科技记者

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用户1075469

使用R语言获得16S物种丰度

还是获得16S物种丰度得老问题,最近在一台新机器上安装qiime1,发现有报错,对于这种停止维护的软件,也是正常现象吧,于是想别的办法解决,恰巧最近读R几本R语...

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用户1075469

宏基因组学习笔记

一直以来,看到这本书《Statistical Analysis of Microbiome Data with R》活跃在朋友圈和公众号,既然口碑这么好,当然有...

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用户1075469

QIIME2又双叒叕更新了

提醒一下,我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发布 (QIIME 2 2020.8),但请继续关注更新。

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用户1075469

娱乐版HLA分型网页升级了

之前做了一个简单的网页,使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据,当然准确性不咋的,也就玩玩,上线后为大约100+人提供了服务,这是伯值得骄...

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用户1075469

SNP2HLA之参考数据集合并提高分型准确性

这几天随便搜索snp2hla软件的参考数据集的时候发现一个韩国科学家写了一个数据集合并脚本,在使用韩国人样本测试时准确性较分别只用两个未合并的数据集准确性有所提...

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用户1075469

qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度

我们知道,不管是16S等扩增子测序,还是宏基因组,最后最重要的结果,就是物种的丰度情况了,qiime2给出的16S丰度结果是一个计数,对于许多软件来说这是可用的...

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用户1075469

ade4TkGUI可视化统计和绘图

内容基本翻译自官网:http://pbil.univ-lyon1.fr/ade4TkGUI/home.php?lang=eng

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用户1075469

GWAS和群体遗传学笔记

最近听了菲沙基因的网课,记录一下!多数是其课程ppt的截图,如有侵权,立马删除。声明,和这个公司无利益相关,只是为了学习和分享知识。

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用户1075469

要多吃点含乳酸菌的食品哟

生活中,你一定对酸奶不陌生,早在古时候先辈们已经制作酸奶了。在中国,酸奶有史可查的最早记录是在公元5世纪,贾思勰在《齐民要术》中记载了齐地酸奶的制作方法。而酸奶...

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用户1075469

16S流程知多少

16S流程的选择还真不少,除了引用最多的qiime流程,u/vsearch(usearch是一人一已之力单挑学术界)和mothur(用的人越来越少的感觉),最近...

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用户1075469

生物信息学数据管理习题 Python3

这是我两三年前学习过的一本书,我觉得这本书挺好,把生物学的问题直接在python学习中解决了,推荐给大家,之前还整理了习题代码,分享一下。之前分享在了githu...

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用户1075469

Excel实现序列反向互补

最近有需求需要把很多excel里的引物序列反向互补,当然,任何一个编程语言都能解决,可是编个脚本需要一定的时间,而且,跨平台性也不足够好吧。Excel就不一样了...

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用户1075469

使用nf-core的ampliseq(qiime2)流程分析16S数据

最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经...

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用户1075469

使用纳米孔测序数据进行16S-DNA条形码研究的计算方法[综述]

3.Centrifuge和Minimap2是处理纳米孔数据的最合适工具,并且可以认为它们是当前的最佳选择;

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用户1075469

​宏转录组学习笔记(三)--通过脚本和snakemake实现自动化

到目前为止,我们已经完成了所有工作,并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行!但是也可能很耗时,并且更容易出错。接下来,我们将向你展示如何将所有这些命令放...

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用户1075469

宏转录组学习笔记--另一个教程

这项工作已获得Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International协议的许可。这意味着您可以复制,...

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用户1075469

宏转录组学习笔记(二)

继续前面的学习,前面已经把软件安装完成,数据库准备好,下面就是分析的过程了,基本上按照原文的命令进行的,由于教程中没有给出tara_f135_full_mega...

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用户1075469

【玩转腾讯云】使用云服务器进行生信数据分析

很多小伙伴手头有生信数据分析,但苦于没有服务器,没法完成自己需要的数据分析,特别是处于学习阶段的同学。这里,向大家推荐一下使用腾讯云CVM服务器,按量计费进行数...

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用户1075469

宏转录组学习笔记(一)

前面提到,已经有两家公司通过宏转录组(Metatranscriptomics)测序检测肠道微生物,面向消费者提供检测服务。对宏转录组充满了好奇,有这样的比方说,...

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用户1075469

简单的snptest要不要学

下载地址在这个网站 https://mathgen.stats.ox.ac.uk/genetics_software/snptest/snptest.html

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