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生物信息云

旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧

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生物信息数据分析教程视频——15-clusterProfiler包+ClueGO做富集分析

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生物信息数据分析教程视频——10-TCGA数据库:mi NA的表达探索

2022-12-16

1.6K0

单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ

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SRAtoolkit是NCBI提供的SRA文件处理工具集， SRA文件是NCBI的SRA数据库数据的储存格式，许多公开的scRNA-seq数据都会上传到该数据库。SRAtoolkit将NCBI的SRA数据库中SRA文件转换为FastQ文件。

2022-06-13

2.7K0

对差异表达基因执行转录因子富集分析

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我们获得的差异基因【学习：一文就会TCGA数据库基因表达差异分析，GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析，TCGA数据库：GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析】，下游除了富集分析【学习：clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析；FunRich数据库：一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具】等以外，如果我们想找到参与调控这些差异基因的转录因子，作为研究的上游机制，是一个思路。而很多转录因子预测的数据库是基于转录因子的Chip-seq的数据来进行构建的，这样的结果能说明某一个转录因子结合某一段序列，但是结合并不一定说明可能影响这个基因的表达，所以最好做一个这个转录因子导入/导出的表达数据来说明对于基因表达的影响。

2022-01-19

3.1K0

GSEA分析中的gmt格式文件如何自定义

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在我前面的文章：clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析，有介绍在GSEA分析中，在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了很多基因集，下载的基因集是gmt格式文件。下载的gmt格式文件，打开后可以看见是下面这个样子的：

2021-09-29

4.6K1

生信文献 | Sirt6通过介导PI3K/Akt信号通路促进弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤发生和耐药性

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文章：Sirt6 promotes tumorigenesis and drug resistance of diffuse large B-cell lymphoma by mediating PI3K/Akt signaling

2021-06-17

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生信工具 | TIGA: Target Illumination GWAS Analytics

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全基因组关联研究(GWAS)可以揭示重要的基因型-表型关联，但数据质量和可解释性问题必须得到解决。对于根据现有证据确定目标靶点的药物发现科学家来说，这些问题已不是单一的药物发现研究。作者开发的TIGA（Target Illumination GWAS Analytics）通过对全基因组关联研究(GWAS)中与性状相关的蛋白质编码基因进行评分和排序，促进药物靶点的发现。TIGA可以用相同的基因-性状关联指标对性状进行评分和排序。这一重点应用提供了一种合理的方法，通过该方法，GWAS的发现可以被聚合和过滤，以获得适用的信息，并为药物发现科学家提供可用的证据，为确认药物靶点的优先级，以便于研究。

2021-06-17

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教你如何预测参与调节差异基因的转录因子

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KnockTF（http://www.licpathway.net/KnockTF/search.php）数据库就是基于这个目的构建的数据库。关于这个数据库，我在很久前的文章【这个网站提供了多种数据分析工具——增强子，非编码RNA转录信息等】中有提到，这个数据库收录了目前公共数据库当中敲减该转录因子后做的表达谱（芯片、二代测序）的数据，进而来反映这个转录因子变化后对于基因表达的影响。KnockTF不仅提供了感兴趣的TFs靶基因的全面基因表达信息，还收集了TFs上游通路信息以及下游靶基因的各种功能注释和分析结果，包括GSEA、GO富集、KEGG通路富集、层次聚类分析和差异表达分析。KnockTF进一步提供了有关TFs与启动子、超级增强子和靶基因典型增强子结合的详细信息。构建TF差异表达基因网络，对感兴趣的基因集进行网络分析，如子网络定位、拓扑分析和超几何富集。KnockTF将有助于阐明TF相关功能并挖掘潜在的生物学效应。

2021-03-16

2.4K0

clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析

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本地的KEGG分析参考文章：KEGG数据库使用及通路分析教程,GO参考文章：FunRich数据库：一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具，当然该工具不止可以进行富集分析，具体去看文章吧。

2020-06-17

2.9K0

为什么选择GSEA分析？和KEGG和GO分析有什么区别？

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但是，一般的差异分析（GO和Pathway）往往侧重于比较两组间的基因表达差异，集中关注少数几个显著上调或下调的基因，这容易遗漏部分差异表达不显著却有重要生物学意义的基因，忽略一些基因的生物特性、基因调控网络之间的关系及基因功能和意义等有价值的信息。而GSEA不需要指定明确的差异基因阈值，算法会根据实际数据的整体趋势，为研究者们提供了一种合理地解决目前芯片分析瓶颈问题的方法,即使在没有先验经验存在的情况下也能在表达谱整体层次上对数条基因进行分析,从而从数理统计上把表达谱芯片数据与生物学意义很好地衔接起来,使得研究者们能够更轻松、更合理地解读芯片结果。

2020-06-17

17.3K1

生信中各种ID转换

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1.Uniprot ID mapping 可以很方便地把 ID 转换为其他 ID 类型, 所包含的类型十分全面【https://www.uniprot.org/uploadlists/】

2020-06-04

10K1

48个实用的生信在线工具强烈推荐，不看是你的损失！

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在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。

2020-02-25

4.6K0

TCGAbiolinks包帮助文档（英文版）

函数名称描述 colDataPrepare Create samples information matrix for GDC samples gaiaCNVplot Creates a plo

2019-08-07

1.7K0

R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据

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通过官网下载（需要注册），或者百度一下也有资源。需要注意的是要下载最新版，百度或者谷歌的不一定是最新版本，最好在官网下载，但是现在有一个问题，注册账号时验证码的图片总是无法显示，所以无法注册，如果注册时没有我说的这个问题，那就直接注册，注册后直接输入自己的邮箱在1处，点击下载即可。如果无法注册，可通过GitHub下载。

2019-08-07

4.5K0

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