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西游东行

TCGA数据挖掘 | Xena - TCGA数据下载

TCGA (The Cancer Genome Atlas)作为目前超常用的癌症基因信息的数据库,有多种肿瘤的表达谱数据,变异信息(mutation,copy ...

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R-ggpmisc|回归曲线添加回归方程,R2,方差表,香不香?

散点图绘制回归曲线很常用,那么添加上回归方程,P值,R2或者方差结果表等可以展示更量化的信息。

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R-rbind.fill|列数不一致的多个数据集“智能”合并,Get!

Q:多个数据集,列数不一致,列名也不一致,如何按行合并,然后保留全部文件的变量并集呢?

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R-apply| 基因表达量批量二分类,Get!(修正版)

生信或者数据挖掘中经常会遇到需要把连续的表达量数据转为分类变量。比如基因表达量二分类进行后续的生存分析。

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R|tableone 快速绘制文章“表一”-基线特征三线表

生物医学或其他研究论文中的“表一”多为基线特征的描述性统计。使用R单独进行统计,汇总,然后结果复制到excel表中,耗时耗力且易错!

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盘一盘Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 筛选行

本示例数据集很小,实际中数据量很大,可以根据使用filter()函数筛选出后续需要的“行”子集。

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2-14 |“特殊”的日子,多学一种表达爱的方式

特殊的日子,需要一个特殊的数据集!ggwordcloud内置数据集包含全世界147种爱你的语言,用R送给TA一份远程的爱。

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盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select,玩转列操作

数据导入和数据整理较乏味和无聊,很容易从入门到放弃!从数据转换和可视化开始,容易看到成果,保持学习的动力。

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工欲善“python”事,必先利其器-Anaconda & Jupyter

Python是一种跨平台的计算机程序设计语言。是一种面向对象的动态类型语言,最初被设计用于编写自动化脚本(shell),随着版本的不断更新和语言新功能的...

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barplot3d|圣诞节送你一个mutation signature搭建的“乐高”

上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !学会了如何利用deconstructSigs-R...

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deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !

Mutational Signatures 出现在2013年的nature文章Signatures of mutational processes in hum...

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ggplot2|玩转Manhattan图-你有被要求这么画吗?

Manhattan图算是GWAS分析的标配图了,可参考Bio|manhattan图 进行绘制。

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gganimate|创建可视化动图,让你的表会说话

Hans Rosling的关于“New Insights on Poverty”的TED演讲绝对是对我影响最大的几个TED之一,原来数据可以这样展示,,,可视化...

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ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”

ggforce是ggplot2的扩展包,“擅长”于根据数据绘制轮廓以及区域放大。先将整体分为几个重要的“版图”,然后根据“线索”重点放大后在此区域进行精细“搜寻...

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Broom |tidy up a bit,模型,检验结果一键输出!

使用lm/glm/t.test/chisq.test等模型或者检验完成分析后,结果怎么提?

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数据处理|数据查重怎么办?去重,就这么办!

数据清洗过程中的典型问题:数据分析|R-缺失值处理、数据分析|R-异常值处理和重复值处理,本次简单介绍一些R处理重复值的用法:

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ggstatsplot绘图|统计+可视化,学术科研神器

ggstatsplot是ggplot2包的扩展包,可以同时输出美观的图片和统计分析结果,对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用。

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R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划

甘特图(Gantt chart),又常被称为横道图或者条状图,是现代企业项目管理领域运用最为广泛的一种图示。就是通过条形来显示项目的进度、时间安排等相关情况的。...

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R-forestplot包| HR结果绘制森林图

上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值(置信区间...

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Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化

Meta分析的结果使用森林图进行可视化展示很常见,其实COX生存分析也能用森林图展示。

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