生物信息云

旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧
171 篇文章
191.3K 次阅读
251 人订阅

数据库

DoubleHelix

基因芯片数据分析(一):芯片数据初探

简单地讲,基因芯片就是一系列微小特征序列的(通常是DNA探针,也可能是蛋白质)的集合,它们可以被用于定性或者定量检查样品内特异分子的成份。比如说,基因芯片可以检...

81911
DoubleHelix

基因芯片数据分析(二):读取芯片数据

在microarray的处理中,第一步就是读取数据。无论是自己的保存在本地的数据,还是在线保存的数据,对于不同公司的芯片可以使用不同的软件包读取。在这里,我们说...

89410
DoubleHelix

cBioPortal数据库使用教程

大规模的癌症基因组计划,比如The cancer genome atlas(TCGA) and the International cancer genome ...

99032
DoubleHelix

这个网站提供了多种数据分析工具——增强子,非编码RNA转录信息等

该工具由哈尔滨大学开发的,该团队通过结合系统生物学、计算生物学和生物信息学方法来分析与疾病相关的途径。对疾病代谢途径的识别、药物相关途径的分析和患者生存预测。在...

44420
DoubleHelix

不会编程的同学看过来:新的GEO数据在线分析工具——BART

本地版:https://bitbucket.org/Luisa_amaral/bart

1.8K31
DoubleHelix

蛋白质互作数据库汇总

Licata L, Briganti L, Peluso D, et al. MINT, the molecular interaction database:...

24720
DoubleHelix

TCGA数据挖掘(一):TCGAbiolinks包介绍

肿瘤基因组图谱(TCGA)计划是由美国National Cancer Institute(NCI)和National Human Genome Research...

1.8K82
DoubleHelix

PCR中的引物设计

Nucleotide数据库的搜索结果还是比较智能的,搜索结果前面推荐的就是我们的要的,我们做基因检测,做的PCR是定量PCR,设计引物是以基因的转录本为模板设计...

59363
DoubleHelix

GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)作为各种高通量实验数据的公共存储库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验,检测mRNA,...

21.2K1619
DoubleHelix

GEO数据库表达谱差异基因分析

关于GEO数据库表达谱差异基因分析,网上有很多教程,但很多都不系统,几乎千篇一律,而且都是直接使用整理好的矩阵文件来操作的。大家都知道,GEO数据库只负责用户上...

2.9K1913
DoubleHelix

基因芯片数据挖掘分析表达差异基因

基因芯片(genechip)(又称DNA芯片、生物芯片)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的测序原理是杂交测序方法,即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸...

74360
DoubleHelix

转录因子预测数据库JASPAR使用教程

今天我们讲解JASPAR 数据库(http://jaspar.genereg.net/)的使用!

18K1520
DoubleHelix

生物信息学初识篇——第二章:序列比对(5)

在 EMBL Clustal Omega 比对结果的 Result Summary 标签下有Jalview按钮。这个按钮可以快速启动 Jalview,但这里启动...

1.6K72
DoubleHelix

TCGAbiolinks包下载TCGA数据进行表达差异分析-乳腺癌案例

TCGAbiolinks -一个用于TCGA数据综合分析的R/BioConductor软件包,能够通过GDC Application Programming I...

6K74
DoubleHelix

生物信息学初识篇——第二章:序列比对(3)

之前用EMBL的双序列比对工具做全局比对,虽然很快就出结果了,但至少也要经历一两秒钟的时间。而数据库中有几百万条序列,全部比对一遍,耗时太长。因此,我们需要快速...

93430
DoubleHelix

基础科研不得不了解的实用数据库!

这么长时间以来,我们推荐过的数据库差不多有好几十个,今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下:

52851

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券