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文章/答案/技术大牛

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图形化开放式生信分析系统开发

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开箱即用版本满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV

相关代码和workflow文件可以访问笔者github项目地址或这gitee项目地址

SliverWorkspace

2023-10-07

7870

UbuntuDDE 23.04发布，体验DeepinV23的一个新选择

因为前几天刚用虚拟机安装过，所以麻溜的从网站下载了ISO文件，安装上看看。本来没多想，就是猎奇，直到我看到了这个。。。。

SliverWorkspace

2023-08-23

3620

GATK Germline_SNP_INDEL_2.0 分析遗传病（耳聋）

容器镜像服务生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-12-12

7220

使用宏基因组的方法快速鉴定新冠病毒SARS-CoV2

容器镜像服务 html ssh 生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-12-07

1.3K0

新冠病毒分型和突变分析（SARS-CoV2_ARTIC_Nanopore）

容器镜像服务网络安全 ssh 生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-11-30

8420

新冠病毒分型和突变分析（SARS-CoV2_ARTIC_Illumina）

容器镜像服务生物基因大数据可视交互系统

备注：docker运行的操作系统，推荐为Linux，windows，macOS系统改下docker可能部分功能（网络）不能正常运行

SliverWorkspace

2022-11-09

1K0

使用程序模拟肿瘤Normal配对数据

和 samtools faidx /opt/ref/hg38/hg38.fa chr1:1-1000 获取序列：

SliverWorkspace

2022-10-25

5830

靶向分析流程(Pipeline)中的数据质控

从输出文件${sn}_fastp.json文件中获取过滤前后Q20,Q30比例,总的reads

SliverWorkspace

2022-08-28

6150

NMPA已注册肿瘤小Panel试剂盒生物信息学内容对比

Bwa 0.7 版本和GATK 3.4将fastq文件碱基比对至hg19（GRCh37）人类参考基因组上生成bam文件，并根据基因组坐标对bam文件进行排序，然后对基因组复杂区域进行序列比对优化。

SliverWorkspace

2022-08-13

5240

基于docker的生信基础环境镜像构建

容器镜像服务生物基因

这里参考snakemake的写法，每个分析步骤创建一个yaml文件，里面是用到的软件及版本。首次运行检测该步骤环境存在，不存在先安装软件初始化。

SliverWorkspace

2022-08-11

1.3K0

重新设计的文件管理器

软件版本：Sliverworkspace 2.0.386439 重新设计的文件管理器，大幅提高性能，操作更便捷; 支持文件上传、重命名、移动、删除拖动文件时弹窗等待。 Bug修复: 修复使用文件管理器服务器节点连接没有及时释放的bug; 解决之前前端渲染速度过慢问题，更换底层渲染逻辑。视频内容

SliverWorkspace

2022-05-08

7590

生信分析整合IGV对结果可视化比对和审核

1、编辑和加载参考基因组和需要比对的数据库文件，例子里用到了gnomad和clivar,还有refgene。

SliverWorkspace

2021-09-13

1.3K0

分析流程设计器校验规则优化

分析流程设计器校验规则优化，某些节点任务，作为终止任务不能有子任务，不能作为后续任务的输入节点。

SliverWorkspace

2021-08-31

5500

转录组RNA-Seq使用docker+bioconda搭建分析环境

容器镜像服务

近期学习转录组分析，从ncbi下载数据，转成fastq，STAR/hisat2 map到基因组上，使用featureCount拿到表达矩阵文件挺顺利的，就是到了下游分析，开始使用R开始遇到了各种问题。

SliverWorkspace

2020-10-10

9890

GATK RNA-Seq Snps Indel 分析

这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇，本文尝试使用: Gatk RNA -Seq Germline spns-indels Pipeline 来分析鼻咽癌(NPT) 分析流程如

SliverWorkspace

2020-09-21

1.5K0

使用Gatk Germline spns-indels Pipeline分析遗传病(耳聋)

云计算生物基因

这是GATK Best Practice系列学习文章中的一篇，本文尝试使用Gatk Germline spns-indels Pipeline来分析遗传病（耳聋）数据这次没有拿到遗传病的室间质评的

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2020-09-11

1.1K0

满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV（下）性能优化

node.js python sql

#此处是原先Manta分析SV的步骤一，生成runWorkflow.py，因为这一不步速度很快，所以串行执行 rm -f ${result}/${sn}/runWorkflow.py python ${tools.manta} \ --normalBam ${result}/${sn}NC_marked.bam \ --tumorBam ${result}/${sn}_marked.bam \ --referenceFasta ${refs.hum} \ --exome \ --callRegions /opt/ref/projects/Illumina_pt2.bed.zip \ --runDir ${result}/${sn} # 对bam文件碱基质量校正的第二步，Normal & Tumor并行处理 ${tools.gatk} ApplyBQSR \ --bqsr-recal-file ${result}/${sn}_recal.table \ -L ${refs.interval} \ -R ${refs.hum} \ -I ${result}/${sn}_marked.bam \ -O ${result}/${sn}_bqsr.bam & ${tools.gatk} ApplyBQSR \ --bqsr-recal-file ${result}/${sn}NC_recal.table \ -L ${refs.interval} \ -R ${refs.hum} \ -I ${result}/${sn}NC_marked.bam \ -O ${result}/${sn}NC_bqsr.bam & #原先QC步骤，获取insert size，Normal & Tumor并行 ${tools.gatk} CollectInsertSizeMetrics \ -I ${result}/${sn}_marked.bam \ -O ${result}/${sn}_insertsize_metrics.txt \ -H ${result}/${sn}_insertsize_histogram.pdf & ${tools.gatk} CollectInsertSizeMetrics \ -I ${result}/${sn}NC_marked.bam \ -O ${result}/${sn}NC_insertsize_metrics.txt \ -H ${result}/${sn}NC_insertsize_histogram.pdf & # 运行manta SV分析 python ${result}/${sn}/runWorkflow.py -m local -j ${envis.threads} & # 运行cnvkit CNV分析 ${tools.cnvkit} batch \ ${result}/${sn}_marked.bam \ --normal ${result}/${sn}NC_marked.bam \ --method hybrid \ --targets ${refs.bed} \ --annotate /opt/ref/refFlat.txt \ --output-reference ${result}/${sn}_reference.cnn \ --output-dir ${result}/ \ --diagram \ -p 0 & #samtools统计测序深度 ${tools.samtools} depth -b ${refs.bed} ${result}/${sn}_marked.bam > ${result}/${sn}_marked.depth & ${tools.samtools} depth -b ${refs.bed} ${result}/${sn}NC_marked.bam > ${result}/${sn}NC_marked.depth & #samtools统计比对信息 ${tools.samtools} flagstat --threads ${envis.threads} ${result}/${sn}_marked.bam > ${result}/$

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2020-08-04

1.8K0

满分室间质评之GATK Somatic SNVs + Indels+CNV+SV

3. 本文用到的原始文件，用fastqc查看质量状态是clean data，Q值均高于30，这里就不需要去接头和QC了。

SliverWorkspace

2020-07-31

1.6K0

图形化开放式生信分析系统开发 - 1 需求分析及技术实现V2（2020.7更新）

云服务器编程算法 shell postgresql

从2017年前开始，工作的原因接触到了NGS（高通量测序技术 High-throughput sequencing又称“下一代”测序技术"Next-generation" sequencing technology）技术和相关的生物信息学分析。

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2020-07-29

8470

使用docker完成生信分析环境搭建

bash 指令 bash 容器镜像服务 centos https

生信开发人员最头疼的问题，可能就是平台搭建和软件安装了。部署和迁移上要费很大力气。本文讲述使用docker制作一个镜像，后续通过导入自己定制的镜像，复制文件完成分析流程的部署和迁移。

SliverWorkspace

2020-01-17

1.5K0

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