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生信了

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FAQ about PBS
Portable Batch System (or simply PBS) is the name of computer software that performs job scheduling. Its primary task is to allocate computational tasks, i.e., batch jobs, among the available computing resources. It is often used in conjunction with UNIX cluster environments. (fromPBS Wiki page [1])
一只羊
2020-11-05
1.3K0
生信(11)htslib处理bam或sam文件的简单示例
(本文写于2020年初,随着将来htslib和samtools库的更新,本文部分内容可能会不适用,请读者注意官网的更新动态。)
一只羊
2020-03-25
1.9K0
生信(十)利用kseq.h和regex.h实现类似grep查找fastq reads功能的示例(C语言)
做生信的朋友应该都很熟悉类Unix系统中的grep命令,该命令可以快速查找并输出包含目标字符串的行。在对fastq文件进行处理时,我们有时候需要查找包含特定字符串的reads。因为一个reads包含了多行,所以grep命令不能完全适用。那有没有其它命令或者工具可以实现快速简便地实现上述查找特定reads的功能呢?就像grep快速查找行一样。
一只羊
2020-02-18
9750
(转载)windows10上运行Linux Bash Shell
前段时间笔者使用的Linux云主机到期了,并且也没有续约,所以最近想使用Linux(其实就是用Bash)的时候只能干着急。这两天突然想起以前看过新闻说Windows上也可以运行Linux Bash,所以网上找了教程,试了试成功了:
一只羊
2019-09-24
1.1K0
Shell(二)常用命令和技巧
Shell命令行一些常用命令 date cal calendar pwd parent working directory cd change directory ls list directory contents cp copy files and directories mv move and/or rename files and directories rm remove files touch create empty files or update file timestamps
一只羊
2019-07-27
3640
生信(五)awk求取某一列的平均值
awk是生信人必须要掌握的命令行工具。为什么?因为它太强大了。我们举一个例子来说明。
一只羊
2019-07-27
2.1K0
生信(七)生信中常用命令
(说明:我们拿到的bed文件时常是客户在Windows系统下编辑好的,其行尾是\r\n,在进行NGS分析前最好将其转换为Unix风格的行尾\n。)
一只羊
2019-07-27
8240
生信(八)zlib库操作fq-gz文件
输入一个index,将fq1和fq2(两个都是gz文件)中能够匹配该index的reads输出。输出文件也要是gz格式。
一只羊
2019-07-27
1.6K0
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