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西游东行

R生存分析|关心的变量KM曲线不显著,还有救吗?

如果想查看某些因素,如年龄,性别,分期,肿瘤数目,大小,实验室指标 或者 通过生信手(tao)段(lu)构建的模型和评分是否对预后有影响时候,经常会把连续变量变...

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单细胞工具箱|Seurat官网标准流程

数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina NextSeq 500平台...

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单细胞工具箱|Cell Ranger-V6.0 开启单细胞之旅(上)

Cell Ranger是一个10X genomics公司的单细胞分析软件,将原始的fastq文件生成后续分析的feature-barcode表达矩阵。

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clusterProfiler|GSEA富集分析及可视化

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析。

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精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化

为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理(PLUS)。建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢!

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ComplexHeatmap|绘制单个热图-I

ComplexHeatmap可以绘制很复杂的热图,能满足日常以及文章所需,本次先简单的介绍单个热图绘制的内容。

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火山图|给你geneList,帮我标到火山图上

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大;纵坐标为P value(P值)...

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R|散点图+边际图(柱形图,小提琴图),颜值区UP

散点图作为一种展示2组连续变量关系的常用可视化方式之一,添加点,线,箭头,线段,注释,甚至函数,公式,方差表都没有问题。

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UpSet|多集合可视化,韦恩图?upSet!

介绍一个R包UpSetR,专门用来集合可视化,当多集合的韦恩图不容易看的时候,就是它大展身手的时候了。

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compareGroups包,超级超级强大的临床基线特征表绘制包

compareGroups包可以通过分组变量来创建单变量分析结果的基线特征表,在创建出表格后可以导出各种格式用于报告。

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ggballoonplot|气球图-多分类数据可视化

ggballoonplot(气球图)可用于多分类数据的可视化展示,其中每个单元格都包含一个点,其大小反映了相应组件的相对大小。

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差异分析|DESeq2完成配对样本的差异分析

前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析。

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生存分析|知道这些又没有坏处

生存分析:研究各个因素与生存时间有无关系以及关联程度大小。可拓展到疾病复发时间,机器的故障时间等。

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gtsummary|巧合-绘制多种数据汇总表“神器”

今(昨)天上午时候交流群里一个小伙伴关于管道符疑问中出现了tbl_summary函数,下午另一个小伙伴有table1相关疑问。

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TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图(oncoplot)和基因词云

使用 XENA下载的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图。

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TCGA | 以项目方式管理代码数据 以及 数据读取存储

以项目的方式管理R代码和文件,可以很大程度规避 1)工作路径不对,2)找不到文件 ,3)代码和文件不对应 ,等常见的问题。

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西游东行

TCGA数据挖掘 | Xena - TCGA数据下载

TCGA (The Cancer Genome Atlas)作为目前超常用的癌症基因信息的数据库,有多种肿瘤的表达谱数据,变异信息(mutation,copy ...

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R-ggpmisc|回归曲线添加回归方程,R2,方差表,香不香?

散点图绘制回归曲线很常用,那么添加上回归方程,P值,R2或者方差结果表等可以展示更量化的信息。

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R-rbind.fill|列数不一致的多个数据集“智能”合并,Get!

Q:多个数据集,列数不一致,列名也不一致,如何按行合并,然后保留全部文件的变量并集呢?

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R-apply| 基因表达量批量二分类,Get!(修正版)

生信或者数据挖掘中经常会遇到需要把连续的表达量数据转为分类变量。比如基因表达量二分类进行后续的生存分析。

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