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基因芯片数据分析（一）：芯片数据初探

简单地讲，基因芯片就是一系列微小特征序列的（通常是DNA探针，也可能是蛋白质）的集合，它们可以被用于定性或者定量检查样品内特异分子的成份。比如说，基因芯片可以检测几十个gene marker在细胞样品中的表达量。现在最常见的是用于整个基因组的表达量分析。它的雏形来自于同位素杂交技术，又如Southern blots或者dot blots。在上世纪九十年代，2维的具有现代意义的基因芯片才在实验室里诞生。基因芯片自问世以来，已经有超过23年（至2014年）了。现在，世界上主流的芯片制造商有4家，分别是Affymetrix，Agilent，Nimblegen以及Illumina。下图为历年来提交至Gene Expression Omnibus数据库的主流芯片厂商的芯片数据统计分布图（数据截止日期为2014年3月1日）。从下图中可以看出，Affymetrix制造的基因芯片在2008年以前占据了市场的主流，在2008年，因为illumina BeadArray的推广，它的市场份额有较大的攀升，但是2年以后就下降至与Affymetrix公司类似的份额。而Agilent却在2010年以后成为芯片市场份额最大的一家。市场份额的变化有价格的因素，质量的因素，使用习惯的因素，也有受到第二代测序技术冲击的因素。

2020-05-06

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