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育种数据分析之放飞自我
生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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组内观测次数不相等的方差分析如何进行多重比较
表格
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数据
数学
前一段时间，一位统计学老师给我写了一封信，问了关于“组内观测次数不相等的多方差分析的多重比较”相关的问题：
邓飞
2024-06-21
82
0
根据亲本基因型生成杂交F1基因型的R程序
数据处理
编码
程序
函数
数据
玉米等物种中常见的步骤，其中只对父母（纯合系列）进行基因型分型，然后利用这些信息来生成/推测每个杂交后代的基因型数据。这个函数也可以用于混合DNA分析，以获得只对父母进行基因型分型的全同胞个体的混合分子矩阵。
邓飞
2024-06-21
63
0
如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件
data
package
二进制
系统
git
R语言是昨天安装的R3.6版本（Linux系统安装老版本的R语言，比如R3.6？）。
邓飞
2024-06-21
78
0
Linux系统安装老版本的R语言，比如R3.6？
博客
测试
系统
linux
安全
安装是可以的，但是安全的安装是值的推荐的，所谓安全的安装，就是不和系统已有的R语言和R包有冲突，不能把现有的系统搞崩了……
邓飞
2024-06-21
82
0
一篇搞定基因型数据填充！
jar
内存
软件
数据
线程
大家好，我是邓飞，今天介绍一下基因型数据的填充，包括自填充和填充到参考集上的方法。
邓飞
2024-06-08
287
0
一个检测系谱数据是否正常的程序
打包
程序
函数
数据
统计
最近有小伙伴问起如何检查系谱数据是否正常，这里，分享一个我之前写的一个R包，里面有函数check_pedigree，可以说是非常方便了。
邓飞
2024-06-08
84
0
使用TASSEL学习GWAS笔记：从入门到出家
可视化
入门
d3
tiff
笔记
TASSEL有对结果进行可视化的模块，包括qq图和曼哈顿图，但是图不方便调整。这里用TASSEL的分析结果，使用R语言进行绘制qq图和曼哈顿图。
邓飞
2024-06-08
113
0
一个批量做LDblock的脚本
ld
plot
sh
脚本
bash
今天，有小伙伴在星球询问GWAS分析的显著性位点，如何批量绘制LDblock，之前写过LDblock的安装和使用说明：（LDblock绘制连锁不平衡和单体型图）
邓飞
2024-05-29
94
0
虚拟机安装国产银河麒麟LInux系统
虚拟机
linux
测试
配置
系统
大家好，麒麟系统的普及率越来越广了，很多电脑初始设置系统就是麒麟系统，现在很多科研单位和高校也都预配置了麒麟系统，下面用虚拟机Vmware安装一下银河麒麟系统，方便对一些软件或者环境进行测试。
邓飞
2024-05-29
326
0
ASReml文献解析|如何分析猪繁殖性状遗传参数估计
工具
函数
模型
软件
数据
asreml软件功能非常强大，使用简单，遗传评估和基因组选择的利器，5月份有个遗传评估和基因组选择的培训班（见文末），
邓飞
2024-05-11
104
0
基因型数据分析时先质控还是先填充？
数据分析
数据
测序公司经过测序给我们的数据，通常为vcf或者plink格式的数据，由于样本降解、样本与参考基因组差异大（可能片段增加或者缺失）导致snp位点缺失。
邓飞
2024-05-01
140
0
GWAS分析为何要关注遗传力的大小
博客
模型
软件
数据
异常
通俗来讲，就是可遗传的百分比，如果遗传力很高，那么子代的表现和亲本的表现高度相关，如果遗传力很低，那么子代的表现和亲本的表现相关性很低，之前写过一篇博客，介绍遗传力相关的公式推导：回归系数 相关系数 遗传力之间的关系
邓飞
2024-05-01
154
0
Haploview软件windows安装失败
软件
系统
windows
测试
配置
有个小伙伴说，Haploview软件在windows系统中安装报错，说是配置了java和javac环境，还是不错，我是不信的。
邓飞
2024-04-30
142
0
GAPIT3的farmcpu模型做GWAS，报错
模型
内存
软件
数据
大数据
一个好的问题，可以引起思考，通过查资料回答问题的过程，是加深理解的过程，然后通过输出，就是掌握深化。
邓飞
2024-04-30
130
0
半分钟搞定Centos安装R4.3
入门
系统
源码
centos
数据分析
大家好，我是邓飞，数据分析离不开Linux系统，所以，如何在Linux系统中安装R语言，可以有效的避免入门数据分析，劝退力量很大。如果还有没有劝退，那就在Linux系统中安装R语言包……
邓飞
2024-04-10
270
0
GWAS分析竟然发表6分的文章！！！
开发
论文
数据
系统
基础
大家好，gwas分析目前已经很普及，很多育种群体非常适合gwas的数据挖掘，很多人类群体也非常适合gwas的位点挖掘。
邓飞
2024-04-10
162
0
plink计算TagSNP和lead SNP的方法
block
管理
内存
数据
统计
根据 LD≥0.25 的 r2，将 5Mb 区域 内数值高于阈值的多个 SNPs 进行聚类。一个聚类中 P 值最低的 SNPs 被确定为 lead SNPs。"，我知道怎么计算R2,但是我不理解这个聚类怎么做的
邓飞
2024-04-10
284
0
批量100个性状进行gwas分析--代码分享
模型
软件
数据
程序
脚本
GWAS分析时，3~5个性状是正常操作，要分析100个性状呢，手动修改参数，工作量是够了，但是程序员的修养体现在哪里了？？？
邓飞
2024-03-25
116
0
配合力为负值咋整啊？？？
博客
模型
设计
数据
数据分析
大家好，我是邓飞，作为育种数据分析的段子手，数据分析水平不敢保证，但是段子确实香。经常有小伙伴抛出各种育种数据分析相关的问题，当问题比较多了，我觉得应该写一篇博客了，毕竟，别人问你一个问题，再没有抛过去一篇博客，什么话都不说更爽的了，暗爽。
邓飞
2024-03-25
95
0
R语言计算多基因评分（PRS）
软件
数据
编码
基础
模型
GWAS分析结果中，有每个SNP的beta值、se值、P值，因为GWAS分析中将SNP变为0-1-2编码，所以这些显著的SNP的beta值，就可以用于预测。
邓飞
2024-03-25
191
0
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