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dbSNP数据库简介
数据库
sql
go
对于每一个提交到dbSNP数据库的SNP位点, 首先会赋予一个唯一的ss ID。 由于不同研究结构提交的SNP会存在冗余，提取SNP位点上下游区域的序列，比对参考基因组，如果多个ss ID 比对上相同的位置，说明这几个SNP位点是冗余的，会赋予一个新的reference SNP ID, 以rs开头。
生信修炼手册
2020-05-11
6K
0
ChAMP分析甲基化芯片数据-GSEA篇
go
data
frame
list
当我们得到差异的探针或者差异的甲基化区域之后，通常都会分析这些差异区域对应的基因是否在特定功能上有富集。在ChAMP中，通过champ.GSEA函数来实现功能富集分析。
生信修炼手册
2020-05-10
1.3K
0
clinvar数据库简介
数据库
sql
ftp
go
clinvar 和 OMIM 数据库类似，都是存储了人类变异位点和表型之间的关系。网址如下：
生信修炼手册
2020-05-09
2.5K
0
初识DNA甲基化芯片
硬件开发
https
go
网络安全
DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记，能够调控基因的表达，在生长发育和疾病相关研究领域都有着重要意义。测定甲基化的手段有很多，芯片作为一种成熟的手段，其稳定性，可重复性以及性价比，使得在DNA甲基化研究领域芯片占据了半壁江山。
生信修炼手册
2020-05-09
1.3K
0
miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析
go
数据库
sql
对于mRNA数据，我们经常通过GO和KEGG富集分析来进行功能分析，对于miRNA数据而言，我们可以通过miRNA对应的mRNA来研究miRNA相关功能。 miRpath是一个在线网站，集成了miRNA靶基因数据库, 只需要输入感兴趣的miRNA Id, 就可以从靶基因数据库中获取miRNA对应的靶基因，然后进行GO和KEGG富集分析，网址如下
生信修炼手册
2020-05-08
3.9K
2
转录组中的基因表达模式聚类分析
go
data
expression
file
profile
实验设计对于转录组数据的分析是非常重要的，对于常规的case/control实验设计，通过两组间的差异检验就可以得到不同条件下的差异基因；对于多组的实验设计，可以每两组之间进行差异分析，也可以通过annova的检验，得到差异基因。
生信修炼手册
2020-05-08
2.1K
0
MSigDB:GSEA提供的基因集数据库
数据库
sql
go
数据分析
java
Gene Set Enrichment Analysis，中文名称为基因集富集分析，是由Broad Institute研究所的科学家提出的一种富集方法，在提出该方法的同时还对应提供了分析的软件GSEA和一个基因集数据库MSigdb。本章主要介绍这个数据库，官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
2.6K
0
使用clusterProfiler进行GO富集分析
go
clusterProfiler是一个功能强大的R包，同时支持GO和KEGG的富集分析，而且可视化功能非常的优秀，本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。
生信修炼手册
2020-05-08
3.8K
0
详解GO的层级关系在富集分析中的应用
go
编程算法
对于Gene ontology 而言，目前共有2万多个Go trems。 做完富集分析后，我们可能会得到几百甚至几千个富集到的GO terms, 这样的一个数据量对于人工一个个检索而言，仍然是一个艰巨的任务。为了有效的利用GO富集分析的结果，我们势必需要对结果再次进行过滤。
生信修炼手册
2020-05-08
2.3K
0
使用topGO进行GO富集分析
go
网络安全
topGO是一个专门用于做GO富集分析的R包，它默认从GO.db中读取GO的分类和结构信息，结合富集分析的结果，它可以画出如下所示的GO有向无环图
生信修炼手册
2020-05-08
2.7K
0
详解如何获取物种所有基因对应的GO注释
go
数据库
sql
ftp
Gene Ontology是研究基因功能的重要数据库之一，在进行GO的富集分析时，需要提供所有基因对应的GO注释信息，本文介绍几种获取该信息的方式。
生信修炼手册
2020-05-08
8.3K
0
GO.db:存储Gene Ontology信息的R包
sql
go
存储
数据库
在生信分析领域，R语言由于其简单易用的特点和良好的生态环境，占用重要的一席之地。其中，Bioconductor作为生信分析专用的R语言社区，提供了许多的R包。
生信修炼手册
2020-05-08
1.7K
0
揭秘差异基因功能富集分析
数据库
sql
go
通过差异分析，我们可以知道不同分组间是否存在差异，存在差异的是哪些基因。再进一步，需要探究这些基因的表达量出现差异是由哪些生物学过程介导的，我们的实验处理影响了哪些生物学过程。
生信修炼手册
2020-05-08
1.2K
0
COG:直系同源蛋白数据库
go
网络安全
为了研究不同物种间保守的蛋白功能，进一步揭示其进化关系，1997年的时候科学家选取了七个完整基因组的蛋白序列，根据序列和功能相似性，将这些蛋白进行了分类。这个分类叫做cluster of orthologous group，简称COG。每个COG是一组同源蛋白的集合，具有相同的生物学功能。 官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
2.6K
1
GOA:Gene Ontology注释信息数据库
go
数据库
sql
ftp
GOA全称Gene Ontology Annotation, 是EMBL-EBI构建的一个GO注释信息的数据库。官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
948
0
quickGO:在线查询GO和GO注释信息的网站
go
网站
quickGO是EMBL-EBI发布的网站，通过该网站，可以快速的查询Go Terms和Go注释相关信息，官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
2.5K
0
AmiGO2:在线浏览和查询GO信息的利器
go
数据库
sql
GO数据库的信息是非常庞大的，为了有效的检索和浏览GO数据库的信息，官方提供了AmiGO, 可以方便的浏览，查询和下载对应信息，官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
2.7K
0
Gene Ontology-基因产物功能数据库
http
go
编程算法
Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论，采用GO terms描述基因产物的功能， 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下
生信修炼手册
2020-05-08
1.2K
0
webgestalt:基因富集分析的在线工具
数据库
sql
go
编程算法
数据分析
在组学数据分析中，基因富集分析是最常用的方法之一，所有的基因数据分析最终都要落实到功能上去，富集分析作为一种最基础的功能研究方法，通过go, kegg pathway等不同的基因功能注释数据库，再结合对应的富集分析算法，可以探究输入的基因富集在哪些功能上。
生信修炼手册
2019-12-19
3.8K
0
使用kmplot在线进行生存分析
https
网络安全
go
数据库
sql
kmplot是一个生存分析的在线工具，最初是设计用来对肝癌中的miRNA进行生存分析，对应的文章发表在scientific reports上，链接如下
生信修炼手册
2019-12-19
2.2K
0
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