优雅R

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王诗翔呀

「R」处理glm.fit: fitted probabilities numerically 0 or 1 occurred

当拟合逻辑回归模型,且数据框中一个或多个观测值的预测概率与0或1难以区分时,会出现此警告。

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王诗翔呀

解决conda报错:Module _sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu not found

最新可能是受conda update conda的影响,发现使用conda涉及Python的操作时一直出现问题, 报错:

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王诗翔呀

生信爱好者周刊(第 2 期):生信的境界与道路

本杂志开源(GitHub: ShixiangWang/weekly[1]),欢迎提交 issue,投稿或推荐生信相关内容。

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王诗翔呀

CAMOIP: 多组学和免疫治疗综合分析网站

很不错的工具。数据收集、分析、可视化、工具开发不易。希望后续多多优化,越做越好。现在免疫治疗很多,分析方面的需求还是有很多的。

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王诗翔呀

mlr3基础(二)

机器学习流程 source: https://mlr3book.mlr-org.com/images/ml_abstraction.svg

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王诗翔呀

CentOS/Redhat R包使用新的gcc编译

一些有C++代码的R包可能会用到一些新的C++特性,需要C++11或者C++14。这个问题通常在CentOS/红帽系统上出现,因为系统稳定的要求,这个系列的系统...

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王诗翔呀

「R」使用modules包来组织R的函数集合

接触过Python的朋友肯定对模块很熟悉,R的代码组织方式以包为主。但基于文件的模块形式也是可以实现的,modules[1] 包提供了这种支持。

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王诗翔呀

你了解如何使用Bash的数组吗?

之前使用Shell编程很少使用到数组,最近尝试使用后发现它在某些情况下非常有用。这里简单介绍如何生成和使用数组。

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王诗翔呀

保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南(图文详解)

这次我们一起科研论文中常用到的桌面级基因组浏览器 IGV,优势在于可以离线使用,方便大家直接查看本地文件,而且渲染速度相较在线基因组浏览器网站要快不少。

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王诗翔呀

R沟通|Bookdown中文书稿写作手册(上)

今年接了 5 本与贝叶斯近似计算包INLA相关的翻译书,将由高等教育出版社出版。在准备翻译的时候,我静下来思考了一下二个问题。一是互联网时代在兼顾图书质量的同时...

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王诗翔呀

UCSCXenaShiny 正式见刊发表!

UCSCXenaShiny 是我 19 年通过 Openbiox 发起的项目(地址:https://github.com/openbiox/UCSCXenaSh...

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王诗翔呀

「R」针对重复ID的处理

重复,特别是针对一些样本名称的重复问题的处理,是我在进行生信分析时经常遇到的。一种常见的解决策略是先找到重复之处,然后去重。但如果我们想要保留全部的重复ID呢?

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王诗翔呀

使用docker镜像测试UCSCXenaShiny在Linux下的安装

ERROR: dependencies ‘gmp’, ‘Rmpfr’ are not available for package ‘PMCMRplus’

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王诗翔呀

如何通过不同的命令启动一个已经关闭的docker容器

做这个的目的是对镜像容器进行测试,在运行过的容器中,我新增了一些文件,而我想检查它们的所属群组关系,以便于正确地编写脚本进行自动化。

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王诗翔呀

「LeetCode」0001-两数之和

代码仓库:https://github.com/ShixiangWang/LeetCode[3]

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王诗翔呀

Make

原文:https://seankross.com/the-unix-workbench/working-with-unix.html#make

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王诗翔呀

「R」R4.1新特性:管道符号|>与匿名函数构造\(x)

目前不同平台的安装包已经可以通过CRAN下载了,国内推荐清华大学镜像:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

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王诗翔呀

「R」grid图形坐标系统

绘图时,我们需要坐标才能准确地对要绘制的对象进行定位。在 grid 包中,有多种绘图坐标系统,选择一个合适的加以利用可以帮助我们更好地绘制图形。

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王诗翔呀

「R」grid 图形对象 grobs

学习材料:https://bookdown.org/rdpeng/RProgDA/the-grid-package.html#grobs

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王诗翔呀

好用的免费科研绘图神器,推荐试试

想必很多科研和临床的同道,都会感叹科研的苦和累。既要处理众多的临床病人、收集样本,又要忙实验、分析数据,同时还要紧跟科研前沿文献和撰写文章。涉及到文章的门面,科...

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