liu_ll的生信学习笔记

86 篇文章
25 人订阅

全部文章

liu_ll

(小笔记/网站推荐)如何看引物跨是否跨内含子?

今天问师弟的要了几管引物打算做PCR验证一下我的实验模板。   但是需要确定一下我这批引物不能跨基因的内含子,拿到了这一批引物序列,如何去看到底跨不跨内含子呢...

13220
liu_ll

实验复盘(三)提RNA降解还反转?

  这一次的实验复盘,想好好总结一下最基本的分子实验操作------提取RNA反转成cDNA 应用:可以用于基因表达定量/非定量,比如说RT-PCR,RT-q...

11620
liu_ll

实验复盘(二)------无缝克隆那(fan)些(che)事(le)?

  无缝克隆是可以把多个片段通过重组的方式连接到一起,省去了中间搭桥PCR的繁琐的过程。而且可以连接多个片段成为最大优势。除了各大品牌的无缝克隆的说明书以外,我...

18430
liu_ll

(小笔记)引物前面加酶切位点?

举?:   我们需要在质粒上连一个序列,比如EGFP吧,那么我们应该怎么着手设计呢?

17640
liu_ll

慢病毒包装基础原理&实验

  最近需要用到慢病毒包装目的基因进行表达,这篇笔记就是简单的记录了一下我的慢病毒相关知识的学习~

85420
liu_ll

厉害了,同时探究转录组和DNA-蛋白互作?(文献阅读--ScDam&T seq了解一下~)

  今天的这篇文章来自于今年7月份发表在nature biotechnology上的一篇文章<Simultaneous quantification of pr...

18640
liu_ll

(经典文献精读--高分辨率Hi-C)A 3D Map of the Human Genome at Kilobase Resolution Reveals Principles of Chrom...

  这篇笔记来自于14年发表在cell上的文章:《A 3D Map of the Human Genome at Kilobase Resolution Rev...

28030
liu_ll

(文献精读--3D基因组) The role of 3D genome organization in development and cell differenti...

  这篇文献,来自于清华大学颉伟教授,19年6月份发表在Nature reviews上的一篇文章《The role of 3D genome organizat...

34150
liu_ll

(小笔记)如何查找&比对疾病突变的基因位点?

最近在关注Rad21的突变,有一个Rad21的突变致病基因叫做:cohesinopathy 我查到文献:https://www.ncbi.nlm.nih.go...

48210
liu_ll

(第二弹代码实现)iSA:DNA甲基化新的分析方法

接着上一篇 iSA:DNA甲基化新的分析方法(part 1) 下载并且安装好了软件工具+数据后,进行下一步分析了。

19620
liu_ll

如何检查bam文件的完整性?

  em.......看到这个的时候,也就意味着重跑了。一般bam文件跑完出错的概率比较小,如果出错了的话,就得重新返工了。所以检查一下bam文件的完整性比较好...

38730
liu_ll

如何从Encode数据库上下载数据?

  简单介绍一下Encode这个数据库:它的全称是Encyclopedia of DNA Elements,简称为ENCODE。是由美国国家人类基因组研究所(N...

45420
liu_ll

什么是Repli-seq?

  最近接触到一个新的测序method:Repli-seq!这篇笔记就是为了学习和思考浅层思考Repli-seq

18460
liu_ll

(文献阅读part 1)染色体结构域的形成 Formation of Chromosomal Domains by Loop Extrusion

   这是一篇2016年发表在cell reports的文献: Formation of Chromosomal Domains by Loop Extrusi...

11320
liu_ll

(学习笔记)Gateway系统构建

  现在构建载体系统的方法有很多,今天整理的一种是gateway系统去构建质粒载体系统,希望能够解决一下几个问题:

22320
liu_ll

(文献阅读)DamID -------研究基因调控的工具

这篇笔记来自文章 DamID as a versatile tool for understanding gene regulation https://www...

18830
liu_ll

3D基因组入门笔记

1.1 一维的染色体的情况   我们首先来看一个图 它展示了人1号到XY染色体的基因结构,包括插入,删失,倒位异位等情况。很直观,但是也展示了人染色体的复杂...

36720
liu_ll

samtools (非 root 用户安装)小笔记

为了避免以后的踩坑,我把相关分析的软件版本再检查了一遍 发现samtools的版本需要进行升级。接下来升级一下samtools step1:

15440
liu_ll

(半甲基化的方法学思考)文献report: Nascent DNA methylome mapping reveals inheritance of hemimethylation at CTC...

Pre: 这是一篇science的文献report,帮助梳理文献思路帮助非常大!(自己只理解了部分,后续有新的补充会及时更新!)

13440
liu_ll

实验方法小梳理:NasBS-Seq nasChIP-Seq nasChIP-BS-Seq

  这是18年发表在science上的一篇工作:Nascent DNA methylome mapping reveals inheritance of hem...

14930

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券