生信菜鸟团

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Strelka2 call Somatic 流程--肿瘤基因组测序数据分析专栏

由 illumina 公司开发,用于突变检测,可以检测 somatic 和 germline ,通常来说,该软件对于小片段的 indel 检测效果比 Mutec...

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从水果连连看到两条序列比对

序列比对(sequence alignment),目前是生物信息学的基本研究方法。

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细胞凋亡—流式细胞仪检测

细胞凋亡(cell apoptosis)是指为维持内环境稳定,由基因控制的细胞自主的有序的死亡。细胞凋亡与细胞坏死不同,细胞凋亡不是一件被动的过程,而是主动过程...

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GATK 的 Germline mutation 流程--肿瘤基因组测序数据分析专栏

基因组测序,最重要的就是检测变异位点,对于家系数据、遗传病研究,更多的是关心 Germline mutation 生殖突变。当然,部分肿瘤研究也会关注 Germ...

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R tips:细究FactoMineR的z-score标准化细节

R中的做主成分分析(PCA)有很多函数,如R自带的prcomp、princomp函数以及FactoMineR包中PCA函数,要论分析简单和出图优雅还是Facto...

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手把手教你配置在线版 Rstudio(图文详解)

相信大家都用过本地版的 Rstudio,也时常被电脑卡死所困扰,也有用自己笔记本处理单细胞数据内存不够的 error,怎么解决?

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R tips:debug并修复一个ggplot2绘图错误的例子

最近将使用的R版本升级到4.0+之后,遇到了一个以前从未遇到的报错,报错信息如下所示:

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一文教你如何进行SCI写作

在学习了一系列的生信分析系列后,最近慢慢有个感悟。生信分析固然重要,但是或多或少生信分析更多是一个工具一个媒介去探索生物学中的问题。往往很多时候,虽然你把大部分...

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【生信文献200篇】71 基于两大数据库进行TNBC再分析

英文标题:Unravelling triple-negative breast cancer molecular heterogeneity using an ...

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【生信文献200篇】72 scRNAseq-TNBC-6-patients

英文标题:Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC t...

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用 cookiecutter 创建新项目

谈及数据分析,我们一般会联想到数据的分析结果和可视化,光鲜亮丽的结果固然重要,但要知道这些结果归根到底都是由代码产生的,而代码质量的评判标准即是数据代码的正确性...

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读《R语言编程艺术》

如果说R语言学习者会有的书,大概率会有这一本。本书可以说是R语言学习者和使用者的一个分水岭,在此之前是各种copy调试,在此之后开始用R做一些自己的事情。其实这...

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PCR

聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)是80年代中期发展起来的体外核酸扩增技术。它具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复...

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震惊!单细胞表达量矩阵全部更改为0-1矩阵居然并不影响降维聚类分群

也就是说,我们的单细胞表达量矩阵里面,每个基因在每个细胞的表达量具体是多少其实并不重要,表达量高低也不是很重要,我们只需要知道它是否表达即可!

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肿瘤基因组测序数据高级分析--肿瘤基因组测序数据分析专栏

大多数肿瘤基因组综述类文章,对于数据分析部分只是介绍了基础分析部分,也就是从原始的 fastq 文件通过质控、比对、GATK流程、Call 变异最后得到 vcf...

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【生信文献200篇】70 日本人的乳腺癌易感基因队列研究

英文标题:Germline pathogenic variants of 11 breast cancer genes in 7,051 Japanese pa...

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【生信文献200篇】69 简单的GSVA网页工具

英文标题: toxFlow: A Web-Based Application for Read-Across Toxicity Prediction Using...

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读《Single Cell Biomedicine》

闲暇时,在书库里面搜索的时候看到了这本书:Single Cell Biomedicine,也是Xiangdong Wang 老师参编的。这几年,王老师在单细胞...

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群体遗传系列之:一文了解和使用Treemix来研究群体之间的基因流

中秋假期过去了,学习不能停下来。这一期推文继续和大家分享与群体遗传进化相关的知识。这一期主要讲解基因流和Treemix的使用,读完后希望对大家有帮助且有所收获。...

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R tips: rlang中的expression操作符

在R中,library函数的表现有点特殊,传给它的参数变量不是类似于常规R表达式的即时执行,而是像是被‘冻结’了一样。

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