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文章/答案/技术大牛

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Graphpad prism里的统计学

数据处理是日常科研工作中很重要的一部分，这里就会涉及到统计学知识。但说真的，统计是一个难倒了很多人的学科，科研本身就是个被动掉头发的事情，遇到了统计之后，很多人都会为此主动薅掉无数根头发，平日里大家总是觉得现在有那么多方便快捷的数据软件，直接分析就好了，但是这种投机取巧的想法，并不是长久之计，而且不学习统计学，你可能分析方法用错了，都不知道。笔者最近也是在整理实验数据，所以，给大家整理了一些统计学的基本知识以及统计学在Graphpad prism里的应用，希望可以集思广益，帮到大家。

2019-11-03

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ggstatsplot包能用来干什么

美图神器ggstatsplot-专为学术论文而生在CRAN(comprehensive R Achive Netwokrk)中已有13000多个R包了简单讲ggstatsplot能够提供更为丰富信息的包,其实就是画出高质量的图不需要我们花费过多的精力去调整绘图细节;举个例子,一般的探索性数据分过程析包括数据可视化与数据统计两个部分，而ggstatsplot正是达到两者结合的目的举例说明组间比较-ggbetweenstats 1library(ggstatsplot) 2library(ggplot

2019-11-03

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mRNA的胞内研究技术路线

RNA也分为很多种了，像miRNA、mRNA、lncRNA、circRNA等，前面也有蛮多的文章介绍过了，咱们今天主要介绍mRNA的研究路线。

2019-11-02

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circBase、RegRNA2.0、CircInteractome

在circBase（http://www.circbase.org/cgi-bin/listsearch.cgi）中，我们可以通过circRNA名称（hsa_circ_0010153），转录本名称（NM_133494），染色体定位（chr1:12359258-12382803）检索circRNA的信息（序列，定位，gene_symbol等信息），你也可以直接检索mRNA相关（TP53）或是生物学过程相关（apoptosis）的circRNA。

2019-11-02

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Science 扎心报道:超 3 万篇医学论文因细胞污染作废，数十亿美元或打水漂…

2016 年，韩春雨作为通讯作者在《自然 – 生物技术》Nature Biotechnology 发表文章报道了一种新型的基因编辑技术，随后由于多个实验室未能重复其实验，该论文最终被撤稿，但期间韩春雨辩解称实验重复不出来是因为细胞污染。

2019-11-02

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HCMDB介绍及使用方法

bi filter geo na search

最近发现了一个专门收集整理了肿瘤转移数据的数据库工具——HCMDB，网址：http://hcmdb.i-sanger.com/index。该工具由华东师范大学的董东教授于2017年发表于著名的《Nucleic Acids Research》，影响因子11.147分。

2019-11-02

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热图pheatmap()函数

data heatmap legend row rows

此次例子，我们选择了一套GEO数据库的肺癌数据，数据编号为GSE19804，120个样本，其中包含60个癌症样本和60个癌旁正常样本，前面我们使用t检验，并对p值进行BH校正，筛选fdr小于0.01的基因中前40个在癌症相对于正常样本中显著差异表达的基因进行热图绘制。

2019-11-01

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WebGestalt 2019在线工具

过去生物学家一次研究单个基因，而现在我们可以使用高通量技术同时分析成千上万个基因。高通量技术的本质要求生物信息学工具专注于基因集而不是单个基因，例如，微阵列和蛋白质组技术能够挖掘在某些条件下差异表达的基因和蛋白质组，或在不同条件下共表达的基因和蛋白质组。

2019-10-31

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LinkedOmics在线工具

今天给大家介绍一个闻着伤心听着落泪的网站，分析TCGA数据的工具这么多，我只服这一个，让人不得不感叹，做肿瘤真好！

2019-10-31

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RNA互作组分析之利器-RNAInter

数据库 sql ide

RNA及其相关互作广泛参与多种生理及病理过程，是生命活动的重要参与者。近年来随着生物技术的快速发展和不断进步，广泛开展的各种类型RNA相关互作研究迅速产出海量数据资源，如何有效地梳理并整合这些来源于不同研究的RNA相关互作数据资源、快速准确地从中查找研究所需的重要信息并加以分析，是研究人员开展RNA相关生物标记物与分子机制研究的先决条件。

2019-10-30

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TCGAbiolinks数据下载

data database gd heatmap na

笔者认为，这些功能的好处在于能够比较方便的用简单几行代码做一些固定的分析，恰恰这也是它的缺点，这样的话包的灵活性就大打折扣了，不能够很好的整合用户的其它分析流程。考虑到这一点，我可能不会过多的使用它的其它分析功能

2019-10-30

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生信分析也能零代码发3分的SCI

数据库 sql r 语言

经常有小伙伴跟我抱怨，没时间没精力去学代码，太复杂了。当然也有些小伙伴确实打起精神开始学，从网上搜了一大堆R语言资料，和生物信息学资料，甚至还买了本R语言实战的书，甚至还学起了python，准备大干一场。但是，有时候实在是心有余而力不足，一边要学实验技术，上课，读文献，甚至要在临床轮转，当初高涨的热情很快就被磨灭，然后就没有然后了。

2019-09-25

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R语言系列第二期（番外篇）：R先生教你统计概率与分布

还记得我们在系列2开始的时候为大家介绍的几个特别的函数吗，rnorm(),dnorm()…？如果你忘记了，详情点击：R语言系列第二期：②R编程、函数、数据输入等功能

2019-09-25

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MethSurv——一个优秀的TCGA甲基化分析工具

谈起TCGA分析工具，我知道你肯定要说什么 GEPIA，cbioportal……，但是 TCGA甲基化呢？这些碉堡的神器瞬间就黯然失色了吧，数风流神器，还看白介素同学推荐，首先来看下今天要分享的神器有哪些NB功能吧：

2019-09-25

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零代码下载TCGA数据库第一期

TCGA数据库目前是科研中最常用的数据库之一，其中储存着多种疾病的各组学的数据，借助该数据库，帮助了很多研究生们发表了自己的文章，达到了毕业条件。但是，如果你是刚入门的新手，不用担心，跟着我们的系列推文，完成TCGA数据库的认识与下载，开启TCGA数据库的大门。今天我们就来学习一下TCGA数据库中癌症的RNAseq数据下载。

2019-09-25

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利用ARCHS4进行大规模RNA-seq数据挖掘

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大家好，我是白介素2同学，想必小伙伴们早已开工了，白介素同学这个春节实在是没怎么学习呀（所谓人在江湖，身不由己，容我甩个锅），惭愧惭愧，悟已往之不谏，知来者之可追。新的一年，我们都是追梦人！

2019-09-25

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文献解读：一篇利用数据挖掘+实验的文章常用基础科研套路

这里分享一篇利用数据挖掘+实验的文章，这篇文章发表在BMC Cancer上，IF为3.28。

2019-09-24

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Bioscience Reports接收meta分析的分子生物学sci期刊

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该杂志偏重收录以下研究方向：肿瘤、分子生物学、细胞生物学、基金、蛋白、信号、代谢、免疫等。

2019-07-24

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单细胞测序数据挖掘工具——Single Cell Portal介绍

单细胞测序技术是当下的一个热点，发了不少大文章，逐渐成为 CNS 的标配了。目前，单细胞测序相对来讲还是属于比较昂贵的技术，没钱做不起怎么办？

2019-07-24

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通过插图精准搜索相关的文献——以图检索文献

go https http 网络安全数据库

文献检索是科研的基本功。传统检索文献的方法大多以关键词、主题词、作者、期刊名称等为线索，查找符合要求的文章。然而，这种检索方法忽略了科技论文的精髓–插图。在查阅文献时，直接阅读插图与图注是快速了解文章内容的捷径。所以，如果能直接通过关键词搜索插图，将会极大地提高查找文献的效率和精准度。今天，我以生物医学研究的明星信号通路NF-κB为例，介绍一种直观查询文献的新方法–以图搜文法。

2019-07-24

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