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分子对接教程 | (9) VMD可视化对接结果

能够实现蛋白质三维结构可视化的软件非常多。比专业级的PyMOL(https://pymol.org/2/)。这个软件已经被世界上著名的生物医药软件公司“薛定谔公...

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分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果

或者通过命令cd F:\AutoDock来实现,这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。

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分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题

首先就是准备受体的时候,加氢的问题,其实在前文已经有过介绍,在选择一个分子作为配体或受体之前,必须把所有的氢都加到这个分子上,而且是全氢。如果你操作是用我选择的...

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分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读

接下来你可以按照下图设置显示形式,颜色按照前面的倒三角形里面选择显示二级结构,通过链显示颜色。

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分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理

同样的,打开小分子文件。我前面准备了2个格式的文件,选择其中一个,这里我选择了mol2格式的。

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分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件,我在前面提到过,我也上传到了网盘,有2个版本,一个2.2,一个2.4,前面说安装时需要安装2.0序列的Pytho...

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分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换

还有一个数据库能下载mol2格式的文件。ZINC(http://zinc.docking.org/),这里就不介绍了,你要是能从上面的数据库下载到你配体小分子的...

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分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

关于蛋白质结构的PDB文件,做分子对接,估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦。这里简单的介绍一下。

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分子对接教程 | (1) 软件安装准备

AutoDock 网站下载地址:http://autodock.scripps.edu/

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生信文献 | 一种新的自噬相关lncRNA乳腺癌预后风险模型

标题:A novel autophagy-related lncRNA prognostic risk model for breast cancer

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R绘图笔记 | 散点分布图与柱形分布图

https://docs.qq.com/sheet/DV0dxREV1YkJ0ZmVj

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R绘图笔记 | 二维散点图与统计直方图组合

前面介绍了散点图、柱状图、直方图和核密度估计图,有时候散点图不能很直观的看的出数据的分布情况,这里介绍散点图与统计直方图组合绘制。

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Linux笔记【005】| vim编辑器使用教程

Vim是Linux下一款编辑器软件,它的地位等同于windows下的notepad(记事本)。其功能上要比windows的记事本要强上很多倍,这个vim在开发行...

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R绘图笔记 | 柱状图绘制

绘图:geom_bar用于绘制柱状图,ylim设置纵轴值范围,them设置主题,axis.title设置坐标轴名称参数,axis.text设置坐标轴参数。

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R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

plot函数中,x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标;函数中的...为附加的参数。plot函数默认的使用格式如下:

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Linux笔记【004】| 文件/文件夹的基本操作命令

如果后面的参数文件名指定了路径,则表示在指定的路径下创建;如果只是传递一个文件名,则表示在当前目录创建文件。

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单细胞测序技术原理

2015年以来,10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现,彻底降低了单细胞测序的成本门槛。

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Linux笔记【001】| 初识Linux

Linux 内核最初只是由芬兰人林纳斯·托瓦兹(Linus Torvalds)在赫尔辛基大学上学时出于个人爱好而编写的。

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Linux笔记【002】| 远程登录服务器软件:MobXterm与FileZilla

在实际开发或者计算的时候可以使用一些第三方的工具对远程的服务器进行控制。目前常用的Linux远程登录工具有:putty、xshell、secureCRT等等。我...

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Linux笔记【003】| Linux系统目录结构与基本命令

linux的文件系统是采用级层式的树状目录结构,在此结构中最上层是根目录“/”,然后在此目录下再创建其它的目录。在linux世界里。一切皆文件。

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