R语言交流中心

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一粒沙

R语言实现流式细胞数据分析

流式细胞术通过光学检测系统快速检测多参数的细胞流。许多因素使得流式细胞术能够成功和广泛的应用,比如检测速度(能够允许大量的细胞被检测),高度的准确性和分辨率,低...

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一粒沙

R语言实现蜜蜂群图绘制

前面我们讲过抖动散点图的绘制,今天给大家介绍一个更加普遍的一种抖动散点图叫做蜜蜂群图。首先我们看下需要用到的包:

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一粒沙

R语言批数处理

在很多实验的时候都会遇到不同批次的数据整合的情况,那么今天就给大家介绍一个测序数据的批次数据分析的R包sva。首先我们看下包的安装,以及内置数据的安装:

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一粒沙

R语言实现并行计算

Python作为多线程的编程语言在并行方面相对于R语言有很大的优势,然而作为占据统计分析一席之地的R语言自然不能没有并行计算的助力。那么我们来看下在R语言中有哪...

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一粒沙

R语言绘制双标图

当然由于GGEBiplotGUI需要调用到Java的内核,所以安装此包时务必保证本机已经具有了Java 的运行环境。接下来我们看下如何绘制双标图:

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一粒沙

R语言实现PCOA分析

大家对主成分分析(principal components analysis, PCA) 都很熟悉,但是今天我们来介绍下主坐标分析(principal coor...

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一粒沙

R语言实现分子SDF文件操作

我们今天给大家介绍一个可以在R语言中对SDF文件进行操作的R包ChemmineR,当然这个包还包含了很多对分子分析的算法,需要通过Bioconductor安装:

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一粒沙

R语言实现基因组信息的筛选

今天给大家介绍一个R语言中的数据对象TxDb,此对象可以完美支持sqlite数据库导入,并且减少了检索的耗时,主要用来存储大量的基因信息数据。目前在R中存在大量...

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一粒沙

R语言实现ICC分析

今天给大家解释一个组内相关系数(intraclass correlationefficient,ICC)分析方法,其主要用于评价具有确定亲属关系的个体间某种定量...

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一粒沙

R语言三维图的绘制

R语言在可视化方面的地位是毋庸置疑的,但是呢相对于MatalabR语言在三维图形的展示上存在一定的劣势。当然,作为大众的免费软件,指定不服,很多人为此也基于R语...

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一粒沙

R语言实现牛顿迭代算法

我们今天给大家介绍一个用来迭代的算法牛顿迭代法(Newton's method)。单变量下又称为切线法。它是一种在实数域和复数域上近似求解方程的方法。首先我们看...

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一粒沙

R语言实现基因表达模式识别

后验概率:事情已经发生,要求这件事情发生的原因是由某个因素引起的可能性的大小{P(事件|原因)}。

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一粒沙

R语言实现肿瘤细胞计数

今天给大家介绍一个病理图像中肿瘤细胞计数的图像处理包CRImage。此包对R语言的版本要求比较高,必须是不低于3.6版本的R语言才可以安装。安装需要的前期准备:

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一粒沙

R语言实现通路富集打分

我们大家应该对通路富集分析都很熟悉,比如GSEA,DAVID等。都是在大量文章中常见的通路富集方法,那么今天我们也给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据...

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一粒沙

R语言肿瘤纯度评估二

我们前面介绍了肿瘤中如何进行反卷积纯化肿瘤组织表达矩阵,今天我们介绍一个作为R包DeMixT子功能另一个R包estimate(Estimation of STr...

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一粒沙

R语言实现单细胞测序的表达矩阵复原

首先要下载所需要的示例数据,下载地址:https://storage.googleapis.com/linnarsson-lab-www-blobs/blobs...

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一粒沙

R语言实现sequence logos绘制

我们前面讲过在python中如何实现测序图标(sequence logos)的绘制。今天给大家介绍一个在R语言中实现DNA,RNA以及氨基酸的logos绘制的R...

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一粒沙

R语言实现基因详细信息的获取

做生物信息学的同仁应该对基因的名称或者ID 的统一化对处理数据起到了很关键的作用。今天我们就给大家介绍一个R包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.k...

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一粒沙

R语言实现表达数据的反卷积

大家对转录本测序已经耳濡目染,但是我们由于当时组织的选择并不能做到100% 的肿瘤,因为比例很小也就直接忽略了。为此,很多学者就在研究相关的算法旨在解决这个问题...

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一粒沙

R语言实现非房室模型算法

药代动力学分析过程中房室模型和非房室模型成为两大主要分支。房室模型分析法的基础是把机体以类群形式分为几个不同的隔室或房室,然后根据药物在各房室间的转运或消除速率...

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