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生信修炼手册

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181
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好看的桑基图是如何炼成的!
Sankey Diagram, 也叫做桑基图,是一种展示数据流的可视化方式,一张典型的桑基图示例如下
生信修炼手册
2022-06-09
1.4K0
整理NAD+代谢相关基因
来自KEGG和Reactome两个数据库,本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法
生信修炼手册
2022-04-20
4890
手把手教你处理illumina beadchip芯片数据
在NAD+代谢相关的文献中,使用了两批illumina beadchip的芯片数据进行分析,本文以其中一篇数据为例,详细展示该平台的数据处理流程。
生信修炼手册
2022-04-18
1.2K0
教你分析后缀为gpr的芯片数据
分析芯片数据,我们首先需要确定芯片平台。不同的芯片平台技术不同,既有单通道,也有双通道,而且输出文件的格式也不同。
生信修炼手册
2022-04-18
6070
原始数据不仅有GEO, 还有ArrayExpress!
和GEO数据库类似,ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库,用于存放芯片和高通量测序的相关数据,网址如下
生信修炼手册
2022-04-18
9350
解密conda channels
channels是conda下载包的镜像网站,通过如下命令可以查看已有的channels
生信修炼手册
2020-12-11
1.4K0
conda:基于python的软件管理系统
python语言在发展的过程中,经历了python2到python3的迁移,对应的包也出现了多个版本。如何在一台服务器上同时安装不同版本的python,不同版本的package, 而且不互相干扰,是一个令人头痛的问题。
生信修炼手册
2020-12-11
9330
GATK4基本概念整理
GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写,是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件,是目前最主流的snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据,随着不断发展,现在也可以用于其他的物种,还支持CNV和SV变异信息的检测。在官网上,提供了完整的分析流程,叫做GATK Best Practices。
生信修炼手册
2020-05-11
9810
OMIM数据库简介
OMIM 全称叫做Online Mendelian Inheritance in Man, 是一个不断更新的人类孟德尔遗传病的数据库。这个数据库主要关注人类基因变异和表型性状之间的关系。
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2020-05-11
1.6K0
IMGT/HLA数据库简介
数据库中主要收录了HLA I 型和II 型基因的Allel信息,此外,还包含了一些非HLA基因的Allel
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2020-05-11
1.8K0
HLA Dictionary-Allel和抗原之间的对应关系
HLA Dictionary , 中文名叫做HLA 字典,记录了HLA-A, -B, -C, -DRB1/3/4/5 和 -DQB1 等HLA基因的不同Allel 对应的血清学分析鉴定的抗原。
生信修炼手册
2020-05-11
4900
bismark对参考基因组建立索引
分析DNA甲基化的手段有很多,除了甲基化芯片外,还有WGBS和RRBS等实验与高通量测序相结合的手段,不管是哪种策略,都需要对DNA进行亚硫酸氢盐处理。
生信修炼手册
2020-05-10
1.3K0
COSMIC数据库简介
癌症相关的体细胞位点,是整个网站的核心,收录了来自不同研究机构和数据库的体细胞突变数据,并提供了方便的浏览,检索,下载功能。
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2020-05-10
3.6K0
外显子测序简介
外显子测序,也叫做外显子捕获测序。首先利用序列捕获技术将外显子区域的DNA捕获并富集,然后进行高通量测序。外显子测序主用用来分析基因组上的变异位点,包括SNP和INDEL。
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2020-05-09
1.1K0
minfi 分析甲基化芯片数据-数据导入篇
如果要用这个包进行分析,首先需要在R中将我们的芯片数据读取进来,就是常说的import data。对于minfi 来说,其设计思路是通过读取SampleSheet.csv 文件,在事先约定好的目录结构中查找所有样本的原始数据,来自动化的读取所有样本的信息。
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2020-05-09
1.3K1
初识DNA甲基化芯片
DNA 甲基化作为重要的表观遗传学的标记,能够调控基因的表达,在生长发育和疾病相关研究领域都有着重要意义。测定甲基化的手段有很多,芯片作为一种成熟的手段,其稳定性,可重复性以及性价比,使得在DNA甲基化研究领域芯片占据了半壁江山。
生信修炼手册
2020-05-09
1.3K0
PathVisio : wiki pathway 通路图可视化工具
PathVisio 是一款免费开源的pathway 可视化工具,通过这个软件我们不仅可以创建并编辑通路图,甚至还可以进行富集分析。
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2020-05-09
1.3K0
wikipathway : 代谢通路专用数据库
为了预防和治疗疾病,理解细胞活动至关重要。细胞活动通常是一系列蛋白质和代谢物质的动态变化过程,叫做pathway。我们常用的pathway 数据库就是KEGG pathway,除了KEGG pathway 之外,还有很多的pathway 数据库可以使用。
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2020-05-09
1.5K0
RNAcentral:非编码RNA数据库
RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库,整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息,旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照,网址如下
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2020-05-08
1.2K0
DARNED:RNA编辑位点数据库
DARNED数据库收录了human等多个物种的RNA编辑位点信息,除了最常见的A->I类型的RNA编辑外,还收录了部分C->U的RNA编辑位点,网址如下
生信修炼手册
2020-05-08
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