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生信修炼手册

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《实用医学统计学与SAS应用》学习笔记 | 绪论
统计学的概念:统计学是一门处理数据中变异性的科学与艺术,内容包括收集,整理,分析,解释和表达数据,以获得可靠的结果。
生信修炼手册
2023-03-09
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校准曲线的绘制的小技巧
在之前关于列线图的文章中,我们介绍了利用列线图来可视化预后模型,同时也提到了模型性能的几种评估方式,校准度以及校准曲线就是其中一种方式。
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2022-11-25
8720
3.5小时完成20万分子对接!一键定位分子库+全流程自动化
LeDock是苏黎世大学Zhao HongTao在博士期间开发的一款分子对接软件,专为快速准确地将小分子灵活对接到蛋白质而设计。
生信修炼手册
2022-11-25
1.3K0
如何绘制一幅优雅的列线图
列线图在预后建模的相关文章中随处可见,除了传统的只有坐标轴的列线图,还包括下列这种展示信息更加丰富的列线图
生信修炼手册
2022-11-25
7810
手把手教你绘制最基础的列线图
在之前的文章中,我们介绍了列线图的含义和构建方法,本文重点介绍下绘制列线图的代码,经典的列线图如下所示
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2022-06-09
1.5K0
文献阅读|Nomograms列线图在肿瘤中的应用
列线图,也叫诺莫图,在肿瘤研究的文章中随处可见,只要是涉及预后建模的文章,展示模型效果除了ROC曲线,也就是列线图了。那么列线图究竟是什么,列线图怎么得到,从图中我们可以得到哪些信息,带着这些问题,我们来阅读下面的这篇文献,地址如下
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2022-06-09
1.9K0
绘制cox生存分析结果的森林图
每一行表示一个study,用errorbar展示log odds ratio值的分布,并将p值和m值标记在图中。森林图主要用于多个study的分析结果的汇总展示。
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2022-06-09
1.8K0
组间差异分析就要这样可视化!
在之前的文章中,我们分享了多个基因差异分析的可视化,使用的是ggpubr这个R包,ggpubr在标记p值时,可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线,非常方便,但是无法指定添加的p值的位置,在某些时候会缺乏灵活性,今天要介绍的是另外一个R包ggsignif,其帮助手册链接如下
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2022-06-09
3990
冲击图和桑基图,傻傻分不清楚!
在之前的文章中,我们介绍了桑基图的可视化原理,而冲击图作为桑基图的一个子类,其展示的信息和桑基图基本一致,只不过在输入数据的格式上要略作调整。
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2022-06-09
1.2K0
多组差异分析的可视化,这样做最省心!
下图是来自文献中的一个示例图,展示了不同亚型之间risk score值的差异分析结果
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2022-06-09
8520
一键获取graphpad同款主题
graphpad是一款商业化的绘图软件,支持多种可视化形式,而且样式美观,下图就是其典型的输出
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2022-06-09
3880
好看的桑基图是如何炼成的!
Sankey Diagram, 也叫做桑基图,是一种展示数据流的可视化方式,一张典型的桑基图示例如下
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2022-06-09
1.3K0
预后建模绕不开的lasso cox回归
回归我们并不陌生,线性回归和最小二乘法,逻辑回归和最大似然法,这些都是我们耳熟能详的事物,在生物信息学中的应用也比较广泛, 回归中经常出现两类问题,欠拟合和过拟合。
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2022-06-09
2.1K0
ConsensusClusterPlus, 一步到位的一致性聚类!
在之前的文章中分享了一致性聚类的原理,本文介绍下如何用R语言进行分析。ConsensusClusterPlus这个R包,就是专门用于一致性聚类分析的,为了简化调用,甚至将所有的步骤都封装到了一个函数里面,所以其使用方法非常的简单,一共三步
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2022-06-09
5K0
巧用热图展示基因分布的总体趋势
热图是最常见的基因表达量数据的可视化方式,将每个单元格的表达量按照数值高低映射为不同的颜色,可以直观展示表达量在不同样本间的分布,再综合聚类的结果和基因/样本的注释信息,进一步丰富了展示的信息,一个经典的热图如下
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2022-06-09
1.1K0
使用sva包处理批次效应
需要注意的是,在校正批次效应之前,表达量数据必须经过归一化操作,而且去除了缺失的基因,比如在80%的样本中没有表达量的基因。
生信修炼手册
2022-06-09
1.9K0
batch effect究竟是什么?
在数据分析中,经常会看到进行batch effect校正的分析,那么batch effect到底是什么,在我们自己的数据中存不存在batch effect, 在做哪些分析之前需要需要进行batch effect的校正,带着这些问题,我们来看下发表在natrure reviews上的一篇描述batch effect的文献,链接如下
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2022-06-09
4810
整理NAD+代谢相关基因
来自KEGG和Reactome两个数据库,本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法
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2022-04-20
4620
手把手教你处理illumina beadchip芯片数据
在NAD+代谢相关的文献中,使用了两批illumina beadchip的芯片数据进行分析,本文以其中一篇数据为例,详细展示该平台的数据处理流程。
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2022-04-18
1.2K0
cel格式的表达谱芯片数据如何读取?
后缀为cel的芯片文件,对应的芯片平台为Affymetrix, 针对这一平台的数据,可以通过R包affy来读取,读取时我们需要以下两种文件
生信修炼手册
2022-04-18
4.3K0
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