单细胞天地

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生信技能树jimmy

scCancer包:自动分析肿瘤单细胞转录组利器

查看分析报表,即全部分析结果。根据报表里的解释也能很清楚做了哪些分析,得到哪些结论。下面会有具体解读~

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Seurat4.0系列教程16:多模式参考映射注释细胞

此教程介绍了将查询数据集映射到参考数据集的过程。在此示例中,我们映射了 10X Genomics的(2,700 个PBMC)的scRNA-seq 数据集,到我们...

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OSCA单细胞数据分析笔记8—Dimensionality reduction

二维平面是对于我们人类可接受的表征细胞间距离的可视化方式。因此,尽管上一步PCA已经降至50个维度以内,但在可视化呈现方面,仍需采取一定手段。

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多个组织的成纤维细胞图谱

得到10个细胞群,marker分别是:Pi16+, Col15a1+, Ccl19+, Coch+, Comp+, Cxcl12+, Fbln1+, Bmp4+...

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NC单细胞文章复现(一):质控

最近看到了2018年Cell的一篇乳腺癌单细胞文章,文章题目是“Unravelling subclonal heterogeneity and aggressi...

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NC单细胞文章复现(五):tSNE

我们昨日进行clustering之后,将1107个细胞分成了9个簇,今天学习tsne方面的知识。

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NC单细胞文章复现(三):Clustering

我们上次基于各种marker对1189个细胞进行分类,然而,仅基于marker对细胞进行分类可能是不精确的,特别是考虑到scRNA-seq数据的high dro...

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OSCA单细胞数据分析笔记9—Clustering

“物以类聚,人以群分” 分群步骤即将基因表达(降维结果)相似的细胞归为同一个群体,往往对应一种特定的细胞类型或者细胞轨迹状态。从这一步开始,就可以开始叙述我们的...

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多组学分析肺结核队列的记忆T细胞状态

文章题目:Multimodally profiling memory T cells from a tuberculosis cohort identifies...

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NC单细胞文章复现(三):复杂热图

我们这次直接拿GSE118390上已经normalized 的数据进行下游分析。首先我们先看看文献的这张复杂热图,哈哈,这张热图画得真是好看。左边是不同的mar...

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NC单细胞文章复现(六):Gene expression signatures(1)

在上一节,由于大部分细胞(868个)都被归为上皮细胞群中(Fig2 c),这868个细胞可被分成5个cluster,接着对这5个cluster细胞进行探索。我们...

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NC单细胞文章复现(七):Gene expression signatures(2)

我们今天继续探索这3个gene signatures,首先看它在不同clusters的细胞之间的表达分布。

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OSCA单细胞数据分析笔记10—Marker gene detection

从基因表达水平来看,主要是哪些基因造成了每个cluster得以区分的结果是这一步的主要目的。实现这一步后,对于cluster的生物学意义解读将有很大帮助。

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scPhere——用地球仪来展示降维结果

测试数据集:301,749 cells we previously profiled in a complex experimental design from...

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对细胞簇重命名

NC单细胞文章复现(七):Gene expression signatures(2)

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回溯亚群细分效果到初始分群

NC单细胞文章复现(七):Gene expression signatures(2)

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NC单细胞文章复现(二):标准化

我们开始看看作者是怎么标准化数据的。考虑到各种混杂因素对单个细胞中定量表达水平的影响,混杂因素包括dropout events的频率、单个细胞中的低表达量mRN...

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Seurat4.0系列教程1:标准流程

时代的洪流奔涌而至,单细胞技术也从旧时王谢堂前燕,飞入寻常百姓家。雪崩的时候,没有一片雪花是无辜的,你我也从素不相识,到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seura...

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OSCA单细胞数据分析笔记11—Cell type annotation

“物以类聚”的类是什么类?比如将一群水果分为不同的类群,则又红又圆特征的可能是苹果。对于单细胞聚类的结果,类的最直接注释就是细胞类型。本节将学习单细胞数据分析过...

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生物活性材料诱导软组织修复过程的免疫微环境探究

首先利用大鼠全层伤口模型发现取向组诱导创缘再上皮化效果最好、皮肤附属器官再生更多,皮下模型提示取向组的纤维沉积更少,伤后7天皮肤组织bulk 测序(n=3)提示...

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