单细胞天地

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以复现图表的方式来学习一篇文章

主要用Seurat V3. Broad Institute的single cell portal上面存放了他们发表的single-cell文章的数据 这里一共是...

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CellChat:细胞间相互作用分析利器

我们知道,细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用,另一个通过细胞产生的可溶性小分子,即细胞因子。在单细胞数据分析中下游,有时候我们想看某几种细胞类型之...

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scRNA-seq Clustering

现在我们已经有了整合的高质量的细胞,我们想知道我们的细胞群体中存在的不同细胞类型。

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单细胞技术在临床上的应用方向

在我们错过的岁月里,我们看到NGS在临床上的应用主要是检测和诊断。近来,随着NGS技术的下沉和成熟,我们看到它开始在药物开发中得到应用。

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Cell Ontology:解析细胞类型新维度

记得在文章CD8+CD28- Treg||我就不信就我一个人觉得现有的细胞群命名有点麻烦和文章单细胞数据科学的十一个重大挑战中,我们提出过传统细胞类型定义的困惑...

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定量免疫浸润在单细胞研究中的应用

最近听说定量免疫浸润很火,于是我也报名参加了果子老师的课程,跑了几个R包,你比如说xCell啊,GSVA啊,MCPcounter啊,ConsensusTME,I...

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细胞图谱合集

随着单细胞技术的成熟,单细胞数据也在日益增长,这将为单细胞数据科学奠定数据基础。在不远的将来,单细胞数据挖掘也将成为生命科学的基础设施。只是在2020年的今天,...

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单细胞技术研究小鼠胚囊发育

当你的才华还撑不起你的野心时,请潜下心来,脚踏实地,跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴...

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你到底想要什么样的umap/tsne图?

随着生物学背景知识的增加,单细胞图谱的可视化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函数直接绘制的umap/tsne图往往很难达到要求了,这就要求...

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Seurat教程上新||Mixscape : 用多模态单细胞数据筛选免疫检查点

PD-L1等抑制性免疫检查点分子的表达在人类癌症中较为常见,可导致T细胞介导的免疫应答的抑制。在这里,我们应用ECCITE-seq技术来探索调控PD-L1表达的...

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13种人体组织的单细胞RNA测序鉴定人类冠状病毒感染的细胞类型和受体

今天介绍的文献于2020年5月21号发表在Biochem Biophys Res Commun.上,文章题目是:Single cell RNA sequenci...

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细胞通讯-iTALK使用方法

多细胞生物由不同类型的细胞组成,单个细胞之间的行为协调需要建立通讯网络。例如生物体的生长发育、分化、各种组织器官的形成、维持以及各种生理活动的协调,都需要高效和...

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基于Seurat结果推断单细胞群肿瘤纯度之ESTIMATE

单细胞转录组是揭示细胞异质性的的有力武器,鉴于肿瘤的异质性,这一点在肿瘤样本中表现尤为突出。所以肿瘤样本的单细胞转录组就不只是无监督地分个群那么简单,基于我们对...

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COVID-19患者恢复阶段的单细胞免疫图谱

今天分享的文献是2020年5月4日,在Cell Discovery杂志上在线发表题为“Immune cell profiling of COVID-19 pat...

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Hedgehog在伤口愈合过程中通过制造可被诱导的真皮促进HF新生

今天带分享的这篇文章2018年发表在NC上,题为:Hedgehog stimulates hair follicle neogenesis by creatin...

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Seurat3教程: 自定义降维方法MDS

我们知道单细胞转录组数据一个主要的特点就是数据稀疏,维度较高。基于此,Seurat提供了不少降维的方法:

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COVID-19病人支气管免疫细胞单细胞测序分析

与COVID-19严重性相关的呼吸免疫特性目前还不清楚。作者选了COVID-19严重程度不同的患者以及健康人的支气管肺泡灌洗液免疫细胞,进行单细胞转录组测序。发...

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如何读取单细胞数据

注:同方法二,如果没有 “all.datatable.txt” 的文件,也可忽略此步骤。这里只是提供多种情况下的读入方法。(想尝试的话,方法一有生成 “all....

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单细胞转录组数据分析||Seurat并行策略

随着单细胞技术的成熟,单细胞数据分析往往不再是单个组织样本,这有时候在计算(资源与时间)上是一个挑战。为此,Seurat也提供了可以探索的并行策略。鉴于入门单细...

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单细胞数据科学的十一个重大挑战

随着单细胞技术的成熟,人们得以在单细胞水平观摩生命现象了,在这波技术浪潮中似乎要把自人类基因组积累的生命科学技术都在单细胞水平上应用一遍,其中最常见的就是测序技...

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