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生信菜鸟团
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探索TCGA数据的利器——TCGAbiolinksR包使用技巧
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今天的是学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！
生信菜鸟团
2024-07-22
2
0
为什么劝不动老烟枪戒烟？部分老烟枪自带保护罩
数据库
数据处理
工具
基础
优化
肺癌是全球癌症死亡率最高的类型，与吸烟有强烈的相关性。香烟中的化学致癌物如多环芳烃（PAHs）能够引起DNA损伤，从而导致癌变。尽管已有研究评估了吸烟总量、持续时间、强度和戒烟时间对肺癌风险的影响，但对正常肺细胞中体细胞突变的积累速率及其与肺癌风险的关系了解有限。因此，研究团队旨在通过单细胞全基因组测序技术，定量分析年龄和吸烟对支气管基底细胞（PBBCs）体细胞突变负荷的影响。
生信菜鸟团
2024-07-22
6
0
CellRanger ARC—单细胞RNAseq和ATAC联合分析套件
sample
脚本
软件
数据
file
CellRanger ARC 是10x Genomics 专为单细胞多组学数据分析设计，同时分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据的一组分析pipline 。
生信菜鸟团
2024-07-22
2
0
如何突破单细胞数据获取的门槛：从GEO到Cell Ranger
数据
cell
data
geo
sample
书接上回，一步步尝试代码复现，然后，我们就来到了Figure 2.I，乍看只是平平无奇的堆叠图嘛，殊不知这是多个外部数据集整理后的对比~
生信菜鸟团
2024-07-22
6
0
R tips：cellphonedb细胞通讯网络图优化
edge
布局
数据
网络
优化
上次讲到的使用cellphonedb进行细胞通讯分析，其中的网络图的效果不是特别好，本文会就网络图进行两个优化：
生信菜鸟团
2024-07-22
3
0
转移性胰腺癌的ctDNA KRAS 突变与生存分析
队列
数据
研究团队通过两个队列的血浆 ctDNA 的 KRAS 突变检测，发现基线 ctDNA KRAS与生存率之间的变异特异性关系，且 ctDNA KRAS G12V 的 VAF 水平和OS或PFS没有显著关系，而 ctDNA KRAS G12D VAF 水平和OS或PFS显著相关。这个结果进一步支持临床上治疗 mPDAC 的 ctDNA 监测作用，也为 ctDNA KRAS G12D 作为 mPDAC 患者 biomarker 提供证据。
生信菜鸟团
2024-07-22
6
0
热图中分组与聚类不匹配的问题
heatmap
load
排序
draw
分组和聚类是两件独立的事情，聚类是以样本为单位，而不是以分组为单位。每个样本属于那个分组的信息是已知的。
生信菜鸟团
2024-07-11
123
0
TCGA数据整理-3
table
工作
数据
draw
plot
生信菜鸟团
2024-07-11
67
0
TCGA数据整理-2
table
数据
异常
mock
split
https://mp.weixin.qq.com/s/_DtkxSfLGQHcRju66J4yTQ
生信菜鸟团
2024-07-11
83
0
TCGA分析之使用Rmd编辑代码-1
渲染
count
工作
数据
语法
生信菜鸟团
2024-07-11
73
0
TCGA背景知识及数据整理
project
百度
工作
数据
file
生信菜鸟团
2024-07-11
76
0
【文献荐读】骨髓单细胞测序：一码通
data
list
min
project
数据
今天跟大家分享的是新鲜出炉的一篇骨髓单细胞测序文章【Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging】，作者这次将目光聚焦于骨髓的间充质干细胞而非免疫细胞，此外还提供了分群策略，值得反复学习~
生信菜鸟团
2024-07-10
130
0
pyGenomeTracks — 强大且灵活的基因组可视化工具
data
file
工具
可视化
数据
pyGenomeTracks 是一款功能强大且灵活的基因组数据可视化工具，用于展示各种类型的基因组数据，如基因注释、信号强度和覆盖度等。从而使研究人员更好地理解基因组的功能和结构。广泛应用于表观遗传学、转录组学、基因组学等研究。其免费开源且具有以下特性
生信菜鸟团
2024-07-10
96
0
转录组参考基因-5
连接
数据
数据库
编码
后台
首先转录组数据分析流程如下，之前的课程中已经介绍过文件夹的建立和原始数据的过滤，接下来要进行基因比对——将测序数据与基因文件进行匹配。
生信菜鸟团
2024-07-10
68
0
转录组数据过滤-4
脚本
软件
数据
后台
技巧
(3) 去除含有N（无法确定碱基信息）的比例大于5%的reads；（可以根据实际情况）
生信菜鸟团
2024-07-10
113
0
转录组数据质量评估-3
统计
程序
后台
软件
数据
FastQC软件可以对fastq格式的原始数据进行质量统计，评估测序结果，为下一步修剪过滤提供参考。
生信菜鸟团
2024-07-10
55
0
转录组准备工作-2
统计
数据库
工作
管理
数据
## 1.建立数据库目录：在数据库下建立参考基因组数据库，注意命名习惯：参考基因组版本信息
生信菜鸟团
2024-07-10
82
0
转录组概述-1
连接
数据
芯片
编码
基础
• A comprehensive evaluation of normalization methods for illuminating high-thoughput RNA sequencing data analysis
生信菜鸟团
2024-07-10
83
0
转录组数据比对subjunc-7
工具
后台
数据
索引
统计
subread 官网：http://subread.sourceforge.net/
生信菜鸟团
2024-07-10
104
0
转录组数据比对hisat2-6
排序
数据
索引
线程
服务器
定义三个文件夹：index索引、inputdir输入文件夹、out输出文件夹。这一步需要激活conda环境。
生信菜鸟团
2024-07-10
97
0
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穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程
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