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GENE ONTOLOGY-基因本体功能查询数据库
go
数据库
sql
之前在对最基础的高通量测序数据分析当中，提到了对于差异的富集分析[[6.富集分析二三事]]。其中富集分析需要基因注释数据库作为背景数据。常用的背景数据库就包括KEGG以及GO。之前我们对[[KEGG-基因通路相关数据库]]进行了简单的介绍。所以今天就来了解一下鼎鼎大名的GO ONTOLOGY数据库：Gene Ontology Resource: http://geneontology.org/
医学数据库百科
2022-09-02
1.1K
0
mqtldb-meQTL预测数据库
http
数据库
sql
access
之前我们在[[SNP是什么东西？#QTL]]当中提到过，QTL是一种用来预测SNP功能的算法。一般分析SNP影响哪个方面的功能就在前面加什么前缀。[[表观遗传学简介]]当中的DNA甲基化 (DNA methylation) 是一种通过给DNA序列添加甲基来影响基因功能的方式。如果要分析SNP对甲基化的影响，那么就会有meQTL (methylation QTL) 这样的东西。所以这里就给大家介绍两个关于meQTL预测的数据库。Pancan-meQTL: http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/
医学数据库百科
2022-09-02
519
0
如何关注自己的研究方向
机器学习
神经网络
深度学习
人工智能
作为一个科研人，每个人都会有自己的研究方向。在进行自己研究的同时，也要实时追踪根据自己研究方向有关的文献。所以今天就来给大家介绍几个用来追踪自己研究方向的方法。
医学数据库百科
2022-05-17
467
0
DDinter | 药物相互作用分析数据库
数据库
sql
在临床上，我们经常会使用不同的药物来进行治疗的情况。对于每一个药物而言都有自己的作用机制。如果多个药物同时使用的话就会造成不同的不良反应。所以了解不同药物之间的不良反应关系是十分的重要的。今天就给大家介绍一个分析药物不良反应的数据库：DDinter: http://ddinter.scbdd.com/
医学数据库百科
2022-05-17
806
0
不做实验可以发表哪些类型的文章
腾讯云开发者社区
数据分析
数据库
sql
html
对于以往研究的总结是帮助我们了解之前的研究情况，结果以及寻找新的研究方向不可或缺的一步。由于这种总结的必要性，所以也诞生了很多基于不同类型的文章。所以今天就基于论著的不同部分，来简单介绍这些对之前研究结果进行总结分析的文章。
医学数据库百科
2022-05-17
645
0
如何利用截屏软件解锁文献阅读新方式
腾讯云开发者社区
科研过程当中，我们需要阅读大量的文献。关于文献的阅读，有一个苦恼的地方在于，文章的图和图片描述以及文章结果是分开的。这对于我们阅读的流畅性就造成了很大很大的障碍。我们经常在结果描述的时候提到哪个图片了，还要往下找图片内容是什么。这样翻来翻去的，很是浪费时间。同时也影响我们阅读的思路。
医学数据库百科
2022-05-17
526
0
eccDNAdb｜肿瘤染色体外环状DNA数据库
数据库
sql
染色体外环状DNA（eccDNA）属于线性的染色体DNA的一个扩展。之前对于eccDNA的基本特征，我们基于一个综述进行了简单的介绍: [[eccDNA基本内容]]。而关于eccDNA相关的数据库，目前一共也才有两个在线数据库。之前我们介绍了[[CircleBase-eccDNAs综合性分析数据库]]。今天就来介绍另外一个数据库：eccDNAdb: http://www.eccdnadb.org/
医学数据库百科
2022-05-17
301
0
CircleBase｜eccDNA综合性分析数据库
数据库
sql
染色体外环状DNA（eccDNA）属于线性的染色体DNA的一个扩展。之前对于eccDNA的基本特征，我们基于一个综述进行了简单的介绍: [[eccDNA基本内容]]。而关于eccDNA相关的数据库，目前一共也才有两个在线数据库。今天就先来其中的一个：CircleBase: http://circlebase.maolab.org/welcome/index
医学数据库百科
2022-05-17
582
0
eccDNA基本内容介绍
关于染色体外环状DNA (Extrachromosomal circular DNA, eccDNA) 也属于最近研究的一个新的热点。eccDNA的功能也在不断的研究。最近刚刚发表了一篇关于eccDNA研究的综述。基于这个综述也就简单来说一下关于eccDNA情况。
医学数据库百科
2022-05-17
659
0
人血液外泌体数据库
数据结构
数据库
sql
外泌体（Exosomes）是细胞分泌到胞外的一种纳米级内吞囊泡（40-160nm），含有丰富的内含物（包括核酸、蛋白和脂质等），可以调节受体细胞的行为，并可用作疾病的循环生物标记物。
医学数据库百科
2022-05-17
333
0
SNiPA-SNP批量注释和检索数据库
数据库
sql
在关于[[SNP是什么东西？| SNP]]的基本内容介绍中，我们了解了SNP的基本信息。同时也介绍了一个NCBI>SNP 数据库用来检测SNP的基本信息。同时关于SNP的基本功能，在[[QTLbase-QTL-综合性查询数据库]]以及[[VannoPortal-SNP综合性查询数据库]]这两个数据库当中也进行了相关的介绍。以上这些数据虽然好用，但是如果是使用高通量测序的话，我们会得到很多和表型有关的SNP。这个时候如果一个一个查就很麻烦。所以今天就来介绍一个综合性的SNP注释和浏览工具：SNiPA - a single nucleotide polymorphisms annotator and browser: https://snipa.helmholtz-muenchen.de/snipa3/index.php
医学数据库百科
2022-05-17
1.4K
0
ADAtlas-老年痴呆网络分析数据库
数据库
sql
不同的疾病具有不同的发病机制，基于高通量测序数据的疾病相关数据库，可以综合性的了解这个疾病的发病机制。因此在研究一个疾病的时候，通过这类疾病相关数据库，可以很容易寻找和这个疾病有关的研究指标。所以今天就来介绍一个阿尔茨海默有关的综合性网络数据库：ADatlas: https://adatlas.org/
医学数据库百科
2022-05-17
571
0
基于单细胞测序的转录因子调控网络预测数据库
数据库
sql
基因转录的过程当中，基因由DNA转录成mRNA的过程受到很多因素的调控。其中就包括了转录因子的调控。转录因子调控的一个主要的过程是转录因子和基因启动子区进行结合进而来对其表达进行调控。由于每个转录因子都有自己的固定的识别序列，所以基于特定的识别序列，我们就可以了解每个转录因子都可能调控哪些基因。随着测序数据的发展，我们也可以通过cihp-seq来准确的了解转录因子的结合区域。同时可以通过RNA-seq来分析转录因子和结合基因之间是否存在共表达关系。之前的转录因子预测的数据库其实都是基于上面的原理来进行构建的。最近，随着单细胞测序数据的增多，我们也可以在单个细胞当中研究不同系统的调控情况。所以今天就给大家介绍一个纳入了单细胞测序数据的一个可以预测基因调控网络的数据库：GRNs[http://www.grndb.com/]
医学数据库百科
2022-05-17
751
0
2022.03在线数据库汇总
数据库
sql
网络安全
tcp/ip
在 3 月期间 ，总共发表了医学相关在线数据库==30 个==。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库，以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的，后台回复：2203。
医学数据库百科
2022-05-17
933
0
circRNA相互作用预测数据库
数据库
sql
内容分发网络 CDN
http
在前两天介绍circBase的时候，我们统计了一下目前circRNA方面相关的数据库。使用最多的前10的数据库的时候。除了circBase之外还有很多是用来预测circRNA功能的数据库。所以今天。我们就来介绍一下这几个相关的数据库吧。
医学数据库百科
2022-05-17
1.1K
0
ENCODE V5 | 基因组调控预测数据库
编程算法
云推荐引擎
数据库
sql
之前我们介绍过关于[[ENCODE-转录调控必知数据库]]这个数据库。目前这个数据库更新到了V 5.0的版本。基本界面也发生了变化。所以这里就重新来介绍一下关于ENCODE: https://www.encodeproject.org/ 。
医学数据库百科
2022-05-17
965
0
免疫浸润算法那么多，要怎么选呢？
编程算法
node.js
对于基于转录组数据来评价样本当中的免疫细胞浸润情况的算法已经开发出了很多种了。之前我们在介绍TIMER2.0以及这两个免疫浸润数据库的时候，也提到了很多中算法。例如GEPIA2021就是基于CIBERSORT, EPIC, quanTIseq这三种算法来进行评价了。
医学数据库百科
2022-05-17
3.9K
0
表观遗传学简介
数据库
sql
http
python
之前在介绍一些关于生物学基本知识的时候，提到过[[SNP是什么东西？]]以及[[基因突变需要了解那些内容？]]。这类的变异都是通过改变基因序列来影响基因的功能。除了这样的变异。还有一类变化叫做表观遗传学 (epigenetics) 。简单来说表观遗传学主要就是通过不影响基因序列的改变来影响基因基因的表达。
医学数据库百科
2022-04-01
588
0
UCSC Genome Browser-基因组浏览器
编程算法
数据库
sql
在每一个基因的序列当中包含了很多基因特征性的信息，比如：[[SNP是什么东西？| 基因SNP信息]]；DNA甲基化的CG信息或者[[转录因子调控]]的motif信息等等。但是如果只是查看基因序列的[[Fasta基因序列格式]]是看不出这些内容的。所以就需要一个综合性的查看基因序列特征的工具。这个时候就可以通过一个叫做「基因组浏览器」的东西来进行查看。之前我们介绍的[[WashU Epigenome Brower-表观基因组浏览器]]是一个用来查看表观遗传信息的基因浏览器，今天就介绍一个综合性的基因浏览器：UCSC Genome Browser Home: http://genome.ucsc.edu/index.html
医学数据库百科
2022-04-01
1.6K
0
为什么推荐使用Zotero进行文献管理
pdf
笔记
之前介绍为什么要用文献管理软件?，[[文献管理软件介绍]]的时候，提到了一个文件管理软件叫做Zotero。之前就很推荐是有Zotero进行文献以及网络资源管理。现在更新6.0的版本之后。其中内置了一个
医学数据库百科
2022-04-01
1.1K
0
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