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生物信息云

旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧

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生物信息数据分析教程视频——17-多种算法评估肿瘤免疫细胞浸润水平

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生物信息数据分析教程视频——13-3种R包(DESeq2、edgeR和limma)进行RNAseq的差异表达分析与比较

2022-12-16

1.2K0

对差异表达基因执行转录因子富集分析

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我们获得的差异基因【学习：一文就会TCGA数据库基因表达差异分析，GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析，TCGA数据库：GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析】，下游除了富集分析【学习：clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析；FunRich数据库：一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具】等以外，如果我们想找到参与调控这些差异基因的转录因子，作为研究的上游机制，是一个思路。而很多转录因子预测的数据库是基于转录因子的Chip-seq的数据来进行构建的，这样的结果能说明某一个转录因子结合某一段序列，但是结合并不一定说明可能影响这个基因的表达，所以最好做一个这个转录因子导入/导出的表达数据来说明对于基因表达的影响。

2022-01-19

3.1K0

教你如何预测参与调节差异基因的转录因子

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KnockTF（http://www.licpathway.net/KnockTF/search.php）数据库就是基于这个目的构建的数据库。关于这个数据库，我在很久前的文章【这个网站提供了多种数据分析工具——增强子，非编码RNA转录信息等】中有提到，这个数据库收录了目前公共数据库当中敲减该转录因子后做的表达谱（芯片、二代测序）的数据，进而来反映这个转录因子变化后对于基因表达的影响。KnockTF不仅提供了感兴趣的TFs靶基因的全面基因表达信息，还收集了TFs上游通路信息以及下游靶基因的各种功能注释和分析结果，包括GSEA、GO富集、KEGG通路富集、层次聚类分析和差异表达分析。KnockTF进一步提供了有关TFs与启动子、超级增强子和靶基因典型增强子结合的详细信息。构建TF差异表达基因网络，对感兴趣的基因集进行网络分析，如子网络定位、拓扑分析和超几何富集。KnockTF将有助于阐明TF相关功能并挖掘潜在的生物学效应。

2021-03-16

2.4K0

分子对接教程 | (1) 软件安装准备

AutoDock 网站下载地址:http://autodock.scripps.edu/

2021-02-26

3.5K0

转录组分析 | 使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引

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转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor

2020-09-23

19.2K0

生物医学领域科研工作者的软件和工具清单-3.0版本

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微软的Office和金山的WPS，大家不陌生，应该都有。WPS免费，Office需要破解，这里提供破解版下载地址：

2020-07-03

2.9K0

生信人的R语言视频教程-语法篇-第十一章：R中的网络爬虫

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用任何语言做爬虫必须要了解的就是网页语法，网页语言无非就是HTML，XML，JSON等，因为正是通过这些我们才能在网页中提取数据，过多的就不再描述，大家可以自行参考大量的资料，大多数语法都是树形结构，所以只要理解了，找到需要数据的位置并不是很难。用R语言制作爬虫无非就是三个主要的包。XML,RCurl,rvest，这三个包都有不同的主要函数，是R语言最牛的网络爬虫包。

2020-06-10

1.5K0

生信人的R语言视频教程-语法篇-第二章：与R语言的第一次约会(R语言安装和下载)

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下载地址为：https://cran.r-project.org 进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载链接，分别对应三种操作系统：Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接。

2020-04-21

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48个实用的生信在线工具强烈推荐，不看是你的损失！

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在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点，轻松实现“用别人的服务器分析自己的数据”。

2020-02-25

4.7K0

这个网站提供了多种数据分析工具——增强子，非编码RNA转录信息等

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该工具由哈尔滨大学开发的，该团队通过结合系统生物学、计算生物学和生物信息学方法来分析与疾病相关的途径。对疾病代谢途径的识别、药物相关途径的分析和患者生存预测。在高通量转录组学、基因组学和代谢组学、计算代谢网络分析和分子生物学方法方面，采用独特的生物信息学方法组合。下面是他们开发的6个工具：

2019-12-13

1.7K0

不会编程的同学看过来：新的GEO数据在线分析工具——BART

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本地版:https://bitbucket.org/Luisa_amaral/bart

2019-12-13

6.2K0

蛋白质互作数据库汇总

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Licata L, Briganti L, Peluso D, et al. MINT, the molecular interaction database: 2012 update[J]. Nucleic acids research, 2011, 40(D1): D857-D861.

2019-12-13

1.6K0

PCR中的引物设计

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Nucleotide数据库的搜索结果还是比较智能的，搜索结果前面推荐的就是我们的要的，我们做基因检测，做的PCR是定量PCR，设计引物是以基因的转录本为模板设计的，所以我们点击RefSeq transcripts。

2019-08-20

2.4K0

基础科研不得不了解的实用数据库！

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这么长时间以来，我们推荐过的数据库差不多有好几十个，今天把最常用的一些的实用数据库汇总整理了一下：

2019-08-06

3.2K0

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