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WGCNA:加权基因共表达网络分析

加权基因表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis, WGCNA),又叫权重基因共表达网络分析,其根...

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maSigPro包:时间序列数据处理工具(带图展示)

时间序列研究的是基因表达的动态行为,测量的是一系列和时间点之间有强烈相关性的过程。和针对某一时间点的基因表达进行差异分析不同,时间序列更加关注是发现基因表达的趋...

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GO和KEGG富集分析及去冗余工具及原理

进行基因功能或生物学通路富集的工具或网站有很多。像DAVID、IPA、GATHE等。我基本采用基于R的Clusterprofiler包。该包抓取最新的KEGG数...

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linux全套教程【黑马】:1

ctrl+p向前翻一个命令 ctrl+n向后翻一个命令 ctrl+b光标向前 ctrl+f光标向后 ctrl+a光标到行首 ctrl+e光标到行尾 ...

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linux全套教程【黑马】:2

mv oldfile newfile 注意:如果newfile不存在,则oldfile自动改名为newfile。 假如存在newfile文件夹,则oldfi...

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Linux常用命令

cd -, cd .. , history, !5 , /home/ , /tmp/ , >,&,jobs,nohup 1,2,0

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Linux压缩和解压常用命令

实际情况中,更多的不是对一个文件进行压缩,而是多个文件和文件夹一起打包压缩,tar就是来打包的,所以tar和gzip经常联用。

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Linux文本操作命令

paste命令用于合并文件的列,把文件内容列列合并。简单就是列追加,类似R中的cbind命令

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linux之grep命令

输出文件中包含'Kell'的文件。.为任意字符,所以合计5个字符,其中第五个字符为任意字符。

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Linux常用快捷键

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生信技能树R语言作业-高级

数据包: ALL, CLL, pasilla, airway 软件包:limma,DESeq2,clusterProfiler 工具包:reshape2 ...

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同一个github账户绑定两个域名

一个github账号可以建立很多仓库,但是只能有一个个人主页仓库,其余都是项目仓库。主页仓库就是你的名字.github.io这个,其余的就是https://gi...

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github+hexo+个人域名建立个人网站

记得repo名字要和github id一样。也就是如果你的id是hello,那么要申请一个hello.github.io的repo。

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R检验数据是否符合正态分布

正态分布又叫高斯分布,很多统计学的理论都是假设所用的数据符合正态分布。所以在研究数据时,首先要看数据是否符合正态分布。

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ggstatsplot包的安装和简单使用

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批量导入NCBI下载到本地的引文到Endnote

Endnote可以批量导入pdf格式文件。但对下载到本地的引文无法批量导入。如果本地有很多这种引文,那一个个导入很麻烦。可以用以下批处理命令实现一次导入

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5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息分析(1) :蛋白质序列基本信息分析(氨基酸组成,理化性质,亲疏水等)

蛋白质是生命功能的执行者,一切生命活动都与蛋白质有关。 我们知道,蛋白质结构分为一级结构和空间结构,而空间结构包含二级三级和四级结构,空间结构是蛋白质功能的关...

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6️⃣蛋白质序列的功能信息分析1:基于蛋白质基序motif

蛋白质具有多种生物学功能,具体可参照《生物化学》。蛋白质若发挥生物学功能,须以空间结构形式。而蛋白质多肽链一旦合成,即可在其他物质协助下,自然折叠,形成一定的空...

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6️⃣蛋白质序列的功能信息分析2:基于蛋白质结构域domain和功能位点分析

结构域domain比较抽象,属于蛋白质构象中二级结构和三级结构之间的一个层次,一般每个结构域有100-300个氨基酸残基组成,有特定的空间构象,并有不同的生物功...

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5️⃣蛋白质的特征信息2:信号肽的预测和识别

目前4.1版,通过人工神经网络方法,预测包括革兰氏阳性菌,革兰氏阴性菌及真核生物在内的**氨基酸序列信号肽剪切位点的有无及出现位置。

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