Listenlii的生物信息笔记

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微生物生态相关期刊(一)——Soil Biology and Biochemistry

Soil Biology and Biochemistry,缩写Soil Boil Biochem,简称SBB。

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用向量做Mantel的几个问题

我测试了一下果然如此。把435随机换成其他几个数也会报错。 这时候开始有点意思了。难道435这个数存在什么特别之处么。 函数说明中没有提到这个报错,我在网上搜了...

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Microbiome: 微生物组的定义重新审视:旧概念和新挑战

Link:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7329523/

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回答:计算系统发育多样性时排除物种数影响

以MNTD(mean-nearest-taxon-distance)和NTI(nearest-taxon-index)为例,其他系统发育多样性指数类似:

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NC:全球土壤生物多样性和生态系统功能研究的空白

Link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7400591/

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确定群落研究的最小序列数

Journal: Journal of Microbiological Methods

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计算系统发育多样性时排除物种数影响

另外ses.pd之前存在一个bug,在github和bioRxiv均有讨论。Picante v1.8以后的版本不用担心,已经被修正。

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mBio: 将土壤微生物分解为低复杂度的功能模块

Link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7343995/

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MicroNiche: 生态位概念及计算

Link: https://academic.oup.com/femsec/article-abstract/96/8/fiaa131/5863182?redi...

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zetadiv: 计算zeta多样性

此外该包还有一下功能: zeta.varpart 通过距离和环境变量对zeta多样性进行分解。结果包含a(仅由距离来解释的变化),b(由距离或环境来解释的变化)...

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mSystems:土壤细菌群落的强生物地理模式

Link: https://doi.org/10.1128/mSystems.00540-20

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zeta多样性:基于发生率多样性的统一框架

Link: https://www.journals.uchicago.edu/doi/full/10.1086/678125

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多样性的大一统理论

Journal: Annual Review of Ecology Evolution and Systematics

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估计理论物种数

生物多样性的测量和评估是许多生态学研究的中心目标。衡量生物多样性最简单也是最常用的方法是物种丰富度(物种的数目)。

6520
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物种功能,多样性分解及功能多样性

Ecol. Lett. | 普莱斯方程的生态学应用:解析群落组成变动对生态系统功能的影响

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SCI TOTAL ENVIRON: 空气中植物和真菌的多样性

Journal: Science of the Total Environment

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elife: 写作及审稿中常见的十个统计错误

本文列出了文献中出现的一些最常见的统计错误。这些错误的根源在于无效的实验设计、不恰当的分析或有缺陷的推理。作者对如何识别和解决这些错误为研究者和审稿人提供了建议...

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计算样本的覆盖度(Coverage)

覆盖度(Coverage)这一概念最早是由现代计算机之父艾伦·图灵和他同事Good在二战期间为密码分析而提出的。

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序列可以反着拼接吗?

其实这个很好解释,反着拼肯定能出结果,且出来的序列和正常拼接必然是反向互补的关系。大家稍微思考一下应该可以明白。

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多个分组做Procrustes test

前文:Procrustes test 介绍了其在vegan中的基本用法。但是存在一个局限性,只能输入两个矩阵且没办法分组。 正好昨天有读者问我相关问题,我顺手查...

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