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生信修炼手册

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181
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好看的桑基图是如何炼成的!
Sankey Diagram, 也叫做桑基图,是一种展示数据流的可视化方式,一张典型的桑基图示例如下
生信修炼手册
2022-06-09
1.4K0
动态网页常用的两种数据加载方式ajax和js动态请求
对于静态网页,我们只需要访问对应的URL就可以获得全部的数据了,动态网页则没有这么简单。比如以下网站
生信修炼手册
2020-11-02
4.5K0
numpy中数组的遍历技巧
在numpy中,当需要循环处理数组中的元素时,能用内置通函数实现的肯定首选通函数,只有当没有可用的通函数的情况下,再来手动进行遍历,遍历的方法有以下几种
生信修炼手册
2020-06-17
11.9K0
python中的生成器和迭代器
然而迭代却不仅仅是for循环那么简单,在python中,迭代可以称得上最强大的功能之一。首先来看下迭代器的概念, 迭代器本质是一个对象,用于遍历元素,从元素的第一个位置开始,遍历到最后一个位置,通过iter方法可以将普通的sequence对象转换为迭代器,用法如下
生信修炼手册
2020-05-28
8020
GATK4基本概念整理
GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写,是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件,是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据,随着不断发展,现在也可以用于其他的物种,还支持CNV和SV变异信息的检测。在官网上,提供了完整的分析流程,叫做GATK Best Practices。
生信修炼手册
2020-05-11
9810
HLA-VBSeq:对全基因组数据进行HLA分型
HLA-VBseq 利用全基因组测序的数据,可以提供8位的HLA分型结果,其文献链接如下
生信修炼手册
2020-05-11
1.2K0
GATK官方推荐的workflow语言-WDL
在GATK4的best practice中,不再像以前那样给出每个步骤对应的代码,而是直接给出了官方使用的pipeline。这些pipeline采用WDL进行编写。
生信修炼手册
2020-05-10
1.5K0
snpEff : 突变位点注释的又一利器
之前的文章中介绍了annovar软件的使用,除了annovar以外,snpEff 也是常用的一款突变位点注释工具。
生信修炼手册
2020-05-10
2.6K0
PathVisio : wiki pathway 通路图可视化工具
PathVisio 是一款免费开源的pathway 可视化工具,通过这个软件我们不仅可以创建并编辑通路图,甚至还可以进行富集分析。
生信修炼手册
2020-05-09
1.3K0
MSigDB:GSEA提供的基因集数据库
Gene Set Enrichment Analysis,中文名称为基因集富集分析,是由Broad Institute研究所的科学家提出的一种富集方法,在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb。本章主要介绍这个数据库,官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
2.6K0
3CDB:基于3C技术的染色质互作信息数据库
3CDB是一个染色质空间互作的数据库,根据特定的关键词从pubmed数据库中进行文献检索,查找基于3C技术研究染色质互作的文献,并从中提取染色质互作信息,对应的文章链接如下
生信修炼手册
2019-12-19
6310
Juicer软件的安装详解
软件安装是生物信息实战中最基础的技能之一,只有确保软件安装无误,后续使用起来才会得心应手,不会有很多的bug。juicer软件提供了Hi-C数据一键化分析的pipeline, 这样高度的封装使得用户操作起来更加简便,当然分析能力强大的同时其依赖的软件就会越多,安装过程的复杂程度也会有所提高,本文主要记录下该软件的安装过程,可以分为以下几个步骤
生信修炼手册
2019-12-19
4.6K0
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