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Cytoscape从安装到应用cytoHubba、GlueGO寻找hub基因和做富集分析

工具网络数据库布局插件

当前页面的提示，Cytoscape依赖于Java12，安装的时候会自动安装，如果没有安装成功，需要点击here，下载Java安装。下面是下载安装包后点安装包的提示，没有安装JAVA，就必须点击download下载。

2024-06-25

5420

一行代码即可下载TGCA数据库的数据

数据数据库函数基础开发

但是TCGA数据库这2年就更新了两次，有些以前的教程可能就不在适用，我也写了一篇文章来介绍了最新版的内容：2024年TCGA数据库改版后的数据下载问题，为了下载数据方便，以及我后续分析数据方便，我正在把以前的代码渐渐封装成一个R包，让一些常规分析变得更加方便快捷，这个R包在慢慢的开发中，包的内容比较杂，没有一个好的名字，我就用我公众号ID（MedBioInfoCloud)作为包名:

2024-06-13

2100

一行代码将PDB文件的几条链分割为多个PDB文件

null path pdb 函数数据库

如果是PDB数据库的蛋白，只需要PDB蛋白的id，然后通过get.pdb函数获取即可。

2024-01-15

2130

RNAseq数据分析中count、FPKM和TPM之间的转换

数据库数据分析 count 函数数据

现在常用的基因定量方法包括：RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是：通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示，以便于后续差异分析。

2023-12-14

13.3K0

pRRophetic：从肿瘤基因表达水平预测临床化疗反应

数据库数据分析教程可视化数据

oncoPredict：一个用于预测体内或癌症患者药物反应和细胞系筛查数据的生物标志物的R包

2023-09-06

1.1K0

oncoPredict：一个用于预测体内或癌症患者药物反应和细胞系筛查数据的生物标志物的R包

数据库数据处理函数数据芯片

Cancer Therapeutics Response Portal (CTRP)

2023-09-06

1.9K0

19-等位基因突变的肿瘤异质性（mutant-allele tumor heterogeneity，MATH）分数计算

sql 数据库数据分析硬件开发

生物信息数据分析教程视频——13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

2023-02-27

4220

18-肿瘤突变负荷（TMB）的计算

sql 数据库数据分析硬件开发

生物信息数据分析教程视频——13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

2023-02-27

6550

生信数据库 | 最新的刚刚发布的癌症单细胞分析数据库

https 网络安全数据处理数据库 sql

单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的发展大大促进了对肿瘤微环境（TME）的破译。大量独立的scRNA-seq研究已经发表，代表了一种宝贵的资源，为Meta分析研究提供了机会。然而，大量的生物信息、研究之间明显的异质性和变异性，以及处理异质数据集的技术挑战为充分开发scRNA-seq数据带来了重大瓶颈。作者开发了IMMUcan scDB（https://immucanscdb.vital-it.ch），这是一个完全集成的scRNA-seq数据库，专门用于人类癌症，非专业人士也可使用。IMMUcan scDB包含了56种不同癌症类型的144个数据集，在50个领域进行了注释，包含精确的临床、技术和生物学信息。开发了一个数据处理管道，并分四个步骤组织。(i) 数据收集；(ii) 数据处理（质量控制和样本整合）；(iii) 用TME的细胞本体分类器进行监督细胞注释；(iv) 以特定癌症类型或全球方式分析TME的接口。这个框架被用来以基因为中心（CXCL13）和以细胞为中心（B细胞）的方式探索不同肿瘤位置的数据集，以及进行元分析研究，如对免疫细胞类型和与恶性肿瘤转化相关的基因进行排序。这种综合的、可自由访问的、用户友好的资源代表了一种前所未有的详细注释水平，为下游利用人类癌症scRNA-seq数据进行发现和验证研究提供了巨大的可能性。

2023-02-27

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TISMO：建立肿瘤免疫和免疫治疗反应模型的同基因小鼠肿瘤数据库

针对共同抑制途径的免疫治疗已经显示出显著的临床成功，但仅在癌症患者的亚群中显示出EF-敏感（1）。免疫检查点阻断(ICB)治疗异质性反应的潜在机制尚不清楚。肿瘤患者的临床症状准确地反映了肿瘤微环境(TME)，但难以获得和控制实验。完全重述癌细胞复杂性及其与免疫系统相互作用的临床前模型对于研究ICB的潜在耐药机制至关重要（2）。目前用于癌症研究的体外系统，如传统的二维细胞培养或三维有机体，都是用来模拟TME的复杂性的。相反，将同基因肿瘤移植到免疫活性小鼠体内是容易获得的，并为癌症免疫学研究提供了可复制的结果。同基因小鼠模型已广泛应用于肿瘤免疫学研究，并产生了大量不同免疫治疗下的肿瘤表达谱（3,4).

2022-12-16

9520

Biopython | 介绍和安装

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Biopython是Python的最大，最受欢迎的生物信息学软件包。它包含许多用于常规生物信息学任务的不同子模块。它由Chapman和Chang开发，主要使用Python编写。它还包含C代码，以优化软件的复杂计算部分。它可以在Windows，Linux，Mac OS X等操作系统上运行。

2022-12-16

1.2K0

单细胞专题 | 9.如何人工注释单细胞类群？

数据分析数据库 sql 腾讯云开发者社区

单细胞专题 | 1.单细胞测序（10×genomics技术）的原理单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入单细胞专题 | 7.单细胞下游分析——常规分析流程案例一单细胞专题 | 8.单细胞类型注释之SingleR包详解

2022-12-16

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单细胞专题 | 8.单细胞类型注释之SingleR包详解

数据分析数据库 sql

单细胞专题 | 1.单细胞测序（10×genomics技术）的原理单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入单细胞专题 | 7.单细胞下游分析——常规分析流程案例一

2022-12-16

7.4K0

生物信息数据分析教程视频——17-多种算法评估肿瘤免疫细胞浸润水平

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生物信息数据分析教程视频——13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

2022-12-16

1.3K0

生物信息数据分析教程视频——16-单样本基因集富集分析(ssGSEA)用于肿瘤相关免疫细胞浸润水平评估

sql 数据库数据分析硬件开发

生物信息数据分析教程视频——13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

2022-12-16

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生物信息数据分析教程视频——15-clusterProfiler包+ClueGO做富集分析

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生物信息数据分析教程视频——10-TCGA数据库:mi NA的表达探索

2022-12-16

1.9K0

生物信息数据分析教程视频——14-芯片数据的表达差异分析

视频地址：http://mpvideo.qpic.cn/0bc33iaakaaag4amkcjtmzrvbwwdaxnaabia.f10002.mp4? 参考文章：生信入门第3课 | 了解基因芯片

2022-12-15

3700

生物信息数据分析教程视频——13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

腾讯云开发者社区数据库 sql

📷 视频地址：http://mpvideo.qpic.cn/0bc3zeaakaaalqalwhjtmzrvbsodaxeqabia.f10002.mp4? 参考文章：超详细的DESeq2和edg

2022-12-15

1.2K0

生物信息数据分析教程视频——08-TCGA+GTEx数据库的数据整理

视频地址：http://mpvideo.qpic.cn/0b2efmaamaaaryalyzztmvrvak6dayvqabqa.f10002.mp4? 参考文章： UCSC数据库下载TCGA数据需要

2022-12-15

9681

CysModDB：半胱氨酸翻译后修饰分析平台

半胱氨酸（Cys）上的硫醇基团可以经历多种翻译后修饰（PTM），作为分子开关维持氧化还原稳态并调节一系列生物活性，包括改变酶促反应、蛋白质-蛋白质相互作用和蛋白质稳定性。

2022-11-24

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