科技记者

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用户1075469

在线snp imputation网站知多少(三个中国人参考)

最近又搜索了下SNP imputation,发现随着中国人多个万人基因组项目的完成,我们自己的参考也已经建立,但是一般只局限在课题组内部,不公开,只提供了在线填...

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用户1075469

《高效R语言编程》5-高效输入输出

在读取一行数据之前,应该先考虑下重复数据管理的通用规则,不改写原始数据。原始文件视为只读,保留原始文件名字并说明来源,是一个好办法。

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《高效R语言编程》8--高效硬件

有三个结果,分别是程序、计算和函数的总时间和相对时间,发现没有用上全部8核心,应该有一定影响。

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《高效R语言编程》9、10--高效协作和学习

本章主要是代码标准与技术的内容,需要安装的包是lubridate和dplyr,这些包用来演示良好的实践。高效协作的5条高级技巧:

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《高效R语言编程》6--高效数据木匠

将你的数据整理好是一个可敬的、某些情况下是至关重要的技能,所以作者使用了数据木匠这个词。这是本书最重要的一章,将涉及以下内容:

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《高效R语言编程》7--高效优化

需要使用C++编译器,安装方法取决于操作系统,Linux:一般安装了R就会安装了;Mac:Xocode;Windows:Rtools,与版本要对应。需要用到的包...

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用户1075469

R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

citation("ggplo2")取包引用信息,RStudio.Version()可以获取RStudio引用信息。

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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

ggplot2可以用来创建优雅的图形,由于它的灵活,简洁和一致的接口,可以提供美丽、可直接用来发表的图形,吸引了许多用户,特别是科研领域的用户。ggplot2使...

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新技能Get!宏基因组分析结果导入qiime2分析和可视化

最近读微生态公众号中宏基因组的文章,发现阿童木写的教程,宏基因组的数据可以导入qiime2分析。于是有了发现新大陆的感觉,qiime2是一个优秀的可视化工具,有...

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高效使用R笔记3

每次R语言启动读入.Renviron和.Rprofile两个文件,前者主要是环境变量,程序位置和API密钥等;后者是启动进需要运行的几行R代码。启动时先找.Re...

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用户1075469

《高效R语言编程》4-高效工作流

我们将实践、习惯、提升生产力的系统环境定义为工作流。项目管理和计划,这里使用DiagrammeR包。

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用户1075469

高效R编程

这是《高效R语言编程》的学习笔记,前面的笔记在这里:https://blog.csdn.net/zd200572/article/details/1153493...

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QIIME 2 2021.4发布(qiime2支持galaxy啦)

2、q2-dada2 denoise-paired增加了一个新的参数,使这种方法的用户能够控制最小长度的前进/反向重叠。此方法的的默认值12,和先前版本保持不变...

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用户1075469

《高效R语言编程》笔记

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用户1075469

记一个R语言错误

发现如果习惯了一个编程语言,想当然的往另一个上套,是要吃大亏的,这是一个真实的经历。我最早学的Python,习惯了它的英语化编程,到了最近操作表的多了起来,发现...

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用户1075469

sWGS检测CNV的一点探索

这个软件可以检测切除的肿瘤组织,识别其中的肿瘤细胞含量,也可以用来检测纯肿瘤组织。可以有参考,也可以不用,官方提供了参考,可以自建。

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用户1075469

QIIME 2 2021.2 版本发布啦

提醒一下,我们下一个计划发布的QIIME 2计划于2021年4月发布(QIIME 2 2021.4),但请继续关注更新。

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用户1075469

Kraken2 Vs qiime2 16S物种注释

最早接触Kraken2这个软件是在宏基因组,但官网上说其实这个软件也是可以用于16S物种注释的。当时没怎么在意,后面发现有个美国肠道微生物检测公司Thryve是...

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用户1075469

SMURF流程之q2-sidle(三)——数据库准备

这一步是提取一个区域的数据库,基于K-mer,为了提升内存效率,把简并碱基和重复kmer作为一条序列。

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用户1075469

SMURF流程之q2-sidle(一)

前面说到Science封面文章用的16S数据分析流程有qiime2的插件版本,可以解决基于matlab MCR standalone版本的报错,于是实践一下!h...

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