用户7627119的专栏

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PBMC or 全血,应该选哪个?

究竟用全血还是PBMC做研究,实际上取决于你的研究目的是什么。如果检测红细胞或者血小板,当然要用全血。如果检测的是粒细胞,就直接裂解红细胞就可以。如果检...

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强 到 没 朋 友!机器学习领域最全综述列表!

继续来给大家分享github上的干货,一个『机器学习领域综述大列表』,涵盖了自然语言处理、推荐系统、计算机视觉、深度学习、强化学习等主题。

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GO和KEGG富集倍数(Fold Enrichment)如何计算

前面我们简单介绍过ggplot2画KEGG富集柱形图,其实GO富集结果的展示相对于KEGG来说要复杂一点点,因为GO又进一步可以划分成三个类。

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miRNA数据库荟萃,研究miRNA的看过来!

如今的生物学研究已经离不开生物信息学的辅佐,这里老谈给大家介绍目前研究miRNA的一些在线数据库,看看它们是如何帮助你们在摸爬滚打中找准方向的。这些数据库中既有...

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单细胞DoHeatmap画热图标签出界

最近在分析单细胞数据,用DoHeatmap画热图的时候遇到一个问题,列标签(也就是每个细胞亚群的名字)出界了,在最后保存的图片里面不能完整显示。从下面的...

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利用Python将gff3转换成gtf格式

前面我们讲了如何利用工具gffread将gff文件转换成gtf文件。可能有些读者会说我没有安装了linux或者苹果操作系统的电脑。没关系,今天小编再给大...

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R函数,如何“抄”出水平

前面给大家介绍了,自己不会写R函数如何去“抄”高手写好的函数,我们直接“拿来”用就可以了。有读者反映为什么不直接用gdcVolcanoPlot这个函数,...

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R函数不会写,"抄"总会吧!

前面我们简单的介绍了R函数。有些人可能会说,我现在的R水平有限,还不足以写出很高级的函数,该怎么办?俗话说前人栽树后人乘凉,他山之石可以攻玉,鲁迅同志也...

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linux|无需解压查看压缩文件内容

在linux系统下,我们如果要查看一个压缩文件里面的内容,一般我们会先解压这个文件,然后再通过cat,less,more或者head等命令来查看。当然在...

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比对软件STAR创建索引文件(index)

因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序通量的不断提升,高通量RNA-seq数据的准确比对仍然是一个有挑战性且未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对...

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单细胞多组学分析——鉴定肿瘤免疫炎症反应中的潜在分子靶点

在恶性肿瘤的临床治疗中,靶向CTLA-4/PD-1/PD-L1等位点的单克隆抗体表现出了令人欣喜的抑制效果,但同时患者也出现了严重的免疫相关不良反应(immun...

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曾与诺奖失之交臂的这项发现,今年还会继续陪跑么?

miRNA 的发现,与一位祖籍波兰的生物学家维克托·安博斯(Victor Ambros)的工作有关——他在线虫中发现了第一个 miRNA lin-4。

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R的save,load函数和 .rda文件

我们在使用R分析数据的时候,经常需要保存一些中间结果或者保存最终结果。这样的话下次就可以直接加载,而不必重新计算,这样既节省时间也节省计算资源。你保存的结果也可...

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gff文件转换成gtf文件

做测序数据分析的时候经常需要将gff格式的注释文件转换成gtf格式的文件。今天小编就给大家介绍一个工具,gffread来实现这个目的。注意这个工具需要在linu...

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NBT | mtscATAC-seq:单细胞线粒体DNA基因分型与染色质分析新方法

线粒体在代谢过程中具有非常关键的作用,而且由于线粒体具有独立的基因组而成为非常独特的细胞器。线粒体中的基因组通常具有很高的拷贝数并且编码一系列与线粒体功能相关的...

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unstack函数应用——生成单细胞marker基因表格

前面给大家简单介绍了R中的stack和unstack函数。今天给大家举一个真实的案例,就是在单细胞数据分析过程中,如何将挑选到的marker基因转换成表格的形式...

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R函数

函数是一组一起执行一个任务的语句。R 语言本身提供了很多的内置函数,当然我们也可以自己创建函数。

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长链非编码RNA

长链非编码RNA (long non-coding RNA, lncRNA)是一类真核生物中长度大于200nt的非编码RNA分子。根据其与邻近基因的位置...

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R中的stack和unstack函数

我们用R做数据处理的时候,经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框(dataframe)转换成列表(list),或者反过来将列表转换成数据框。那么今天小...

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基因测序写入最新版新冠肺炎防控方案!盘点高通量测序技术在全球抗疫中的应用

近日,《新型冠状病毒肺炎防控方案(第七版)》正式发布,对新冠肺炎病原学和流行病学特征、疫情监测、疫情处置等内容进行了修订。文件指出,各地发生的首例和感染来源不明...

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