/a8935adebaae
 结果会产生以下四个文件

通过简单数据熟悉Linux下生物信息学各种操作

为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容
 下载sra toolkit加环境变量
 下载EDirect
 用yeast的几个数据说明

从ncbi下载sra数据的几种种方式

Edirect是非常有用的工具
 其使用要用来perl，mac都预先安装了perl
 安装的时候最好按下面进行
 打开终端

EDirect在linux和mac下的安装

查看sra-tools版本是否最新版
 可以重新安装最新版或建立新的环境安装最新，建议删除。

prefetch错误https

这是linux文本操作常用的几个命令，现在进行总结下
命令	常用用法	参数意义/示例	常用作用
cut	cut -d '分隔符号'-f fileds	cut -d ":" -f 3,5	切，纵向切，切列，相当于剪切,取的是某1列或某几列
	cut -c 字符范围	cut -c 12-	切割排列整齐的信息
paste	paste [-d] file1 file2	-d后面是分隔符，默认[tab]分隔	追加列，纵向添加，和cut反向对应
	cat file1|paster file2 -	-如果是管道命令，fi

Linux的cut,split,paste,grep,sed和awk命令总结

不管数值型还是字符串型，都是用一对圆括号表示，并且数组的元素之间用空格隔开，但是字符型的元素需要加引号
 比如

linux shell数组基础

Run和Library_Name的对应关系如下
 也就是要以第二列代替第三列，所以简单的rename命令不行，因为这些名字之间㐊简单的替换

shell脚本批量对文件改名(名字新旧不相关)

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