医学生物信息学

旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧
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西北农林科技大学 · 博士 (已认证)

48个实用的生信在线工具强烈推荐,不看是你的损失!

在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点,轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。

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R语言数据分析与挖掘(第九章):聚类分析(2)——层次聚类

层次聚类根据划分策略包括聚合层次聚类和拆分层次聚类,由于前者较后者有更广泛的应用且算法思想一致,因此本节重点介绍聚合层次聚类算法。

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R语言数据分析与挖掘(第七章):因子分析

因子分析(factor analysis, 简称FC)又称因素分析,基于相关关系而进行的数据分析技术,是一种建立在众多的观测数据的基础上的降维处理方法。其主要目...

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基因芯片数据分析(一):芯片数据初探

简单地讲,基因芯片就是一系列微小特征序列的(通常是DNA探针,也可能是蛋白质)的集合,它们可以被用于定性或者定量检查样品内特异分子的成份。比如说,基因芯片可以检...

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医学生信文献第10期:一篇肿瘤领域入门必读综述——新一代癌症标志物

在人类肿瘤的多 级发展过程 形成的六 个生物功 能构成了癌症的 特征。这些 特征为分析复 杂的肿瘤性疾病 提供了一个 组织原则。这六个 特征包括:持久 的增殖信...

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R语言数据分析与挖掘(第五章):方差分析(3)——协方差分析

为了更好的帮助大家理解,下面简要介绍相关结构,大家也可以自行回顾一下本公众号推送的回归分析与方差分析模型的结构;

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医学科研实验基础知识笔记(十一):非编码RNA

非编码RNA(Non-coding RNA)是指不编码蛋白质的RNA。其中包括rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA 和microRNA 等多种已知功能的...

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R语言数据分析与挖掘(第五章):方差分析(2)——多因素方差分析

在实际应用中,更多出现的是包含多因素的试验和处理。多因素试验与双因素试验背后的基本思想是一致的。与单因素方差分析不同,在双因素方差分析中因素间可能会有交互作用。...

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R语言数据分析与挖掘(第六章):主成分分析(1)——主成分分析概论

在许多领域的研究与应用中,往往需要对反映事物的多个变量进行大量的观测,收集大量数据以便进行分析寻找规律。多变量大样本无疑会为研究和应用提供了丰富的信息,但也在一...

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R语言数据分析与挖掘(第六章):主成分分析(2)——案例讲解

na.action:一个函数,指定缺失数据的处理方法,若为NULL,则使用函数na.omit()删除缺失数据。

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R语言数据分析与挖掘(第五章):方差分析(1)——单因素方差分析

方差分析(analysis of variation,简写为ANOVA)又称变异数分析或F检验,用于两个及两个以上样本均值差别的显著性检验,从函数的形式看,方差...

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2019诺贝尔生理学奖颁布,有关缺氧机制的信号通路研究是否会火?

北京时间2019年10月7日17时30分(斯德哥尔摩时间10月7日11时30分),2019年诺贝尔生理学或医学奖获奖名单公布。获奖者为: William G. ...

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R语言数据分析与挖掘(第四章):回归分析(4)——logistic回归

前面我们介绍的回归方法,一般适用于数值型数据对象,对于分类数据类型就不再适用。对于分类数据对象,我们需要引入广义线性回归方法,比如logistic回归和pois...

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研究Protein,这些技术不得不看

RNA最近几年可火了,RNA小鲜肉F4:miRNA、lncRNA、circRNA、piRNA,它们直接或者间接调节mRNA的翻译、基因转录,这些科研热...

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R语言数据分析与挖掘(第四章):回归分析(3)——变量的选择

  在数据挖掘的实战过程中,经常会遇到变量非常多的情况,即数据的维数很高,也称为“维数灾难”问题。在我们生物医学统计领域,一个数据集中可能存在成百上千个变量,对...

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一篇9分的miRNA文章了解一下!

大约70%的多囊卵巢综合征 (PCOS) 妇女存在与体质量相关的高于或超过体质量的内在胰岛素抵抗 (IR),包括脂肪组织 (AT) 的糖代谢功能失调。在AT中,...

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基因芯片数据分析(八):DESeq2差异分析实战案例

基因芯片数据分析(六):DESeq2包的基本原理 我们接下来通过一个案例介绍利用edgeR进行差异分析。

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基因芯片数据分析(七):edgeR差异分析实战案例

我们接下来通过一个案例介绍利用edgeR和DESeq2包进行差异分析,本文先介绍edgeR。

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西北农林科技大学 · 博士 (已认证)

基因芯片数据分析(六):DESeq2包的基本原理

DESeq2是另外一个分析差异基因的R包,它的功能很多,使用也比较复杂。我们在前面提到过,RPKM,FPKM与TPM是常用的用于均一化不同的样本reads数的方...

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西北农林科技大学 · 博士 (已认证)

基因芯片数据分析(五):edgeR包的基本原理

在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点。基因表达量的衡量指标有:RPKM、FPKM、TPM。

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