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数据库

基因芯片数据分析（一）：芯片数据初探

简单地讲，基因芯片就是一系列微小特征序列的（通常是DNA探针，也可能是蛋白质）的集合，它们可以被用于定性或者定量检查样品内特异分子的成份。比如说，基因芯片可以检...

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基因芯片数据分析（二）：读取芯片数据

在microarray的处理中，第一步就是读取数据。无论是自己的保存在本地的数据，还是在线保存的数据，对于不同公司的芯片可以使用不同的软件包读取。在这里，我们说...

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cBioPortal数据库使用教程

大规模的癌症基因组计划，比如The cancer genome atlas(TCGA) and the International cancer genome ...

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这个网站提供了多种数据分析工具——增强子，非编码RNA转录信息等

该工具由哈尔滨大学开发的，该团队通过结合系统生物学、计算生物学和生物信息学方法来分析与疾病相关的途径。对疾病代谢途径的识别、药物相关途径的分析和患者生存预测。在...

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不会编程的同学看过来：新的GEO数据在线分析工具——BART

本地版:https://bitbucket.org/Luisa_amaral/bart

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蛋白质互作数据库汇总

Licata L, Briganti L, Peluso D, et al. MINT, the molecular interaction database:...

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TCGA数据挖掘（一）：TCGAbiolinks包介绍

肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国National Cancer Institute（NCI）和National Human Genome Research...

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PCR中的引物设计

Nucleotide数据库的搜索结果还是比较智能的，搜索结果前面推荐的就是我们的要的，我们做基因检测，做的PCR是定量PCR，设计引物是以基因的转录本为模板设计...

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GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）作为各种高通量实验数据的公共存储库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，...

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GEO数据库表达谱差异基因分析

关于GEO数据库表达谱差异基因分析，网上有很多教程，但很多都不系统，几乎千篇一律，而且都是直接使用整理好的矩阵文件来操作的。大家都知道，GEO数据库只负责用户上...

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基因芯片数据挖掘分析表达差异基因

基因芯片(genechip)（又称DNA芯片、生物芯片）的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸...

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转录因子预测数据库JASPAR使用教程

今天我们讲解JASPAR 数据库（http://jaspar.genereg.net/）的使用！

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生物信息学初识篇——第二章：序列比对（5）

在 EMBL Clustal Omega 比对结果的 Result Summary 标签下有Jalview按钮。这个按钮可以快速启动 Jalview，但这里启动...

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TCGAbiolinks包下载TCGA数据进行表达差异分析-乳腺癌案例

TCGAbiolinks -一个用于TCGA数据综合分析的R/BioConductor软件包，能够通过GDC Application Programming I...

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生物信息学初识篇——第二章：序列比对（3）

之前用EMBL的双序列比对工具做全局比对，虽然很快就出结果了，但至少也要经历一两秒钟的时间。而数据库中有几百万条序列，全部比对一遍，耗时太长。因此，我们需要快速...

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基础科研不得不了解的实用数据库！

这么长时间以来，我们推荐过的数据库差不多有好几十个，今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下：

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