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生信小王子
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R语言绘图 | 调整ggplot2坐标轴标签排列顺序
ggplot2
排序
数据
"ggplot2"是我们常用的绘图包，但是使用ggplot2绘图时，输出的坐标轴标签总是按照字母排序，无法使用我们输入文件中排列的顺序。今天小编就教大家解决这一问题。
生信小王子
2020-10-10
33.5K
0
Coronavirus GenBrowser：新冠数据分析好帮手
https
网络安全
数据库
sql
历时近七个月，在四个单位的10余个专家、程序猿/媛的共同努力下，GenBrowser正式上线啦！GenBrowser不但建立了新的理论体系，还从无到有建立了完整的数据分析流程、数据可视化平台。基于新的理论框架，依托于中科院北京基因组研究所（国家生物信息中心）数据库，CoronavirusGenBrower可以帮助你完成新冠病毒基因组序列的分析和日常更新，监测病毒变异频率的变化，监测境外输入的病毒株系可能的来源。
生信小王子
2020-08-28
636
0
Phenotype : 大规模表型数据处理工具
boxplot
bug
fold
prediction
sample
"Phenotype"一共包含4个函数，分为"outlier"、"stat"、"histplot"和"blup"。
生信小王子
2020-08-11
1.2K
0
报错坑 | LDSC安装报错怎么解决？
numpy
conda
ld
软件
做一项分析之前，我们首先要做的就是安装软件、配置环境，但很多时候，我们往往会遇到各种奇奇怪怪的报错，卡在这一环节上。"报错坑"这个专题会搜集一些我们平时安装软件过程中的"疑难杂症"，帮助大家踢开一个又一个绊脚石。
生信小王子
2020-08-10
3.1K
1
使用PopLDdecay快速进行连锁不平衡分析
break
ld
output
PopLDdecay是一个快速进行连锁不平衡衰减分析的工具，只需输入vcf文件就可完成所有分析，计算速度非常快。
生信小王子
2020-08-10
4.4K
0
使用Mfuzz进行转录组表达模式聚类分析
https
网络安全
Mfuzz是用来进行不同时间点转录组数据表达模式聚类分析的R包，使用起来非常方便，直接输入不同样本归一化后的counts或者FPKM及TPM值就可进行聚类。
生信小王子
2020-08-10
2.1K
0
利用cutree划分pheatmap聚类结果
rows
之前小编教大家使用pheatmap快速绘制热图，直接利用cluster_rows对行进行聚类，但是聚类后我们怎么得到聚类结果呢？今天小编就教大家利用cutree划分pheatmap聚类结果。
生信小王子
2020-08-10
3.9K
0
离线环境下使用Conda安装软件
软件
之前，小编教过大家使用Conda轻松安装生信工具，但有时候公共服务器由于安全原因是不能连接外网的，无法使用Conda在线安装软件，今天小编就教大家在离线环境下使用Conda安装软件。
生信小王子
2020-08-10
2K
0
使用eggnog-mapper进行功能注释
数据库
sql
http
https
网络安全
对于许多做非模式生物的同学来说，没有现成的功能注释可用是非常难受的一件事。而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释，但它是收费的。这时，我们可以使用eggnog-mapper进行功能注释。
生信小王子
2020-08-10
1.4K
0
GWAS | 使用GEMMA进行全基因组关联分析
matrix
model
output
ps
GEMMA (Genome-wide Efficient Mixed Model Association) 是基于混合模型进行全基因组关联分析的工具。运行速度非常快，结果准确，使用也十分方便，非常适合初学者做GWAS分析。
生信小王子
2020-08-10
7.7K
0
R语言绘图 | 绘制QQ图和曼哈顿图
QQ图和曼哈顿图是GWAS结果展示必备的图，今天小编教大家使用R包"CMplot"绘制这两个图。
生信小王子
2020-08-10
2.4K
0
一文掌握Plink文件格式转换
https
网络安全
Plink是我们常用的全基因关联分析工具，具有多种文件格式。许多分析工具都需要Plink的文件格式作为输入文件，今天小编就带大家掌握多种Plink文件格式的转换，解决分析过程中遇到的输入文件问题。
生信小王子
2020-08-10
2.2K
0
批量提取基因上下游指定范围内的SNP标记
excel
我们在研究过程中，经常需要提取基因附近指定范围内的SNP标记进行下一步的分析验证，如果用Excel一个一个去根据位置筛选会非常麻烦，所以小编写了一个小工具，帮助大家批量提取基因上下游指定范围内的SNP标记。
生信小王子
2020-08-10
2.7K
0
生信基础 | 使用BLAST进行序列比对
数据库
sql
https
网络安全
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具，直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。
生信小王子
2020-08-10
4.9K
0
转录组分析 | 使用DESeq2进行基因差异表达分析
na
sample
txt
通过RSEM我们获取了样本中每个基因的counts和表达量，接下来使用tximport校正不同样本间基因长度的差异。
生信小王子
2020-08-10
2.7K
0
轻松上传超过100M的文件至GitHub
node.js
https
网络安全
访问管理
git
GitHub是我们常用的代码托管平台，但GitHub有一个限制，不能上传超过100M的文件。
生信小王子
2020-08-10
12K
0
专属于六倍体小麦的Bioconductor注释包
https
网络安全
github
git
开源
小编之前写过一篇推送 使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析，教大家使用clusterProfiler中的enricher函数进行富集分析。
生信小王子
2020-08-10
1.2K
0
使用R语言计算遗传力
https
网络安全
遗传力 (Heritability) 又称遗传率，指遗传方差在总方差（表型方差）中所占的比值。遗传力表明某一性状受到遗传控制的程度。它介于0到1之间，当遗传力为1时，表型变异完全由遗传因素决定，当遗传力为0时表型变异由环境因素决定。
生信小王子
2020-08-10
3.2K
0
转录组分析 | 使用RSEM进行转录本定量
https
网络安全
运行STAR后，我们将reads比对到了参考序列上。接下来，我们需要使用RSEM进行转录本定量。
生信小王子
2020-08-10
6.8K
0
使用R/qtl进行QTL分析
csv
QTL分析是进行基因精细定位和克隆的基础，今天小编教大家使用R包" qtl "进行QTL分析。
生信小王子
2020-08-10
3.2K
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