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医学数据库百科

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GENE ONTOLOGY-基因本体功能查询数据库
之前在对最基础的高通量测序数据分析当中,提到了对于差异的富集分析[[6.富集分析二三事]]。其中富集分析需要基因注释数据库作为背景数据。常用的背景数据库就包括KEGG以及GO。之前我们对[[KEGG-基因通路相关数据库]]进行了简单的介绍。所以今天就来了解一下鼎鼎大名的GO ONTOLOGY数据库:Gene Ontology Resource: http://geneontology.org/
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2022-09-02
1K0
mqtldb-meQTL预测数据库
之前我们在[[SNP是什么东西?#QTL]]当中提到过,QTL是一种用来预测SNP功能的算法。一般分析SNP影响哪个方面的功能就在前面加什么前缀。[[表观遗传学简介]]当中的DNA甲基化 (DNA methylation) 是一种通过给DNA序列添加甲基来影响基因功能的方式。如果要分析SNP对甲基化的影响,那么就会有meQTL (methylation QTL) 这样的东西。所以这里就给大家介绍两个关于meQTL预测的数据库。Pancan-meQTL: http://gong_lab.hzau.edu.cn/Pancan-meQTL/
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2022-09-02
4900
DDinter | 药物相互作用分析数据库
在临床上,我们经常会使用不同的药物来进行治疗的情况。对于每一个药物而言都有自己的作用机制。如果多个药物同时使用的话就会造成不同的不良反应。所以了解不同药物之间的不良反应关系是十分的重要的。今天就给大家介绍一个分析药物不良反应的数据库:DDinter: http://ddinter.scbdd.com/
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2022-05-17
7720
不做实验可以发表哪些类型的文章
对于以往研究的总结是帮助我们了解之前的研究情况,结果以及寻找新的研究方向不可或缺的一步。由于这种总结的必要性,所以也诞生了很多基于不同类型的文章。所以今天就基于论著的不同部分,来简单介绍这些对之前研究结果进行总结分析的文章。
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2022-05-17
6330
eccDNAdb|肿瘤染色体外环状DNA数据库
染色体外环状DNA(eccDNA)属于线性的染色体DNA的一个扩展。之前对于eccDNA的基本特征,我们基于一个综述进行了简单的介绍: [[eccDNA基本内容]]。而关于eccDNA相关的数据库,目前一共也才有两个在线数据库。之前我们介绍了[[CircleBase-eccDNAs综合性分析数据库]]。今天就来介绍另外一个数据库:eccDNAdb: http://www.eccdnadb.org/
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2022-05-17
2940
CircleBase|eccDNA综合性分析数据库
染色体外环状DNA(eccDNA)属于线性的染色体DNA的一个扩展。之前对于eccDNA的基本特征,我们基于一个综述进行了简单的介绍: [[eccDNA基本内容]]。而关于eccDNA相关的数据库,目前一共也才有两个在线数据库。今天就先来其中的一个:CircleBase: http://circlebase.maolab.org/welcome/index
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2022-05-17
5670
人血液外泌体数据库
外泌体(Exosomes)是细胞分泌到胞外的一种纳米级内吞囊泡(40-160nm),含有丰富的内含物(包括核酸、蛋白和脂质等),可以调节受体细胞的行为,并可用作疾病的循环生物标记物。
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2022-05-17
3270
SNiPA-SNP批量注释和检索数据库
在关于[[SNP是什么东西?| SNP]]的基本内容介绍中,我们了解了SNP的基本信息。同时也介绍了一个NCBI>SNP 数据库用来检测SNP的基本信息。同时关于SNP的基本功能,在[[QTLbase-QTL-综合性查询数据库]]以及[[VannoPortal-SNP综合性查询数据库]]这两个数据库当中也进行了相关的介绍。以上这些数据虽然好用,但是如果是使用高通量测序的话,我们会得到很多和表型有关的SNP。这个时候如果一个一个查就很麻烦。所以今天就来介绍一个综合性的SNP注释和浏览工具:SNiPA - a single nucleotide polymorphisms annotator and browser: https://snipa.helmholtz-muenchen.de/snipa3/index.php
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2022-05-17
1.4K0
ADAtlas-老年痴呆网络分析数据库
不同的疾病具有不同的发病机制,基于高通量测序数据的疾病相关数据库,可以综合性的了解这个疾病的发病机制。因此在研究一个疾病的时候,通过这类疾病相关数据库,可以很容易寻找和这个疾病有关的研究指标。所以今天就来介绍一个阿尔茨海默有关的综合性网络数据库:ADatlas: https://adatlas.org/
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2022-05-17
5590
基于单细胞测序的转录因子调控网络预测数据库
基因转录的过程当中,基因由DNA转录成mRNA的过程受到很多因素的调控。其中就包括了转录因子的调控。转录因子调控的一个主要的过程是转录因子和基因启动子区进行结合进而来对其表达进行调控。由于每个转录因子都有自己的固定的识别序列,所以基于特定的识别序列,我们就可以了解每个转录因子都可能调控哪些基因。随着测序数据的发展,我们也可以通过cihp-seq来准确的了解转录因子的结合区域。同时可以通过RNA-seq来分析转录因子和结合基因之间是否存在共表达关系。之前的转录因子预测的数据库其实都是基于上面的原理来进行构建的。最近,随着单细胞测序数据的增多,我们也可以在单个细胞当中研究不同系统的调控情况。所以今天就给大家介绍一个纳入了单细胞测序数据的一个可以预测基因调控网络的数据库:GRNs[http://www.grndb.com/]
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2022-05-17
7230
2022.03在线数据库汇总
在 3 月期间 ,总共发表了医学相关在线数据库==30 个==。下面就来给大家介绍一下主要有哪些数据库,以及笔者比较感兴趣的数据库。如果想要所有相关数据库信息的,后台回复:2203。
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2022-05-17
9120
circRNA相互作用预测数据库
在前两天介绍circBase的时候,我们统计了一下目前circRNA方面相关的数据库。使用最多的前10的数据库的时候。除了circBase之外还有很多是用来预测circRNA功能的数据库。所以今天。我们就来介绍一下这几个相关的数据库吧。
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2022-05-17
1K0
ENCODE V5 | 基因组调控预测数据库
之前我们介绍过关于[[ENCODE-转录调控必知数据库]]这个数据库。目前这个数据库更新到了V 5.0的版本。基本界面也发生了变化。所以这里就重新来介绍一下关于ENCODE: https://www.encodeproject.org/ 。
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2022-05-17
9340
表观遗传学简介
之前在介绍一些关于生物学基本知识的时候,提到过[[SNP是什么东西?]]以及[[基因突变需要了解那些内容?]]。这类的变异都是通过改变基因序列来影响基因的功能。除了这样的变异。还有一类变化叫做表观遗传学 (epigenetics) 。简单来说表观遗传学主要就是通过不影响基因序列的改变来影响基因基因的表达。
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2022-04-01
5810
UCSC Genome Browser-基因组浏览器
在每一个基因的序列当中包含了很多基因特征性的信息,比如:[[SNP是什么东西?| 基因SNP信息]];DNA甲基化的CG信息或者[[转录因子调控]]的motif信息等等。但是如果只是查看基因序列的[[Fasta基因序列格式]]是看不出这些内容的。所以就需要一个综合性的查看基因序列特征的工具。这个时候就可以通过一个叫做「基因组浏览器」的东西来进行查看。之前我们介绍的[[WashU Epigenome Brower-表观基因组浏览器]]是一个用来查看表观遗传信息的基因浏览器,今天就介绍一个综合性的基因浏览器:UCSC Genome Browser Home: http://genome.ucsc.edu/index.html
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2022-04-01
1.5K0
FPIA|融合基因肿瘤多组学分析数据库
关于融合基因,之前我们已经介绍了多个相关的数据库。如果要研究融合基因的话,可以看一眼
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2022-04-01
7730
GENIE | 大型肿瘤基因组测序数据集
对于大型的肿瘤公共测序数据集而言,其中最出名的肯定还是 TCGA 数据了。对于 TCGA 数据我们之前也做过基本的介绍。
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2022-04-01
1.3K0
FusionGDB 2.0|融合基因综合性注释数据库
之前在介绍融合基因相关的数据库的时候,提到过一个融合基因基本信息和功能分析数据库[[FusionGDB-融合基因功能预测数据库]]。最近这个数据库更新了2.0版本。所以在这里我们就来简单介绍一下关于FusionGDB2(https://compbio.uth.edu/FusionGDB2/index.html)的主要功能。
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2022-04-01
4270
LncACTdb|ceRNA综合性预测数据库
关于LncRNA的功能。之前我们介绍过很多关于lncRNA的数据库比如:[[AnnoLnc2-一站式lncRNA查询数据库]]这个综合性分析lncRNA基本情况的数据库,或者[[LncPep-lncRNA编码肽检索数据库]]分析lncRNA编码肽的数据库。这次就来介绍一个关于预测lncRNA的ceRNA功能的数据库 (简单来说ceRNA的话,就是lncRNA-miRNA-mRNA三个互相竞争影响的情况):LncACTdb 3.0 : Home: http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncACTdb/index.html
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2022-04-01
6050
CPAT-序列潜在编码潜能分析工具
之前在介绍两个预测lncRNA编码潜能的数据库:[[SPENCER-肿瘤LncRNA编码肽查询数据库]]和[[LncPep-lncRNA编码肽检索数据库]]里面都提到使用CPAT来分析lncRNA序列是否具有编码潜能。因此今天就来简单的介绍一下这个数据库:Web server for Coding Potential Assessing Tool (CPAT): https://wlcb.oit.uci.edu/cpat/index.php
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2022-04-01
1.2K0
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