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整理NAD+代谢相关基因
数据库
sql
https
http
网络安全
来自KEGG和Reactome两个数据库，本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法
生信修炼手册
2022-04-20
515
0
原始数据不仅有GEO, 还有ArrayExpress！
硬件开发
https
网络安全
数据库
sql
和GEO数据库类似，ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库，用于存放芯片和高通量测序的相关数据，网址如下
生信修炼手册
2022-04-18
966
0
公共数据库挖掘第一步-GEO数据库下载表达谱数据和生存数据
硬件开发
数据库
sql
在NAD+代谢相关基因的文章中，针对来自GEO数据库的ALS患者的表达谱数据进行了挖掘，本文就以这两批GEO数据为例，来详细展示原始数据的下载过程
生信修炼手册
2022-04-18
1.4K
0
使用biopython解析kegg数据库
api
python
数据库
sql
KEGG数据库称之为基因组百科全书，是一个包含gene, pathway等多个子数据库的综合性数据库。为了更好的查询kegg数据，官方提供了对应的API。
生信修炼手册
2021-01-25
1.4K
0
使用biopython查询NCBI数据库
数据库
sql
python
数据分析
NCBI网站是最常用的生物信息数据库之一，集成了pubmed,genebank等子数据库。最简便的用法当然是直接在网站上检索，为了方便检索，NCBI提供了自己的检索系统，称之为Entrez。
生信修炼手册
2021-01-11
1.2K
0
序列比对在biopython中的处理
数据库
sql
python
序列比对是生物信息学分析中的常见任务，包含局部比对和全局比对两大算法，局部比对最经典的代表是blast, 全局比对则用于多序列比对。在biopython中，支持对序列比对的结果进行读写，解析，以及运行序列比对的程序。
生信修炼手册
2021-01-11
2.6K
0
biopython简介
数据库
sql
biopython和bioperl, biojava项目类似，都是Open Bioinformatics Foundation组织的项目之一，旨在提供一个编程接口，方便生物信息数据的处理。OBF的成员项目部分如下
生信修炼手册
2021-01-11
902
0
python爬虫开发的学习路径
数据分析
数据库
sql
python
网络爬虫是一个从网站上自动下载数据，并进行格式化整理的计算机程序，近几年网络爬虫工程师这一职位，也是相当多火热。python作为一个全能型选手，进行爬虫开发也是不在话下。
生信修炼手册
2020-11-02
347
0
pandas合并和连接多个数据框
jquery
数据库
sql
pandas作为数据分析的利器，提供了数据读取，数据清洗，数据整形等一系列功能。当需要对多个数据集合并处理时，我们就需要对多个数据框进行连接操作，在pandas中，提供了以下多种实现方式
生信修炼手册
2020-07-02
1.8K
0
python海量数据快速查询的技巧
文件存储
python
数据库
sql
在实际工作中，经常会遇到查询的任务，比如根据某些rs号，检索dbsnp数据库，提取这些snp位点的信息，对于这样的任务，最基本的操作方法是将数据库的内容存为字典，然后检索特定的key即可。
生信修炼手册
2020-05-28
1.2K
0
MethHC: 整合了癌症相关的甲基化与基因表达谱数据的数据库
数据库
sql
在MethHC数据库中，提供了18种癌症相关的DNA甲基化，microRNA表达谱和基因表达谱的数据，这里的数据来源于TCGA数据库。同时采用线性回归的方法计算甲基化和表达谱数据之间的关联。
生信修炼手册
2020-05-11
978
0
MethyCancer : 癌症相关的甲基化基因数据库
数据库
sql
癌症作为人类健康的头号杀手，引起了科研工作者的官方关注。鉴于DNA甲基化修饰在肿瘤中的重要作用， MethyCancer数据库整合了DNA甲基化数据和基因表达谱数据，将癌症与相关的基因联系起来，
生信修炼手册
2020-05-11
412
0
dbSNP数据库简介
数据库
sql
go
对于每一个提交到dbSNP数据库的SNP位点, 首先会赋予一个唯一的ss ID。 由于不同研究结构提交的SNP会存在冗余，提取SNP位点上下游区域的序列，比对参考基因组，如果多个ss ID 比对上相同的位置，说明这几个SNP位点是冗余的，会赋予一个新的reference SNP ID, 以rs开头。
生信修炼手册
2020-05-11
6K
0
HapMap-人类基因组单倍型图谱
ftp
数据库
sql
在2001年的时候，HapMap联盟发起了HapMap 计划，旨在构建人类基因组的单倍体图谱，由多个国家和组织的科研人员合作完成。通过对1000多个来自不同地区的人群进行分析，得到数量巨大的变异位点和基因型信息，这些信息对全世界免费公开。
生信修炼手册
2020-05-11
1.4K
0
1000 Genome Project
ftp
编程算法
数据库
sql
1000 Genome Project 的目标是发现在人群中频率大于1%的变异位点，对来自不同人群的大量样本进行测序，识别到了许多的变异位点，为人类遗传变异的研究提供了一个综合的资源。
生信修炼手册
2020-05-11
1.3K
0
ESP数据库简介
数据库
sql
ESP 全称是NHLBI Exome Sequencing Project, 是由多个大学和研究结构合作开展的一个大型的外显子测序项目，主要目的是通过NGS技术对不同人群进行SNP分型，来辅助心脏，肺，血液相关疾病的研究。
生信修炼手册
2020-05-11
1.4K
0
OMIM数据库简介
数据库
sql
https
网络安全
OMIM 全称叫做Online Mendelian Inheritance in Man， 是一个不断更新的人类孟德尔遗传病的数据库。这个数据库主要关注人类基因变异和表型性状之间的关系。
生信修炼手册
2020-05-11
1.7K
0
HGMD数据库简介
数据库
sql
HGMD，全称Human Gene Mutation Database, 存储了人类疾病相关的突变信息，由于其全面性，在突变研究领域，有广泛应用。
生信修炼手册
2020-05-11
2.1K
0
ANNOVAR region-based annotation-上篇
数据库
sql
通过gene-based annotation 可以得到变异位点与基因之间的关系，除了与基因的关系之外，变异位点在基因组上某些特征区域的分布（比如转录因子结合区域，启动子区，增强子区等）更引人关注，这一功能通过region-based annotation 来实现。
生信修炼手册
2020-05-11
1.4K
0
通过Eigen score衡量变异位点的功能重要性
erp
数据库
sql
变异位点的注释是突变分析中最重要的一项分析内容，在过去的十几年中，各个组织和团队开发了大量的软件和数据库，对变异位点进行注释。现阶段对于变异位点的注释而言，最大的挑战之一就是相关的软件和数据库太多了。不同软件有着不同的标准和阈值，在实际筛选时，往往无从下手。
生信修炼手册
2020-05-11
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